לאור הערכות מצב שהתקיימו לאחר הפיגוע בחיפה, ועל-פי הנחיית הדרג המדיני, הטיל צה"ל סגר מלא על אזור יהודה ושומרון. לא מתאפשרת כניסת פלשתינים לתחומי הקו הירוק. המעברים הבינלאומיים בגשר אלנבי ובגשר אדם ישארו פתוחים למעבר אנשים וסחורות.
בשעות הערב המאוחרות (יום ה'), הזרים צה"ל כוחות גדולים לג'בליה ובית חנון. הכוח כולל עשרות טנקים, מסוקים וחיילי חי"ר.
ההתפתחות הנ"ל נובעת מהמשך ירי הטילים לעבר שדרות.
פעילות צה"ל הלילה בג'בליה כוחות של גולני וגבעתי, מלווים בשריון ובמסוקי קרב, פעלו הלילה במחנה הפליטים ג'בלייה שברצועת עזה. הפעולה בג'בליה היא חלק מסדרת פעולות באזור.
הפלשתינים דיווחו על 11 הרוגים, בנוסף ל-3 שנהרגו במהלך הלילה, סך הכל 15 הרוגים. הפלשתינים טוענים, כי מרבית ההרוגים הם אזרחים לא חמושים. כ-30 פלשתינים נוספים נפצעו באירוע. בצה"ל טרם אושר מספר ההרוגים הפלשתינים.
לטענתם של הפלשתינים, האנשים שנהרגו נכנסו לחנות שנפגעה הלילה כדי לרוקן אותה מתכולתה, ואז נורה לעברם פגז טנק של צה"ל.
אולם מפקד כוחות צה"ל בעזה, תא"ל גדי שמני מבהיר כי בחנות הוטמן מטען חבלה גדול, שהופעל בזמן שאחד הנגמ"שים של צה"ל היה במרחק של מטר בלבד מהחנות. החנות ובניין כולו החלו לבעור.
דלת החנות עפה החוצה כתוצאה מהפיצוץ, פגעה באחד הנגמ"שים וגרמה לו נזק.
משרד הבריאות הפלשתיני קרא לציבור ברצועת עזה להגיע לבתי החולים ולתרום דם לפצועים.
הפלשתינים מדווחים, כי בין הפצועים לפחות שלושה אנשי צוות אמבולנס שנפגעו, אחד באורח אנוש ושניים באורח בינוני.
בצבא מאשרים, כי במחנה מתנהלים חילופי אש, וכי בהתקלות נפצעו גם 2 חיילי צה"ל. החיילים הועברו לבית החולים סורוקה. מצבם הוגדר קל.
מחנה הפליטים ג'בליה מיושב בצפיפות רבה, המרכז בתוכו פעילי טרור רבים. האזור נחשב לבעייתי ביותר להתמודדות ברצועה.
נעצר אחד מראשי הטרור של החמאס כוחות צה"ל הרסו במהלך הפעולה הלילה את ביתו של עבדל כארים זיאדה, מבוקש בכיר מהחמאס. בבית נמצאו שני מטענים במשקל 20 ק"ג כל אחד, חגורת נפץ, משגרי נ"ט ואמצעי לחימה נוספים. המבוקש הוא אחד מראשי הטרור של החמאס במחנה הפליטים ג'בליה.
הכוחות הרסו מבנה נוסף ששימש כבית מלאכה לייצור אמצעי לחימה.
כוחות צה"ל הרסו במהלך הלילה את ביתו של אברהים דחמס, פעיל חמאס בקלקליה. דחמס היה מעורב בפיגוע התאבדות במועדון הדולפינריום ב-1.6.01 אשר בו נהרגו 22 אזרחים ישראלים ונפצעו 86. דחמס היה מעורב גם באירועי ירי שונים לעבר חיילי צה"ל.
בכפר סיריס שבגזרת מנשה, הרס צה"ל את ביתו של זיד כילאני, פעיל חמאס, שביצע את הפיגוע בצומת מי עמי ב-1.3.01, בו נהרג אזרח ישראלי ונפצעו 11.
צה"ל חזר הלילה לקסבה של שכם, פחות מ-24 שעות לאחר שהכוחות יצאו ממנו. אמש עצר צה"ל 20 מבוקשים פלשתינים. סך הכל במסגרת מבצע "טיפול שורש" נעצרו 70 מבוקשים. במהלך פעילות צה"ל בקסבה של שכם, נורה ונפצע פלשתיני. מצבו עדיין לא ידוע.
בכפר אל-יאמון שבאזור ג'נין עצר הלילה כוח של תותחנים 8 מבוקשים, וגילה חגורת נפץ במשקל של עשרות ק"ג, רימונים, מחסניות, שני מטעני צינור, ו-3 שקי חנ"ם.
בחברון נעצרו הלילה אביו ואחיו של המפגע מחיפה.
בעזריה שבמזרח ירושלים נתפס מסייע למבצע הפיגוע אמש בחיפה, בביתו נתפסו דרכונים מזויפים וחומר רב.