סוגיית הבעיה הדמוגרפית שעלתה לדיון בכנס הרצליה, גררה תגובות רבות, ובייחוד דבריו של שר האוצר, בנימין נתניהו. מרכז מוסאוא לזכויות האזרחים הערבים בישראל, קרא (יום ה', 18.12.03) למארגני כנס הרצליה, להודיע באופן פומבי כי הם מתנגדים לדברים שנאמרו על-ידי כמה ממשתתפי הכנס.
במרכז מוסאוא טוענים, כי הכנס הפך לבמה להשתלחויות גזעניות שהופנו במיוחד כנגד האוכלוסיה הערבית בישראל, הסובלת מאפליה והדרה מתמשכים.
"לו היו דבריהם של פרופ' ארנון סופר, שר האוצר בנימין נתניהו, וד"ר יצחק רביד מהמרכז למחקרים צבאיים ברפא"ל, נאמרים כנגד יהודים בעולם, היה הדבר מעורר סערה והיו, ובצדק, נחשבים לאנטישמיים", נאמר בהודעת שפרסם המרכז.
מרכז מוסאוא פועל לפנות לתורמים של הכנס כדי שימנעו בעתיד מתמיכה בבמה להסתה וגזענות. עוד קובלים במוסאוא על-כך שבכנס השתתפו 125 דוברים, אולם רק שניים מהם היו ערבים, וגם בהם אף אישה ערבייה.
האלוף (במיל.) דיין תוקף את נתניהו ראשון הדוברים, האלוף (במיל.) עוזי דיין, תקף את דברי נתניהו ואמר כי אזרחים אינם מהווים סכנה על המדינה בה הם חיים. לדברי דיין, אין איום ממשי על ישראל כמדינה יהודית. בשנת 2020, יהוו הלא-יהודים בישראל כ-23% מהאזרחים, כשמספר זה כולל גם דרוזים וערבים נוצרים.
יו"ר ועדת המעקב של ערביי ישראל, שאוקי ח'טיב, אמר שממשלה אחרי ממשלה בישראל משקרת לציבור הערבי. לדבריו, הממשלות מחליטות על תוכניות, חותמות על הסכמים, אך דבר לא מתבצע. השלטון המקומי הערבי נמצא על-סף קריסה ויש לבצע מהלך מיידי. עוד טען חטיב, כי דברי נתניהו מהווים הסתה כנגד המגזר הערבי.
גם ד"ר חנא סוויד, ראש המרכז לתכנון אלטרנטיבי לערביי ישראל, תקף את נתניהו, כשאמר כי "הבעיה של ישראל היא בעיה דמגוגית ולא בעיה דמוגרפית. המיעוט הערבי מהווה אתגר לישראל ולא סכנה לישראל".
השרה ציפי לבני, שעמדה בראש המושב, אמרה כי ממשלות ישראל לדורותיהן הזניחו את המגזר הערבי ואסור לדחות עוד את הטיפול בסוגיה זו. לבני ציינה, כי היא בעד הקמת מדינה פלשתינית שתהיה מדינת לאום, לצד המדינה היהודית.