חשש כבד כי במסגרת פיגועי הטירור נפגעו גם ישראלים רבים. ממשרד החוץ נמסר, כי המשרד כבר קיבל כ-4500 פניות מצד ישראלים, שביקשו לברר פרטים על יקיריהם שיצאו לארה"ב.
בשלב זה ידוע על מותם של שני ישראלים: דניאל לוין, שהיה על טיסת אמריקן איירליינס שהתרסקה אל תוך מרכז הסחר העולמי. דניאל לוין, בן 31 במותו, היה ממייסדי חברת "אקאמי"; באותה טיסה נמצא גם אדמונד גלזר, סמנכ"ל הכספים של חברת MRV;
ישראלי נוסף יצר קשר עם משפחתו בהיותו קבור בין ההריסות באמצעות מכשיר הטלפון הסלולרי שלו; ישראלית נהרגה במטוס שהופל אל בניין הפנטגון.
במשרד החוץ הביעו חשש כי לוין וגלזר אינם ההרוגים הישראלים היחידים, וכי יתכן שישנם עשרות פצועים והרוגים ישראלים נוספים.
נציגויות ישראל בוושינגטון וניו-יורק פתחו חדרי מצב, על-מנת לסייע לציבור הישראלי בבירור פרטים. חדרי המצב נפתחו בהוראת שר החוץ שמעון פרס.
להלן מספרי הטלפון:
השגרירות בוושינגטון 0012023645427 0012023645550 0012023645440 השגרירות בניו-יורק 0012124995460 0012124995461 0012124995467 0012124995468 0012124995469 0012124995470 0012124995477 0012124995478 ישראלים המעוניינים לברר פרטים לגבי קרוביהם הנמצאים בחו"ל יכולים לייצור קשר עם מספרי הטלפון שצויינו.