בשנים 1998-2000 קיבלה הממשלה החלטות אחדות שעניינן מכירת דירות השיכון הציבורי למתגוררים בהן, בהנחות גדולות. המטרה הייתה, בין היתר להיטיב עם הדיירים הוותיקים בשיכון הציבורי ולהפכם לבעלי דירות משלהם.
הממשלה קבעה בין השאר, שהתמורה שתתקבל תשמש למימון רכישת דירות לנזקקים. בפועל, מטרה זו לא הושגה.
בבעלות הסוכנות היהודית לארץ ישראל או תאגידים שהיא מייצגת, דירות המושכרות או המיועדות להשכרה לזכאים על-פי הקריטריונים של משרד הבינוי והשיכון. חברת "עמי גור ניהול נכסים בע"מ", שבבעלות הסוכנות עוסקת בניהול, בהשכרה ובמכירה של דירות אלה עבור הסוכנות.
בינואר 1999 חתמו החשב הכללי שבמשרד האוצר והסוכנות, על הסכם להחלת החלטות הממשלה על דירות רכוש הסוכנות. לסוכנות היו כ-18 אלף דירות, ההסכם קבע דרך לחישוב הפיצוי שתקבל הסוכנות בגין הנחות שינתנו לרוכשי הדירות שבבעלותה בהתאם לתנאים שקבעה הממשלה.
כמו כן נקבע, כי אם החברה תמכור 5,000 דירות או יותר בתקופה של 3 שנים, תרכוש המדינה את יתרת הדירות, רכוש הסוכנות במחיר הנקוב בהסכם. דוח מבקר המדינה קבע, כי ההסכם חריג הן מבחינת היקפו, הן מבחינת מהותו וההתניות הכלולות בו. ראוי היה להביא את עניין ההסכם לדיון בממשלה בצירוף ניירות עמדה ותחשיבים, כולל הערכה של השפעת ההסכם על התקציב הדרוש ועל מלאי הדיור הציבורי. דבר זה לא נעשה.
אף כי המבצע למכירת דירות מהדיור הציבורי אמור היה להימשך 3 שנים ובסיומו היתה הממשלה אמורה לרכוש את שאר הדירות, לא נקבע בהסכם מנגנון לעדכון הסכומים שיביא בחשבון את התנודות במחירי המקרקעין.
החלטות הממשלה בדבר מכירת דירות השיכון הציבורי לדייריהן קבעו, כי התמורה למכירתן בניכוי הוצאות ותשלום פיצוי לבעלי דירות ציבוריות שאינן רכוש המדינה, תשמש למימון רכישת דירות לנזקקים. בפועל, עד ה-30.6.02 פיצה משרד האוצר את הסוכנות בכ-380.5 מיליון ש"ח בגין מכירת 5,216 דירות. הפיצוי הותיר בידי המשרד רק כ-85 מיליון ש"ח שהיה בהם כדי לממן רכישת דירות מעטות בלבד.
כשיקויים ההסכם במלואו, והממשלה תרכוש את דירות הסוכנות שלא נמכרו במבצעים, יטיל הדבר עומס כבד על תקציב המדינה - כשני מיליארד ש"ח במועד חתימת ההסכם, בלא שתתווסף למאגר הציבורי אפילו דירה אחת.