מפקד חיל הים אלוף ידידיה יערי, הורה לחיל הים להפסיק כל פעילות ימית בחופי ישראל, וזאת עד לבחינת ממצאי ועדת שמגר.
הפקודה ניתנה בתיאום עם הרמטכ"ל שאול מופז, ולאחר התייעצות שנערכה עם דרגים משפטיים בצמרת צה"ל. על-פי הפקודה, נאסרת (החל מיום ה', 26.7.01) כל פעילות ימית, שבה נצרך מבצעה להיכנס למים. האיסור חל הן לגבי צוללנים, והן לגבי כניסה לים עם ספינות קטנות (מגומי ו/או פיברגלס).
לפקודה זו עלולות להיות השלכות צבאיות מרחיקות לכת. שכן, פירושה המעשי הוא הפסקת הצלילות בחופי ישראל, והגבלת הבדיקות הביטחוניות של אוניות וספינות.
חיל הים עורך עשרות שנים בדיקות אלה, כמעט מדי יום, כדי לוודא שלא הוצמד לדופן הספינות מטען חבלה; וכן כדי להבטיח את בסיסי חיל הים ומקומות רגישים נוספים מפני חדירה ימית.
ההפסקה עליה הוכרז הינה זמנית, וזאת עד לבחינת ממצאי דוח ועדת שמגר באופן מדוקדק, והצטיידות חיל הים באמצעי מיגון מתאימים, שיצמצמו את הסיכון מפני מחלות זיהומיות.