בית המשפט המחוזי התיר הבוקר (יום ד', 7.4.03) לפרסם חלק מהדברים שאמר ראש התנזים לשעבר בגדה, מרואן ברגותי, במהלך חקירתו בשב"כ.
מעורבות ערפאת בפיגועים ברגותי נשאל בחקירתו בדבר מעורבותו של יו"ר הרשות הפלשתינית, יאסר ערפאת, בפיגועים - מימון, תיכנון ומתן היתר. ברגותי אמר, כי כאשר ערפאת היה מעוניין בהפסקת אש - הוא נהג לומר זאת, אך כשהוא שותק - זהו אור ירוק להמשך הפעילות הצבאית. הוא כינה את יחסיו עם ערפאת "רגישים" ואמר שחילוקי דיעות שלטו ביחסיהם.
כאשר נשאל האם ערפאת גינה את הפיגועים, הוא השיב, כי כל פיגוע שביצעו אנשי ארגון הפת"ח גונה על-ידי ערפאת. בזכרון הדברים שנרשם על-ידי החוקרים נכתב: "הנדון השיב, כי בכל הפיגועים שהפת"ח ביצע בתוך שטח ישראל, הנדון ונוספים זומנו לערפאת אשר גינה את הפיגוע ומבצעיו מהפת"ח".
לעניין פיגוע שבוצע בנווה יעקב השיב ברגותי לחוקרים, כי הוא זומן בבהילות על-ידי ערפאת, שגינה את הפיגוע ומבצעיו. "הנדון הסביר, כי בישיבה הסביר ערפאת, שיש להפסיק את מעורבות הפת"ח בפיגועים משטח ישראל", כתבו החוקרים.
מעורבות ברגותי בפיגועים, מתן הוראות והעברת כספים לעניין פעולות הפת"ח, הודה ברגותי במהלך חקירתו, כי לפעמים הפעולות יצאו מכלל שליטה במהלך האינתיפאדה. הוא אמר, שהוא מעוניין להגיע להסכמה בנושא הפסקת הפעילות הצבאית של הפת"ח, אך אמר שהארגון היה חייב להנהיג את המאבק.
באחת החקירות הודה באחריות על כל פעילות הפת"ח, ועל כך שקרא למאבק מזוין. הוא אמר שאינתיפאדת אל-אקצא שפרצה באוקטובר 2000, היתה "הגב ששבר את גב הגמל", וכי זהו סיבוב הדמים האחרון בין ישראל לפלשתינים.
"כשם שהייתי לוחם למען השלום כך אני לוחם נגד הכיבוש והמתנחלים. במהלך האינתיפאדה קראתי בכל מקום, כולל באמצעי התקשורת למאבק מזוין וביצוע פיגועים בשטחים הכבושים. במסגרת תפקידי כמזכיר הפת"ח אני אחראי לכל הנעשה כגון אספקת כספים לחוליות, רכישת נשק וביצוע פיגועים", הודה ברגותי בחקירתו.
"הנדון (ברגותי) הסביר כי הפיגועים והלחימה על-פי הבנתו יביאו את הפלשתינים להבין מהם אותם קווים אדומים שלגביהם הישראלים מוכנים להילחם ולהקיז דם... הנדון הסביר כי בתומכו במלחמה ופיגועים הוא העביר מסר לישראל, כי כעת משיבואו לנהל עימו מו"מ יעשו זאת בגובה העיניים. הנדון הסביר כי כעת, על-אף העובדה שהוא שלם עם בחירתו, הוא מבין שעבר קווים אדומים, אין לו חרטה על-כך, אלא רק צער", כתבו החוקרים.
ברגותי הודה שידע על מספר פיגועים שיצאו אל הפועל, ושהוא עצמו הורה לבצע פיגועים בשטחים הכבושים, התנחלויות או מחסומים צבאיים. לעניין העברות כספים טען בחקירתו שהוא עצמו העביר מספר סכומי כספים לגורמים שונים לרכישת אמצעי לחימה. "במסגרת פעילותי רכשנו כ-15 כלי נשק: M-16, קלצ'ניקוב, אקדחים ותחמושת, בהם בוצעו פיגועים. במהלך הפעילות ניסנו להשיג מרגמה. אחת היתה ברשותנו ואף נערך בה ניסוי באיזור רמאללה. ניסוי שלבסוף נכשל", אמר ברגותי בחקירתו.
בחקירה נוספת נכתב: "הנדון מוסר כי נאצר עוויס, הינו דמות המוכרת לו היטב, ויש בהם קשרים על-רקע היותם אנשי פת"ח מזה תקופה ארוכה. הוא מוסר כי נאצר הוא הפעיל הבכיר ביותר בארגון הפת"ח בשכם ואחראי על חוליית "כתאיב שוהדא אל-אקצא", אשר מבצעת פיגועים כנגד ישראלים... הנדון מציין שבמספר הזדמנויות הוא מסר לנאצר סכום של קצת יותר מ-20 אלף שקלים שנאצר היה צריך לצורך פעילותו. הוא מסר שאת הכסף הוא היה משיג באמצעות בקשה שהפנה ליאסר ערפאת", כך מזיכרון הדברים. בחקירה אחרת הודה ברגותי שבין 50 אלף ל-70 אלף הועברו לנאצר.
סיכומי חקירה ברגותי ציין עוד בחקירתו, כי ברשות הפלשתינים הועלו מספר תרחישים למקרה שיוחרפו העמותים וישראל (כך על-פי התרחיש) תפלוש ותכבוש את כל השטחים מחדש. בתגובה למהלך זה , השיב ברגותי בחקירתו, לא נמצאה שוב תגובה צבאית.
על-כן הוחלט כי הרשות יהיה לנקוט במספר אמצעים ובהם:
- לגרום להתערבות בינלאומית להפסקת האלימות;
- לגרום לכך שהאמריקנים והאירופים יגיעו למסקנה שחייבים לכפות הסכם על הישראלים והפלשתינים, מכיוון שאינם מסוגלים להגיע לכך לבד;
- להביא למעורבות של כוח בינלאומי.
במהלך החקירה הודה ברגותי בגאווה, כי עד למעצרו הוא יודע ששלושת המטרות שהוצבו על-ידם אכן הושגו. ברגותי הדגיש את מעמדו הפוליטי, ואמר שחלק מהפעולות שביצע היה כדי לזכות באהדת הציבור הפלשתיני. גם בעניין מעצרו, אמר הדבר חיובי משום שזה יחזק אותו מהבחינה הפוליטית.
בזכרון הדברים ציינו החוקרים, כי ברגותי הינו בעל חוש הומור מפותח "וצייד אותנו במספר בדיחות יוצאות מן הכלל, כפי שנהג מדי פעם במהלך חקירתו".
במהלך החקירה צייין ברגותי, כי הוא מעוניין לסיים את חקירתו תוך רמה של שיתוף פעולה סביר. "הוא הציע שנכין לו רשימה של נושאים שבהם אנחנו מעוניינים לחקור אותו והבטיח לשתף פעולה בין 80 ל-100 אחוז מהנושאים" - כתבו החוקרים בזיכרון הדברים.
במהלך החקירות התנהלו בין החוקרים מספר ויכוחים, בין אלו שטענו שהוא משתף פעולה ומודה ברוב הנושאים לבין אלו ששללו סברה זו. לבסוף, חוות הדעת שהגיש תא"ל יוסי קופרווסר, ראש חטיבת המחקר באמ"ן היתה, כי ברגותי נקשר לפעולות טרור.
עוד עולה, שברגותי פנה לערפאת בבקשות שונות לקבלת כספים למימון הפיגועים והמפגעים. בין היתר, העביר ברגותי שכר טרחה לעו"ד שייצג את אחד ממבצעי הלינץ' בשני חיילי המילואים שנקלעו לרמאללה לפני כשנתיים וחצי.
בחוות הדעת נכתב עוד, כי ברגותי שימש מקור סמכות והעתקה לפעילי פת"ח ושימש צינור מקשר בין ערפאת לפעילי השטח. נכתב עוד, כי התבטאויותיו עודדו פעילים רבים לבצע פיגועים קשים.