צה"ל נכנס הלילה לג'נין - עם כוח שיריון שכלל כ-20 טנקים ונגמשים, כוח רגלים ובחיפוי כוח אווירי. זו הכניסה הגדולה ביותר שנעשתה באחרונה על-ידי צה"ל, לשטח המוחזק כשטח A בידי הרשות הפלשתינית. עם השלמת הפעולה עזבו כוחות צה"ל את המקום.
הכניסה אירעה סמוך ל-02:00, לאחר הכנות מדוקדקות שנעשו במשך כל היום ועד שעות הלילה המאוחרות. כוחות צה"ל רוכזו סמוך לכפר ג'למה עד סמוך לחדירה לג'נין.
זמן קצר לאחר הכניסה תפסו כוחות צה"ל את בניין הממשל הפלשתיני בג'נין. בניין זה שימש מפקדה של צה"ל עד פינוי העיר במסגרת הסכם אוסלו. עתה שבו כוחות צה"ל עם דחפורים להורסו.
מלבד בניין הממשל הפלשתיני במקום תפסו כוחות צה"ל כמה מבנים נוספים, המשמשים את ארגוני הטרור, ובהם את הג'יאהד האיסלמי.
הכניסה, תפיסת המבנים וההריסה נעשו תוך כדי חילופי אש כבדים בין צה"ל לבין הכוחות במקום: אנשי המשטרה הפלשתינית, כוחות התנזים וגם מחבלים - שהמתינו לבואו של צה"ל. במשך כל הפעולה התנהלה פעולת הסתה. במסגדים נקראו תושבי ג'נין לצאת להפגנות כנגד "הפולשים הציונים". לפי דיווחים של הפלשתינים - חיילי צה"ל ביצעו את פעולת ההריסה, מבלי לצאת מהטנקים ומהדחפורים. לא נמסר על נפגעים מצד חיילי צה"ל.
ההחלטה להיכנס למקום התקבלה בעקבות הפיגועים הרבים שיצאו מהמקום, ולאחר שהתברר כי חלק ניכר מפיגועי ההתאבדות ומפיגוי התופת (במכוניות ממולכדות) יוצאים מאזור ג'נין. כן התברר, כי בניין המפקדה, הכולל בית מעצר, שימש בידי הרשות למעצר זמני של מבוקשים - כדי להגן עליהם מפני צה"ל.
עם השלמת הפעולות שתוכננו סמוך ל-04:00 יצא צה"ל מהמקום, ללא נפגעים.
בעקבות החדירה לג'נין, פנתה הרשות הפלשתינית כבר הלילה אל האו"ם, בדרישה לכנס את המועצה לביטחון של האו"ם. פניות שוגרו גם לממשל האמריקני ולראשי האיחוד האירופי. הפלשתינים הכחישו ידיעות, כאילו נהרגו כמה פלשתינים בפעולה זו.
יאסר עבד-רבו, מבכירי הרשות והממונה על ההסברה ברשות, אמר כי הפלישה לג'נין "זו הכרזת מלחמה" על הרשות הפלשתינית. הוא קרא להתערבות בינלאומית מהירה, כדי להגן על הפלשתינים מתוקפנותה של ישראל, כדבריו.
