בתום הערכת מצב ביטחונית מחודשת, החליט הלילה (יום א', 7.9.03) שר הביטחון, שאול מופז, להטיל סגר כללי על כל שטחי יהודה, שומרון וחבל עזה.
במסגרת הסגר, לא תותר כניסת פלשתינים לישראל, למעט במקרים הומניטריים ולבטל בכך את כל ההקלות שאופשרו לפלשתינים בשבוע שעבר.
המשטרה הכריזה על מצב פעילות מבצעית (פע"מ) ג' - כוננות-על בכל רחבי הארץ, רמה אחת לפני הכרזה על מצב חירום. הדבר אומר, כי קורסים ייפסקו, שוטרים יוחזרו מחופשות, יוצבו מחסומים בכניסות לערים ויתוגברו הסיורים הגלויים והסמויים.
במסגרת ההיערכות, מתוגברים הכוחות במרחב התפר, מרכזי
ערים ומקומות הומים אדם. יתוגברו מוסדות חינוך, בתי הספר, הגנים, תחנות הסעה, טרמפיאדיות ואוטובוסים. לדברי גורמים במשטרה, ההתרעות לפיגועים בשלב זה הן כלליות ולא ממוקדות.
בעקבות מצב הכוננות, יתפרסו הכוחות בשלושה מעגלים: מעגל חיצוני - עוטף ירושלים, מעגל שני - בצירים הראשיים לערים הגדולות, ומעגל פנימי - מקומות הומי אדם בערים הגדולות. בשעות הבוקר צפויים שיבושי תנועה בעיקר בכניסות המרכזיות לערים.
במסגרת איומי החמאס, כי 'ישראל תשלם ביוקר על ניסיון ההתנקשות בשייח יאסין', כל האפשרויות נלקחו בחשבון, בהן פיגועי ירי, פיגוע משולב, חטיפות, פיצוץ מטענים וניסיונות לפיגוע התאבדות. גם במחוז הצפוני תגברו כוחות הביטחון אזורים הומי אדם.
בידי מערכת הביטחון מצויות 37 התרעות ממוקדות לפיגועים, בכל רחבי הארץ עם דגש על ירושלים. רוב ההתרעות מצביעות על פעולות ייצאו מתשתית הטרור שבג'נין ובעיקר מחברון. מפכ"ל המשטרה, רב ניצב שלמה אהרונישקי יערוך במהלך היום הערכת מצב. ישיבת הממשלה בוטלה.
גורמים מדיניים: מנהיגות החמאס תחוסל עד האחרון שבה "מדובר בעליית מדרגה מבחינתנו ואכן עלינו מדרגה". כך אומרים (יום א') גורמים בכירים בצה"ל, זמן קצר לאחר ניסיון ההתנקשות במנהיגה הרוחני של החמאס, השייח אחמד יאסין. ראש הממשלה, אריאל שרון, נשמע כמי שאומר, "זה או אנחנו או הם. נרדוף אותם ונחסל את כל ראשי הטרור. החלטה זו שהתקבלה אין חזרה ממנה".
מקורות גורמים במערכת הביטחון אומרים, כי צה"ל ימשיך במלחמת חורמה נגד ארגוני הטרור והחמאס, "מנהיגות החמאס תחוסל עד האחרון שבה", כך לדבריהם. במערכת הביטחון לא נעשית הבחנה אם המדובר במנהיג רוחני או מדיני. אם המדובר בפעיל בכיר או זוטר.
"הוכחנו זאת במהלך ההתנקשויות בשבועות האחרונים ואנחנו נמשיך בפעולות כל זמן שאין ממשלה פלשתינית שתעשה סדר", הם מוסיפים. לעניין ההפצצה אומרים גורמים במערכת הצבאית, כי צה"ל לא השתמש במלוא העוצמה במהלך ההפצצה כדי לא לפגוע באזרחים. "ידענו מי נמצא בבית, התברר שהמידע היה נכון. מבחינתנו זה שהמבוקשים לא נהרגו, זו לא תקלה המסר הברור הועבר". כך לדבריהם.
גורמים מדיניים אומרים, כי ההחלטה לפעול נגד המדיניות הבכירה של החמאס התקבלה זמן קצר לאחר התפטרותו של ראש הממשלה הפלשתיני, אבו מאזן. "החמאס במצוקה במיוחד עקב ההחלטות באירופה להכריז על הארגון כארגון טרור. כל השיקולים נלקחו בחשבון. מנהיג חמאס שקורא להרג ילדים לא ראוי לשבת סביב שולחן ההנהגה. פגיעה בשייח יאסין אינה שונה מפגיעה של גורם אחר. השייח השתתף בפגישה של מחבלים כדי לתכנן פיגוע בישראל. הפלשתינים לא עושים דבר וישראל תפגע בכל מי שהיא רואה לנכון ללא הגבלה, לפי החלטת הקבינט.
חשש מהתלקחות הרוחות בארץ ובעולם המזרח התיכון - שר החוץ של ירדן, מרוואן מועשר, אומר כי נסיון ההתנקשות בשייח יאסין מאיים על תהליך השלום וכי ארצו שוללת פעולה זו. במצרים מזהירים, כי קיים חשש שהניסיון של ישראל לפגוע באישיות בכירה, כמו זה של השייח יאסין, עשויה לגרום להתלקחות אזורית במזרח התיכון.
אוסטרליה - אחד מראשי הקהילה היהודית של אוסטרליה אומר כי גורמי הביטחון האוסטרלים העבירו התרעה בדבר אפשרות של פיגוע נגד יהודים. נשיא ועד הקהילות במדינת ניו סאות' וולס שבאוסטרליה, סטיבן רוטמן, אמר כי בהודעה נאמר, כי מידע בדבר אפשרות של פגיעה בקהילה היהודית באוסטרליה התקבל כבר לפני חצי שנה. ההתרעה התקבלה אחרי מעצרו של אחד ממתכנני ה-11 בספטמבר בפקיסטן.
השתלשלות האירועים כזכור, ביום חמישי (4.9.03) התקיימה התייעצות של הדרג המדיני עם הרמטכ"ל, רב-אלוף משה (בוגי) יעלון, בה הוחלט על שורה של צעדים בוני אמון והקלות לפלשתינים, ביניהם אישור יציאתם של 18,000 פלשתינים לעבודה ולמסחר בשטחי ישראל. כן נפתחו מעבר קרני ומעבר ארז לתנועת פועלים וסחורות, בעקבות הוראת הדרג המדיני. אולם כעת, כאמור, בוטלו ההקלות.
הערכת המצב המחודשת באה לאחר 2 תקריות קשות, בהן נהרגו 2 חיילי צה"ל - האחת בג'נין והאחרת בשכם, וכמה שעות לאחר ניסיון החיסול הכושל של בכירים בהנהגת החמאס
[ראו קישור].
כזכור, סמוך לשעה 16:00 בשבת, ירו כמה מטוסי-קרב של צה"ל מספר טילים מונחי-לייזר לעבר מבנה, שבו שהו בכירי תנועת החמאס, ובהם ארבעת ה'אסים': מנהיג הארגון, השייח' אחמד יאסין, ראש הזרוע הצבאית, מוחמד דיף, "המהנדס" הראשי של הארגון, עדנאן אל-ע'ול והדובר, ד"ר עבד אל-עזיז רנטיסי.
במערכת הביטחון אמרו, כי ראשי התנועה היו בעיצומה של 'ישיבת קבינט', שעסקה בהכנה ותכנון של הפיגועים הבאים נגד ישראלים, אולם הכוננות אינה נובעת רק מחשש לנקמה בעקבות הפעולה.
מוצ"ש: התחדש ירי המרגמות על גוש קטיף; הפלשתינים תקפו מוצבי צה"ל בגבול מצרים עם צאת השבת, ירו הפלשתינים טיל קסאם לעבר היישוב בדולח בגוש קטיף. מאוחר יותר, נורו 5 פצצות מרגמה לעבר נווה דקלים ופצצה נוספת נחתה בסמוך ליישוב נצרים. בכל התקריות הללו, לא היו נפגעים.
באירוע אחר, התקיפו המחבלים את מוצבי צה"ל באזור רפיח, בגבול ישראל-מצרים, כשהם יורים טילי נ.ט. ומשליכים רימונים. גם באירוע זה לא היו נפגעים והחיילים השיבו אש לעבר מקורות הירי.