כוח משטרתי גדול פרץ (יום ו', 12.9.03) להר הבית, לאחר שמאות צעירים פלשתינים שהגיעו להתפלל במקום, החל ליידות אבנים לעבר רחבת הכותל, ולעבר כוחות משטרה שעמדו בשער המוגרבים, בתום התפילות במסגדים.
מפקד מחוז ירושלים במשטרה, ניצב מיקי לוי, אמר כי הכוח נאלץ להשתמש ברימוני הלם ובירי כדורי גומי, כדי להדוף את המתפרעים שזרקו אבנים לעבר רחבת הכותל. כוחות הביטחון הקפיצו למקום מאות שוטרים ואנשי מג"ב, כדי להשתלט על המתפרעים, וכאמור, עשרות שוטרים נכנסו להר. שני פלשתינים שהתפרעו נעצרו לחקירה. המשטרה טוענת, כי ערפאת הוא העומד מאחורי ההתפרעויות, במטרה להצית את האש בין כוחות הביטחון לפלשתינים.
דווח על כמה שוטרים שנפצעו קל. השוטרים שולטים עתה במקום. כוחות המשטרה תוגברו למקרה שהמתפללים יחלו שוב להתפרע.
כ-30,000 מתפללים נכנסו היום להר, כשליש מהם צעירים. מפקד מחוז ירושלים במשטרה, ניצב מיקי לוי, העריך כי יאסר ערפאת מעורב בגרימת ההתפרעויות במקום. באשר להתפרעויות, אמר ניצב לוי, כי "בלא פריצה כזאת, אזור הכותל היה מתמלא באבנים ואין לאפשר מצב כזה. למתפללים במסגדים צריך להיות ברור שהמשטרה לא תאפשר להם לזרוק אבנים לעבר המתפללים היהודים בכותל".
במשטרה מדגישים, כי הכדורים מצופי הגומי שירו השוטרים, הם מסוג חדש ובעוצמה נמוכה.
בעקבות החלטת הקבינט אמש על סילוקו של יאסר ערפאת, הוגברה ההיערכות הביטחונית באזור ירושלים, תוך שימת דגש על אזור הר הבית, מחשש להפרות סדר בתום תפילות יום השישי. למרות חשש זה, ואולי כדי שלא לשלהב את הרוחות, החליטה המשטרה שלא להגביל את הכניסה להר למבוגרים בלבד.
היערכות אנשי הביטחון, משטרת מחוז ירושלים, כוחות מג"ב וצה"ל היום הינה גבוהה מהרגיל, עקב מספר ההתרעות (כ-40 במספר) על פיגועים אפשריים. בהמשך להיערכות שננקטה במהלך השבוע, הוצבו מחסומים בכניסות לערים ותוגברו הסיורים הגלויים והסמויים. כן תוגברו הכוחות במרחב התפר, במקומות הומים אדם, מוסדות חינוך, בתי ספר, גנים, תחנות הסעה, טרמפיאדות ואוטובוסים.
בידי מערכת הביטחון מצויות כבר זמן רב התרעות על כוונת המחבלים לבצע פיגוע במטוסים. לאחרונה, התגברו ההתרעות המעלות אפשרות זו, ואולם בשלב זה לא ניתן להרחיב בנושא.
פעילות צה"ל הלילה כוח של יחידת דוכיפת, שתפס אתמול את אחת הקומות בבניין משרד התרבות הפלשתיני ברמאללה, המשקיף על מתחם המוקעה, פינה היום את הבניין. בצה"ל אומרים, כי "המסר לערפאת הועבר".
סוכנויות הידיעות הזרות מדווחות, כי במהלך פעילות לילית של צה"ל במחנה הפליטים של טולכרם, נפצעו 3 פלשתינים.
כחלק מהלחימה המתמשכת בתשתיות הטרור, הרסו כוחות צה"ל בוואדי אבו-כתילה בחברון, את ביתו של פעיל החמאס עז א-דין מיסק. מיסק היה מפקדם של מספר חוליות חמאס בחברון, ובין היתר שילח והכווין מחבלים לביצוע פיגוע החדירה בקריית ארבע ב-7.3.03, בו נרצחו 2 אזרחים ישראליים. כמו כן הוא היה מעורב בהכוונת פיגועים רבים בירושלים, חברון, קריית ארבע ומקומות נוספים.
בהודעת דובר צה"ל נאמר, כי "הריסת בתי מחבלים הינה מסר למחבלים ושותפיהם לפעילות הטרור, כי למעשיהם יש מחיר אשר ישלם כל מי ששותף בפעילות חבלנית עויינת. צה"ל ימשיך וינקוט בכל האמצעים החוקיים העומדים לרשותו על-מנת לפגוע במחבלים, שולחיהם, והגורמים המסייעים להם", לשון ההודעה.