בית המשפט העליון, בראשות הנשיא אהרן ברק, קבע כי חומר חקירה שנאסף על-ידי חוקר מיוחד שהוסמך לכך על-פי חוק, יכול לשמש להעמדה לדין, גם ללא היוועצות בפרקליטות.
כפועל יוצא, לפחות במקרים מסויימים, יהיה הגוף החוקר גם הגוף שיקבע האם להעמיד לדין.
הרקע לדיון הוא העמדה לדין פלילי של חברת משה ח. אלי ע. בע"מ ושלושת מנהליה בגין עבירות על חוק מס ערך מוסף. השלושה טענו נגד הגשת כתב האישום על-ידי יועץ משפטי במנהל מס ערך מוסף, שהוסמך לשמש כתובע על-ידי היועץ המשפטי לממשלה.
בדיון בבית משפט השלום נקבע כי כתב האישום היה פגום, וכי היתה חובה להפנותו לעיון פרקליט, בהתבסס על סעיף 60 לחוק סדר הדין הפלילי, אשר קובע כי רק פרקליט מטעם הפרקליטות יוכל להחליט על הגשת כתב אישום בגין עבירת פשע. עם זאת, נקבע, כי ניתן לתקן את הפגם שנוצר אם החומר יועבר לעיון פרקליט המחוז, שיורה על העמדה מחודשת לדין.
בבית המשפט העליון דנו בסוגיה והפכו את ההחלטה. על-פי החלטת בית המשפט העליון, סעיף 241(ב) לחוק סדר הדין הפלילי מאפשר לחוקר מיוחד להעביר את חומר החקירה לאדם שאינו פרקליט, אם נקבע לכך הסדר בחיקוק אחר.
חוק מע"מ אינו כולל הסדר המסדיר העמדה לדין באמצעות יועצים משפטיים של הרשות למע"מ. בערעור המקורי בבית המשפט המחוזי נקבע, כי החלטת היועץ המשפטי לממשלה לאפשר העמדה זו לדין אינה מספקת כדי לשמש "הרשאה בחיקוק אחר".
הנשיא ברק הפך את ההחלטה. "גישה זו אינה מקובלת עלינו", כותב ברק. "אין לה ביסוס מספיק לא בלשון החוק ולא בתכליתו".
בהחלטתו מתבסס ברק על תכלית החוק. לדעתו, תכלית החוק היתה כי חומר חקירה הנאסף על-ידי חוקר מיוחד לא יהיה "תלוי באוויר", וכי תהיה לו כתובת. במצב הנוכחי, בו לתובעים המיוחדים יש תלות ביועץ המשפטי לממשלה, מדובר בחיץ מספק כדי לאפשר להם להגיש את התביעה.
השופטות דליה דורנר וואילה פרוקצ'יה הסכימו עם ברק.
