כוחות צה"ל פועלים בג'נין החל משעות הבוקר (יום ה', 29.5.03) המוקדמות עקב התרעות על כוונות של מחבלים לצאת מהעיר ולבצע פיגועים. העיר הוטלה תחת עוצר מלא. הכוחות - שני גדודים מחטיבת גולני, בסיוע יחידת הסיור של חטיבת הנח"ל, כוחות שריון והנדסה, פשטו על הקסבה של ג'נין, במבצע שקיבל את השם - 'חוות התבלינים'.
סמוך לשעה 16:00 דיווחו מקורות פלשתינים, כי כוחות צה"ל בג'נין מרכזים את כל הגברים מגיל 15 עד 40 בחצרות בתי הספר בעיר העתיקה. עוד מדווחים המקורות, כי עד כה הרס צה"ל עשרות רכבים, בתי עסק ובתים בעיר העתיקה.
במהלך הפעילות באזור, נפצע הבוקר חייל צה"ל באורח קל מאד מרסיסי ירי. החייל קיבל טיפול רפואי במקום ואז פונה לבית החולים.
כוחות הבטחון עצרו צעיר מאום-אל-פאחם בחשד לסיוע לחמאס לבצע פיגוע ירי בחדרה. העצור הוא - מוחמד מחאג'נה, בן 21 מאום-אל פאחם. מחאג'נה נעצר במחסום של צה"ל בשומרון. בעת האחרונה גוייס בידי החמאס והתגורר בג'נין.
הבוקר נהרג מחבל חמוש בחילופי אש עם חיילים מסיירת נח"ל. הפלשתינים דיווחו כי ההרוג הוא סאאד פחמאווי, (18), איש גדודי ירושלים, הזרוע הצבאית של הג'יהאד האיסלמי. המדובר בפעיל שנהג לבצע פיגועי ירי באזור ההתנחלויות גנים וכדים.
ברפיח הרס כוח צה"ל חמישה מבנים בהם מעבדות נשק ומחרטה. במהלך הפעילות נתגלתה מנהרה להברחת אמל"ח וכעת נערכים לפוצצה.
בטולכרם, הנתונה אף היא בעוצר, נמשכת גם כן פעילות צה"ל. ועל-פי דיווחי הפלשתינים, צה"ל ממשיך לכתר גם את אזור שכם.
פיגוע ירי לעבר אוטובוס; ישראלי פצוע בכביש עוקף חלחול, מצפון לחברון, נפצע הלילה (יום ד', 28.5.03) אזרח ישראל מיריות לעבר אוטובוס ממוגן בקו 160 שעשה דרכו מירושלים לחברון.
האש נפתחה מהמארב לעבר האוטובוס משני צידי הכביש. האיש נפגע מרסיסים, נהג האוטובוס המשיך בנסיעה עד קריית ארבע, שם טופל על-ידי רופא צבאי. מאוחר יותר פונה לבית החולים 'הדסה עין כרם' בירושלים.
בשעות אחר הצהריים (יום ד', 17:45) נורתה רקטת קסאם לעבר העיר שדרות. הטיל פגע בבית בעיר, עם זאת איש לא נפגע.
מקורות פלשתינים מסרו הערב, כי למרות דיווחים שנשמעו במהלך היום, כוחות צה"ל אינם אחראים למותו של שוטר פלשתיני מכוח 17. השוטר נהרג בעת שנסע במכוניתו בעיירה ביתוניא. נסיבות מותו לא ברורות. [ראו קישור].
אמש הודיע המנהיג הרוחני של ארגון החמאס, השייח' אחמד יאסין, כי הארגון שוקל הפסקת אש זמנית עם ישראל, לתקופה בת מספר שבועות. השייח' יאסין ציין כי תנאי זה תלוי בתגובות ישראל בשטח [ראו קישור].
