נשיא המדינה, משה קצב, חתם על הענקת חנינה למרגלית הר-שפי. את החנינה ביקשו הוריה של הר-שפי. הר-שפי תצא מבית הכלא ביום 10.8.01.
הנשיא קצב התלבט רבות בשאלה האם להענות לבקשת החנינה. הוא נועץ עם עשרות גורמים, בהם בכירי הפרקליטות, האקדמיה, וגם בראשי השב"כ. כולם המליצו להענות לבקשה, ולשחרר את הר-שפי בתום שני שליש מהעונש שנקצב לה. הנשיא התייעץ גם עם חברת הכנסת דליה רבין-פילוסוף. בעקבות החלטת הנשיא אמרה רבין-פילוסוף, כי בעצם החנינה העביר הנשיא מסר שלילי לנוער.
הר-שפי, שהורשעה למאסר בפועל למשך תשעה חודשים בגין אי מניעת פשע (רציחתו של יצחק רבין ז"ל), תוכל איפוא לצאת בעוד פחות מחודש מהכלא. הוריה ומקורבים נוספים נאבקו בחודשים האחרונים רבות כדי לשכנע את הנשיא לשחררה ממאסר.
להלן ההודעה המלאה מבית הנשיא: (כ"ז תמוז תשס"א, 18 יולי 2001) א) בתוקף סמכותו לפי סעיף 11 (ב) לחוק יסוד: נשיא המדינה, החליט נשיא המדינה להקל את העונש של תשעה חודשי מאסר שהוטל על מרגלית הר-שפי בבית משפט השלום בת"א ביום 27.9.98 בתיק פלילי 1135-97 באופן שהיא תשוחרר ממאסרה ביום 10.8.01 - כ"א באב התשס"א.
ב) בעקבות בקשות החנינה שהוגשו לנשיא בעניין מרגלית הר-שפי, על-ידי הוריה, ובתוקף הנסיבות, החליט הנשיא המדינה על הענקת החנינה.
נוכח חומרת העבירה, והאסון הלאומי שפקד אותנו מאז הרצח הנורא והאיום קיים נשיא המדינה התייעצויות וקיבל חוות דעת וחומר נוסף בעניינה כמפורט דלהלן:
1. החלטת ביהמ"ש השלום - להרשיע את האסירה.
2. החלטת ביהמ"ש המחוזי ברב דעות - לדחות את הערעור.
3. דעת מיעוט בביהמ"ש המחוזי - לזכותה.
4. החלטת ביהמ"ש העליון פה אחד - לדחות את הערעור על הרשעתה.
5. החלטת ביהמ"ש העליון ברב דעות - לדחות הערעור על חומרת העונש.
6. דעת המיעוט בביהמ"ש העליון - להענישה בעבודות שירות, ולא בכליאתה.
7. התנהגותה ללא דופי בבית הכלא בתקופת המאסר, עפ"י לוות דעת השב"ס.
8. הודעת פרקליטות המדינה לוועדת השחרורים על תמיכתה במועד השחרור כפי שהחליט הנשיא [הודעת הפרקליטות נמסרה מראש, וגם עתה - וזאת נוכח החלטת ועדת השחרורים ששללה ממנה את האפשרות להגיש בקשה לשחרור אלא בחלוף שלושה-רבעים מהעונש, י.י.].
9. היוועצות בראשי השב"כ לשעבר ה"ה עמי איילון וכרמי גילון - אשר הביעו תמיכה בהענקת חנינה.
10. השב"כ - הודיע כי אין לו התנגדות להענקת חנינה.
11. חוות הדעת של מומחים בכירים למשפט מהאקדמיה, ומהמערכת המשפטית - אשר חוו דעתם בעד הענקת החנינה.
12. ההחלטה לא לדון על שחרורה המוקדם, עם תום שני שליש מתקופת מאסרה.
13. תנאי כליאתה - בהיעדר אגף לכליאת נשים דתיות. המשך כליאתה מהווה פגיעה ביכולתה לקיים כהילכתן את מצוות הדת והאמונה - בהיעדר התנאים לקיום חיי-דת.
14. גילה הצעיר, התקופה הקשה והארוכה הנמשכת למעלה מ-5 שנים עוד לפני כליאתה. במהלכה, הוטלו עליה מגבלות קשות בתחום התעסוקה, לימודים וחברה. הסבל הרב העובר על משפחתה ועליה מאז הרצח בהן ניהלו מערכה ציבורית משפטית ובהיותה רדופה ונתפסת כאשמה כל אותן שנים.
15. הנשיא השתכנע כי האסירה מרגלית הר-שפי שילמה את חובה לחברה ונענשה וכי היא כואבת את הרצח הנורא ומתעבת ומגנה אותו בכל לב והביעה את צערה הכן שנכשלה וטעתה בראיית המציאות.
16. הנשיא רשם לפניו החלטת ביהמ"ש כי הגב' מרגלית הר-שפי: "לא יד לה ברצח, בתכנונו, ובביצוע פעולת סיוע כלשהו".
ג) בהמשך לאמור לעיל - קורא נשיא המדינה לכל אזרחי ישראל להיות מלוכדים ומאוחדים כנגד מעשה הרצח האיום והנורא, להאמין במערכת המשפט ולא לעורר מחלוקת, באופן שיפגע בראיהה האחידה כנגד המעשה הנפשע והנתעב, אשר לא יישכח ולא ייסלח לעולם.
קורא לאזרחים ובמיוחד לדור הצעיר להיות ערים להשפעות מזיקות, להסתות, למעשים ומחדלים.
יש לשים קץ לווכחנות בנושא שהוא מעל לכל מחלוקת בעניין חמור זה. טבעית הדרישה להתלכדות של כל החברה על כל חלקיה, מגזריה ופלגיה - כנגד מעשה הרצח, כערך חינוכי, לאומי, ממלכתי לדורות הבאים וגם לאחדות העם בדורנו.
משרד המשפטים מסר בתגובה להודעת הנשיא: יודגש כי לכבוד נשיא המדינה יש את מלוא הסמכות על-פי חוק, לקיים את מוסד החנינה על-פי שיקול דעתו ולפרקליטות המדינה, אין חלק בתהליך קבלת ההחלטות שעניין זה.
במקרה של מרגלית הר-שפי המדינה אכן התבקשה להתייחס לעמדה שהוצגה בפני ועדת השחרורים של שרות בתי הסוהר. אושר מטעמנו שאכן בוועדת השחרורים התנגדה הפרקלטיות לשחרורה של הר-שפי לאחר שריצתה מעונשה אולם הסכימה לשחרורה לאחר ריצוי שני שלישים ממאסרה. עם זאת הודגש שוועדת השחרורים עמדה על כך שהר-שפי לא הביעה חרטה על מעשיה. דגש זה בא לידי ביטוי בהודעת הנשיא, שם נאמר כי כבוד הנשיא השתכנע שהר-שפי כואבת את רצח הנורא ומתעבת ומגנה אותו בכל לב ואף "הביעה את צערה על היכן שנכשלה וטעתה בראית המציאות".
