נגד הרב הראשי האשכנזי לישראל, הרב יונה מצגר, הוגשה אחר הצהריים (יום ג', 15.4.03) תלונה למשטרת מחוז ירושלים בגין חשד לזיופים ואיומים. ממפלג ההונאה של משטרת מחוז ירושלים נמסר שהתלונה נבדקת.
נגד הרב מצגר הוגשו תלונות שונות במשטרת מחוז ירושלים, אותן מפרשים מקורביו, כי מטרת מגישי התלונה היא לסכל את מינוי הרב מצגר לרב הראשי האשכנזי לישראל.
טרם הבחירות לרבנים הראשיים הוגשו לוועדת הבחירות עתירות שונות נגד הרב (על-ידי הרב שלמה דיכובסקי והיועץ המשפטי לממשלה, אליקים רובינשטיין). אחת מהעתירות עסקה בחשד שזייף כתובות נישואין. ועדת הבחירות של הרבנים הראשיים דחתה את העתירות.
עם מינוי הרב מצגר לרב הראשי האשכנזי לישראל הוא נשאל על-ידי כתב רשת ב' מדוע מתנכלים לך? לשאלה זו השיב: "משום שיש לי הסיכוי הגבוה ביותר להתמנות לרב ראשי". בטענה זו מחזיקים גם מקורביו אשר מסבירים: התלונה שהוגשה נגד הרב היא אי השלמה עם בחירתו לרב הראשי לישראל.
