הרמטכ"ל, רב-אלוף משה בוגי יעלון, קיבל לידיו את החלק השני והמסכם של הדוח בנושא ועדת החקירה לעניין השלכות הפעילות הצבאית בנחל קישון וסביבתו על בריאותם של חיילי צה"ל.
את הדוח הגישו נשיא בית המשפט העליון (בדימ.), מאיר שמגר, שעמד בראש הוועדה, פרופ' מאיר וילצ'ק וד"ר גדי רנרט, חברי הוועדה. זו מונתה על-ידי הרמטכ"ל הקודם, שאול מופז, ביום 24 ביולי 2000, בעקבות חשיפת הפרשה בעיתון ידיעות אחרונות.
הוועדה מונתה כדי לבחון האם מימי נחל הקישון, בנמל הקישון, חוף שמן, או מימי האזורים הסמוכים מכילים או הכילו חומרים מסכני בריאות. כמו כן נתבקשו חברי הוועדה לחקור מהם הסיכונים הרפואיים העלולים להיגרם למי ששהה במים אלו, והאם יש קשר סיבתי אפשרי בין מצב המים ובין מחלת הסרטן לסוגיה.
כשנה לאחר הקמתה, הגישה הוועדה דוח ביניים, שכלל שורה של המלצות ומסקנות לביצוע בדבר אימונים בשטחי מים ובשטחי אימונים אחרים, ובדבר מניעת זיהום של מקורות מים.
לאחר פרסום הדוח, המשיכה הוועדה בביצוע הבדיקות הרפואיות של החיילים שנחשפו למימי הקישון, ובשל התמשכות הבדיקות, התעכבה הגשת בדו"ח המסכם (בן 200 עמודים) עד לימים אלו.
מסקנות הוועדה בסוגיה העיקרית נחלקו חברי הוועדה. דעת הרוב, היא כי מבחינה מדעית לא הוכח שזיהום בקישון גרם לתחלואה עודפת בסרטן. יו"ר הוועדה, השופט שמגר, חלק על הדעת הרוב. דעת המיעוט של שמגר היא כי יש קשר משפטי והגיוני בין מצב המים בקישון בתקופה הרלוונטית לבין מחלת הסרטן שפגעה בחיילים שצללו בקישון ונחשפו למימיו.
הרמטכ"ל הודיע כי הוא מקבל את המלצות הוועדה, ככלל. בהודעת צה"ל נמסר כי הדוח יילמד, ומסקנותיו ייושמו. תקנים מחמירים בסוגיית בטיחות הצלילה כבר יושמו עוד בטרם קבלת הדוח.
