דקות לפני שהתנגש במגדל התאומים הראשון, הבהיר קולו של אחד המחבלים לנוסעי הטיסה: "שאף אחד לא יעשה בעיות, אנחנו חוזרים לשדה התעופה. אל תעשו צעדים טפשיים". הקול נתפס בתדרים שמשודרים בין מטוסים ופורסם על-ידי הניו-יורק טיימס.
אנשי מגדל הפיקוח הצליחו לאתר גם את קולו של המחבל, שמסביר לנוסעים כי למחבלים ישנם מספר מטוסים חטופים. הקולות נשמעו על-ידי אנשי הפיקוח עוד בטרם הפגיעה במגדלים, ושודרו ככל הנראה על-ידי אחד המחבלים אשר טעה בין מערכת הכריזה של המטוס לבין מערכת הקשר.
את החשד הראשוני שמדובר בחטיפה העלה טייס המטוס השני (טיסה מספר 175) שהתנגש במגדלי התאומים, אשר סיפר דקות אחדות לפני שנחטף מטוסו לאנשי מגדל הפיקוח כי קיבל מסר מוזר מהמטוס הראשון. אנשי מגדל הפיקוח איבדו זמן קצר קודם לכן קשר עם המטוס הראשון.
בשעה 8:41 בבוקר (שעון ארה"ב) אמר הטייס לאנשי מגדל הפיקוח: "נדמה שמישהו פרץ לתא הטייס וציווה על הנוסעים להיות בשקט". דקות אחדות לאחר מכן נדם גם הקשר עם המטוס שלו.
בשעה 8:50 נשמעת קריאה של טייס לא מזוהה בקשר, אשר שואל מה מקור העשן מעל מנהטן. בערך בשעה זו נותק גם הקשר עם טיסה 77, שהמריאה משדה התעופה בוושינגטון והתנגשה זמן קצר לאחר מכן בפנטגון.
מטוסי קרב הוזנקו לאוויר, וכשזוהה המטוס בדרכו לבית הלבן הועבר מיד סגן הנשיא דיק צ'ייני למקום מסתור.
הטייס בטיסה מספר 93, שנחטפה זמן קצר מאוחר יותר, כבר היה מודע לחטיפות שארעו במטוסים האחרים.
במקביל חשף העיתון, כי לפחות במטוס אחד שלא נחטף נמצאו מוחבאים סכינים כגון אלו ששימשו ככל הנראה את החוטפים בשאר המטוסים. המטוס המריא באותו ביום. לא ברור כיצד הוחבאו הסכינים במטוס.
בין הסברות הנבדקות, עולה סברה מעניינת מאוד: יתכן שרוב החוטפים כלל לא היו מודעים לכוונות ההתאבדות. סברה זו מחוזקת בעובדה שרק שישה מבין החוטפים הותירו מכתבי פרידה וצוואות. השאר, רובם בעלי רמת השכלה נמוכה יחסית, לא הותירו אחריהם שום רמז כי ידעו שהם יוצאים אל מותם.