שר הבריאות, דני נוה, הורה לשלושה בתי חולים בארץ להיערך בכוננות גבוהה לקראת המתקפה על עירק. בתי החולים שנבחרו הם: בית חולים 'איכילוב', בית חולים 'שיבא' - תל השומר ובית חולים 'רמב"ם' בחיפה.
לדעת משרד הבריאות, סבירות הפגיעה בירושלים הינה נמוכה ולכן שום בית החולים באזור לא נערך בכוננות מוגברת ערב המלחמה. ממשרד הבריאות נמסר, כי אופן הכוננות שנערך השנה מקביל לזה שנעשה במלחמת המפרץ - 1991.
כוננות בתי החולים דובר בית חולים רמב"ם בחיפה, ד"ר צבי בן-ישי, מסר ל-Nfc, כי בית החולים נערך לאפשרות של מתקפה לא קונבנציונלית. בתוך כך הוכנו אתרי טיהור (מקלחות), ויסות ומיון (למחלקות). מתקני הטיהור הוצבו במגרש החניה של בית החולים.
היערכות דומה נעשתה גם בבתי החולים תל השומר ואיכילוב: בבית החולים 'שיבא' נערכים לקליטה של עד 300 נפגעים, כך על-פי סגן מנהל בית החולים, ד"ר ארי שמיס. בית החולים לא יבטל את הפעילות השוטפת, אך הוא נערך ל-"שגרת חירום" הקמת אתרים, תגבור כח אדם וציוד נדרש.
ד"ר שמיס מסר עוד, כי לדעתו בית החולים נבחר, משום שסבירות הפגיעה באיזור הינה גבוהה יחסית. "ההנחיה של משרד הבריאות היא כללית. לא קיבלנו הנחיה מדויקת בעניין. 'שיבא' נבחר משום שמתאר הייחוד והפגיעה העיקרי הוא אזור א'", כך מסר ל-Nfc.
בית החולים 'איכילוב' נערך באופן דומה. החל מהערב יחל בית החולים לעבוד במשמרת של 12 שעות, במקום 8 שעות - שעבדו עד עתה הרופאים. במקביל, נפרסו עוד 150 מיטות במחלקות השונות. כמו-כן, פתח בית החולים מטה חירום ומטה משנה. מטה המידע יפעל כמו בזמן פיגוע. מספר הטלפון הוא - 1255133.
גם ב'איכילוב' מתקיימת פריסת אתרים (טיהור, ויסות ומיון) בפנים בית החולים ומחוצה לו. האתרים יוקמו ויופעלו החל מהערב. לשירות בית החולים מסייעים גם יחידות צבאיות שפרסו באזור 250 חיילים ופלוגות רפואיות. שתי היחידות מסופחות לבית החולים.
גם מד"א נערך ומתגבר באופן משמעותי את צוותי כח האדם והאמבולנסים. רשות האשפוז העליונה בראשות מנכ"ל משרד הבריאות תקיים הערכויות מצב שוטפות בתיאום מלא עם פיקוד העורף. כמו-כן הוקם קו מידע למערכת רפואית המופעל באמצעות ההסתדרות הרפואית.
מידע לציבור בנושא בריאות: - מוקד המידע של פיקוד העורף - 12-55-111;
- שירותי בריאות כללית - 1-700-707-700;
- קופת חולים מאוחדת - - 3833;
- קופת חולים לאומית - 1-700-507-507.