מועצת הביטחון של האו"ם דנה במהלך הערב והלילה (יום ג', 14.10.03) בהצעת הגוש הערבי והרשות הפלשתינית לגנות את ישראל, ולכפות על ישראל הפסקת בניית גדר ההפרדה והריסת החלקים שכבר הוקמו. ההצבעה התקיימה לפנות בוקר - אחרי מאמצי תיווך שנמשכו כמעט כל הלילה - ובסופו של דבר נאלצה ארה"ב להטיל וטו על ההחלטה שביקשה לגנות את ישראל.
שתי ההצעות שנדונו במועצת הביטחון הן: הצעת סוריה לגינוי ישראל בגין תקיפת חיל האוויר בשטח סוריה; ודרישת הפלשתינים לגנות את ישראל בגלל בניית גדר ההפרדה. ארה"ב נאלצה כאמור להטיל וטו, וזאת לאחר שלא נענו דרישותיה לגנות את ארגוני הטרור על הפיגועים, ולכלול את שמות הארגונים בהחלטה.
הנציג הפלשתיני באו"ם, נאסר אל-קידווה, אמר במהלך הדיון כי בניית הגדר כמוה כ"גניבת קרקע" שנועדה להרחיב את הכיבוש הישראלי. הגדר נועדה לספח שטחים לישראל ולא למנוע פיגועים, אמר. עוד הוא ציין, כי בניית הגדר כ-22 ק"מ מעבר לקו הירוק עשויה לפגוע בפרנסת מאות משפחות של פלשתינים המתגוררים באזור.
נציג ישראל, השגריר דני גילרמן, טען מנגד, כי מטרת הגדר הינה למנוע חדירה של מחבלים מתאבדים לשטחי ישראל לצורך ביצוע פיגועים. "אנחנו בונים את הגדר פשוט כדי לחיות". הוא ציין עוד, כי אם הפלשתינים היו נלחמים בטרור - לא היה צורך בגדר. הפלשתינים, לדבריו, מציגים תמונה שקרית לגבי הגדר, שאינה קובעת גבול מדיני אלא באה ליצור חיץ ביטחוני. כן הדגיש, כי ישראל הוכיחה בעבר שהיא יודעת להזיז גדרות במידה שמתקיים תהליך מדיני.
מקור מדיני בכיר אמר קודם להצבעה, כי אם סוריה לא תצליח לגייס את הרוב של 9 חברות המועצה כדי להעלות את הצעתה להצבעה, הדבר עשוי להקל על ארה"ב להטיל וטו על ההצעה הפלשתינית, כפי שהובטח לישראל בנושא זה. נציגי צרפת וספרד ניסו להביא לידי פשרה, שתכלול גינוי של הטרור הפלשתיני בכלל וגינוי הפיגוע האחרון בחיפה, בו נרצחו 20 בני אדם ונפצעו עשרות.