שר החקלאות, שלום שמחון, הביע את התנגדותו להצעות משרד האוצר במסגרת חוק ההסדרים. שמחון קרא לבטל את העברת הסמכויות בתחומי הניקוז ממשרד החקלאות למשרד התשתיות הלאומיות, ולהחזיר את נציבות המים לאחריות משרד החקלאות.
לדברי השר, תחום הניקוז הינו מרכיב עיקרי לשימור הקרקע החקלאית בישראל והינו תנאי למניעת דילדולה. למשרד החקלאות יש את התשתית האנושית והמקצועית לטיפול בנושא הניקוז, הכוללת יחידת מחקר ומו"פ ופריסה ארצית של מהנדסים מומחים במחוזות המשרד. העברת הסמכויות תחייב הקמת מערכת מקבילה במשרד התשתיות הלאומיות ותגרום לבזבוז משאבים.
השר תובע להחזיר את נציבות המים לאחריות משרדו, כפי שהיה לפני חמש שנים. לדבריו, לנוכח היווצרות המשבר במשק המים והנזק הכבד שנגרם לחקלאות, יש להחזיר את נציבות המים למשרד, אשר ידאג לקידום תוכניות להגדלת היצע המים לשימוש החקלאות.
השר שמחון התנגד נחרצות להחלת חוק ההגבלים העסקיים על המגזר החקלאי, במתכונת שהציע משרד האוצר. לדבריו, הצעתו של האוצר מונעת מהחקלאים את יכולת ההתארגנות לשיווק תוצרת חקלאית בצורה מסודרת באמצעות מועצות הייצור והתארגנויות של חקלאים בענפים השונים.
השר הדגיש, כי ענף החקלאות דורש התייחסות שונה משאר הענפים הכלכליים בשל השפעת גורמי הטבע, תנודתיות גדולה של מחירים, היקפי ייצור והשפעת מפגעים. ביטול הפטור לחקלאות מחוק ההגבלים העסקיים יביא לחיסול טוטאלי של הכלים הארגוניים העומדים כיום לרשות החקלאים, על-מנת לזכות לתמורה הוגנת בשיווק תוצרתם בשוק המקומי. בשל זאת, החליטו כל מדינות המערב להוציא את החקלאות מחוץ לחוק ההגבלים העסקיים.
שר החקלאות מציע להקים ועדה בהשתתפות נציגי משרד החקלאות, משרד האוצר, הממונה על ההגבלים העסקיים ונציגי החקלאים, אשר תגבש נוסח מתאים שיבטל את הפטור מחוק ההגבלים העסקיים בכל הנוגע לשיווק תוצרת חקלאית שלא על-ידי החקלאים.