ועדת חוקה ומשפט קיימה (א', 6.7.03) דיון מסכם בנושא 'השמירה על זכויות האדם במסגרת המלחמה בטרור'. בדיון קודם אמץ הפרקליט הצבאי הראשי האלוץ מנחם פינקלשטיין את המלצת הוועדה כי יש לשמור על זכויות האדם בעת פינוי מאחזים בלתי חוקיים. כמו כן, פורסמו מספר הפרות זכויות אדם בשטחים.
יו"ר הוועדה ח"כ מיכאל איתן טען בתחילת הישיבה, כי לאור מקרים רבים של תלונות שהגיעו לוועדה אודות התנהלות צה"ל במחסומים, נראה כי ישנו קשר בין שעות עבודה מרובות של החיילים במחסומים לבין התנהגות אגרסיבית כלפי תושבי השטחים שעוברים במחסומים. לדעתו, העובדה שחייל נאלץ לעבוד שמונה שעות ולנוח שעות לסירוגין, גורמת לו להוציא את תסכוליו ואת העייפות שלו כלפי אזרחים תושבי השטחים. הוא המליץ בפני הפצ"ר האלוף פינקשלטיין לאמץ את המסקנות וליישמן בצה"ל.
לפיכך בתום הישיבה היום טען הפרקליט הצבאי הראשי, כי "אנחנו גאים בכך שלמרות שלא נעשו מעצרים מנהלים, ערב חומת מגן היו בסה"כ 7-8 מעצרים מנהליים". לא ניתן להעמיד את אותם עצירים מנהליים לדין בשל ידיעה על סכנה ובשל סיבות משפטיות. יחד עם זאת, לטענת הפרקליטות הצבאית, המעצרים מתנהלים על-פי החוק עם אפשרות לערעור, בשונה מארה"ב.
ביהמ"ש קבע גם את תנאי המעצר של העצירים המנהליים. כיום על-פי הדיווחים קיימים כ-1000 עצירים מנהליים תחת מדינת ישראל. המעצר נעשה באמצעות צווים ובאישור ביהמ"ש . כמו כן, ישנה אפשרות לערער על ההליך באמצעות בג"צ, ביהמ"ש הצבאי לערעורים ועוד.
בהתייחס לסוגיית המחסומים נאמר על-ידי האלוף פינקלשטיין, כי 'ענישה שלא כדין אסורה'. ישנם מקרים רבים בהם המקרים או האירועים אינם מגיעים לפרקליטות הצבאית ונפתרים ברמת דרג המפקדים בשטח. יחד עם זאת טען, כי "העובדה שיש מספר כה רב של חקירות וכתבי אישום מדליקה נורה אדומה", וביקש להעביר את המלצת הוועדה ליישום ולבחינה מחודשת על-ידי צה"ל.
יו"ר הוועדה ח"כ איתן טען, כי המלחמה בטרור תעשה על-פי חוק וזכויות אדם, תמיד ישנם מקרים בהם ישנם מקרים חריגים. "אני משוכנע שהפרקליט הצבאי הראשי עושה כמיטב יכולתו על מנת להביא להענשת האשמים". יחד עם זאת תוקם ועדה משותפת שתבחן את המקרים לגופם. ישנה תגובה מוטעית שלפעמים יש צורך לשפר את המצב - אין נטייה להתעלם מהמצב. יחד עם סכם ח"כ איתן, כי הוועדה תעשה כמיטב יכולתה בכדי לשפר את התדמית שיש לעולם על ישראל ולהקטין את הפגיעה בזכויות אדם.
כאמור, אחת מהחלטות הוועדה היא לאפשר לפרקליט הצבאי הראשי להופיע בפני חברי ועדת חוקה חוק ומשפט ולתת סקירה מקיפה על הנעשה בצה"ל כל שישה חודשים.