הספרייה הלאומית, אשר נמצאת בשטח האוניברסיטה העברית בירושלים, ממלאת תפקיד חשוב בשימור הכנסים הרוחניים והתרבותיים של עם ישראל ומדינת ישראל. מדוח מבקר המדינה עולה, כי בחודשים מרס-אוקטובר 2002, לא קידמה הממשלה הצעת חוק להסדרת מעמדה החוקי של הספרייה הלאומית, וכי לא כל הליקויים שמצאה הוועדה הבינלאומית תוקנו.
במרס 2003 נמסר במליאת 'הוועדה לשינוי מעמד הספרייה הלאומית', כי חברת ועדת המשנה שלה, "התרשמו... כי הספרייה נמצאת בתהליך שקיעה, וכי לא ניתן להבטיח בשלב זה את קיומם של התנאים החיוניים להקמתה של ספריה לאומית חדשה לפי המלצות הוועדה הבינלאומית".
הביקורת העלתה שאין ממלאים במלואן את הוראות חוק הספרים (חוברת מסירה וציון הפריטים), התשס"א-2000, בעניין הפקדת ספרים בספרייה, תחזוקה ומיגון דחופות, אף שמקצתן קשורות לבטיחות ולביטחון עובדים ואוספים. בתחום הארכיוני נמצא, שלא היה כל תיאום בין גנזך המדינה לבין ארכיון הספרייה הלאומית.
מבקר המדינה קובע, כי ראוי שהממשלה תקדם חקיקה שתסדיר את מעמד הספרייה הלאומית - כמקובל במדינות הנאורות בעולם, ותאפשר לה פעילות שוטפת ותקינה כדי למלא את ייעודה.
משרד מבקר המדינה המליץ לגנזך המדינה ולספרייה הלאומית, לתאם ביניהם את הפעילות בכל הקשור לחומר ארכיוני. ראוי גם כי משרדי המשלה הנוגעים בדבר, כגון משרד ראש הממשלה ומשרד החינוך, יקבעו עמדה בעניין תחומי העיסוק של כל אחד מהגופים בכל הקשור לאיסוף ולשימור חומר.
