מנכ"ל רשות הנמלים, גדעון שמיר, ומנהל נמל אילת,רם בלאס, נחקרו באזהרה על-ידי פקחי היחידה למניעת זיהום ים של המשרד לאיכות הסביבה, בחשד לעבירה של אי קיום צו שהוציא השר לאיכות הסביבה.
במסגרת טיפולו של השר בגורמים שהביאו לזיהום מימי המפרץ הוציא השר לאיכות הסביבה, צחי הנגבי, צו אישי, המחייב את נמל אילת להתקין מטען פוספטים המצמצם באופן דרסטי את זיהום מימי המפרץ בעת הטענת הפוספט.
נמל אילת לא קיים את הצו של השר ועל כן נפתחה נגדו חקירה בנושא.
בתגובה לחקירה אמר מנכ"ל המשרד לאיכות הסביבה, יצחק גורן, כי המשרד פועל באופן רציף וללא פשרות עד להפסקת הזיהומים וללא תלות בגדול הזיהום ומעמדו בהיררכיית גורמי הזיהום.
בנוסף דרש אתמול (יום א', 19.8.01) מנכ"ל המשרד לאיכות, לבצע הערכה מחודשת לבדיקת הגורמים לזיהום מפרץ אילת בעקבות מידע שגוי שקיבלו מגורמים שונים במהלך ביצוע עבודתם.
על-פי בדיקת המדענים, הסיבה לזיהום נבעה מזרימה עקבית של מערכת הביוב הזורמת לים, מערכות הטענת הפוספטים בעקבה והחווה לגדיול דגים במפרץ אילת.
מבדיקה שערך המשרד לאיכות הסביבה עולה, כי מערכת הביוב מטופלת החל מ-1986 בבריכות חמצון והשפכים אינם מוזרמים לים באופן חופשי, כפי שהניח צוות המדענים הבינלאומי.
על-פי תיקון מדוח המדענים, יוכרו כלובי הדגים כגרום הזיהום הרציף והעיקרי במפרץ אילת.
עמדת המשרד לאיכות הסביבה היא, כי יש לפעול לכך שיוצאו כלובי הדגים וימצא להם פיתרון אלטרנטיבי.