בית המשפט העליון הוציא צו על תנאי (יום ג', 10.7.01) המחייב את ראש הממשלה אריאל שרון, להשיב מדוע לא יחזור בו ממינויו של אהוד יתום לתפקיד ראש המטה למלחמה בטרור.
על-פי הצו, חוייב ראש הממשלה להשיב תוך 45 יום ולפרט, מה היה חלקו של יתום בשיבוש מהלכי החקירה בפרשה ומה היה חלקו ברצח של שני המחבלים שנלכדו על-ידי חיילי צה"ל. העתירה הוגשה על-ידי חברי הכנסת יוסי שריד ומוסי רז.
בדיון ישבו נשיא בית המשפט העליון אהרן ברק, והשופטים דליה דורנר ואליעזר ריבלין. השופטים קבעו, כי התשתית שהונחה בפניהם בתצהירו של שרון נעדרת עובדות בסיסיות שיאפשרו מתן פסק דין סופי. יחד עם זאת, הם החליטו להוציא צו על-תנאי, כדי לקבל מידע על חלקו של יתום הן בהריגה והן בשיבוש מהלכי החקירה.