כוח גדול של חטיבת גבעתי מלווה בטנקים וכוחות גדולים של הנדסה נכנס לרפיחה בלילה שבין יום חמישי לשישי. לראשונה מאז פרוץ האינתיפאדה השתלט הכוח על אזור זה. חייל גבעתי נפצע באורח קל.
במהלך הלחימה במשך היום, נהרגו שבעה פלשתינים, בהם שני ילדים. כ-55 פלשתינים נפגעו, מהם כ-18 נפצעו קשה.
מטרת פעולת צה"ל: איתור מנהרות וכלי נשק כבדים שהצליחו הפלשתינים להבריח דרך המנהרות אל תוך הרצועה. שם הקוד שניתן למבצע: "טיפול שורש". בצה"ל נערכים לשהות ארוכה יחסית באזור - לפחות כמה ימים. במהלך היום התגלו 2 מנהרות, מתוך 15 אותן מחפש צה"ל.
הרשות הפלשתינית יוצאת בקריאות עזרה, הן כלפי מדינות ערב והן כלפי אירופה. יאסר ערפאת אמר באמצעות יועצו, נביל אבו-רודיינה, כי תקיפת ישראל הינה פשע מלמה. מזכ"לה או"ם, קופי ענאן, מגנה את ישראל על התקיפה ברפיח. לדברי ענאן, פעולותיה של ישראל נוגדות את החוק הבינלאומי - המחייב כובש לטפל באופן הומניטרי באוכלוסיה אזרחית.
עם כניסת הכוח ביום שישי לפנות בוקר, הגיבו הפלשתינים בלחימה עזה. נמסר כי הפלשתינים יורים מנשק קל, רימונים, טילי אר.פי.ג'י ומפעילים מטענים. מפקד הכוח במקום דיווח לחימה קשה והלין שהפלשתינים עושים שימוש ציני ובוטה באזרחים, בין היתר, זורקים מטענים מתוך בתים בהם נמצאים אזרחים.
הכוח הגיע בטור ארוך של שיריון. עשרות טנקים, עשרות נגמשים וכוח רגלי גדול, הכולל לוחמי סיירת, הקיפו את רפיח והחלו לבצע סריקות במבנים חשודים, וכן חיפושים בבתים. הכוח הגדול מקבל סיוע ממסוקי צה"ל, הדולקים אחרי מטרות חשודות.
המבצע התחייב נוכח ההתפתחויות בשטח. על-פי המידע שהגיע למערכת הביטחון, הצליחו הפלשתינים להבריח, באמצעות המנהרות, כלי נשק כבדים יותר, בהם: קטיושות בקוטר 107 מ"מ, מטולי אר.פי.ג'י, טילים נגד טנקים מסוג סאגר, וטילים מסוג סטרלה נגד מטוסים ומסוקים.
במערכת הביטחון הוחלט לפעול עכשיו, לאחר שהתברר כי המנהרות הפכו ל"ערוץ החמצן" המזין את האינתיפאדה. המדובר עתה ב-13 מנהרות שהוקמו באחרונה.
המנהרות משמשות להעברת נשק ותחמושת בהיקפים גדולים שלא נראו קודם לכן. אין מדובר עוד רק בנשק קל, כמו רובים, רימונים וכו', אלא בנשק כבד - ובהיקפים גדולים, העלול לאפשר לפלשתינים לצייד יחידות שלמות של טרוריסטים, ובכך להפר את היתרון העצום שיש לצה"ל על הקרקע על-פני הפלשתינים. התברר, כי מצרים - שמתחומה מועברים דרך המנהרות כלי נשק כבדים ותחמושת, אינה עושה את הדרוש, למרות פניות ישראל, כדי לחסום את המנהרות.
