היחידה הארצית לחקירות הונאה (יאח"ה) הודיעה אמש (יום ד', 31.12.03) כי סיימה את חקירתה בעניינו של הפטריארך היווני-אורתודוקסי של ירושלים, המטרופוליט אירינאוס הראשון.
אמש גם הותרו לפרסום החשדות בפרשה, לאחר שבוטל צו איסור הפרסום שהוצא בחודש אוקטובר אשתקד. על-פי החשד, בחודש ספטמבר 2002, קיבל עו"ד גדעון סער - אז מזכיר הממשלה והיום ח"כ מטעם הליכוד, זר פרחים שצורפה לו מעטפה עם אלף דולרים, כניסיון שוחד, עם חתימה לכאורה של הפטריארך אירינאוס.
סער מיהר להתלונן במשטרה, שפתחה בחקירה. סמוך לתקופה זו, פורסם מכתב תמיכה שכתב כביכול הפטריארך אירינאוס ליו"ר הרשות הפלשתינית, יאסר ערפאת. בגין הפרסום, הוגשו תלונות במשטרה נגד הפטריארך, בגין תמיכתו של ארינאוס ביו"ר הרשות הפלשתינית, והוא מצידו הגיש תלונות בגין זיוף חתימתו, במסגרת מאבקי הכוח בתוך הפטריארכיה, כנראה על-ידי אחד מאלה שהתמודדו מולו על תפקיד הפטריארך של ירושלים.
בתום החקירה הוברר, כי כנראה חתימתו של הפטריארך אכן זויפה. המשטרה העבירה את התיק לעיון ולהחלטת הפרקליטות, מבלי שצירפה את המלצתה להגיש כתב אישום בפרשה.
שרון והימין פועלים לבחירתו של אירינאוס כזכור, באופן מגוחך למדיי, פעלו פעילי ליכוד ומקורביו של שרון למינויו של אירינאוס לפני כשנה, עוד לפני הבחירות הכלליות לכנסת בישראל, למרות קשריו עם הרשות [
ראו קישורים].
טרם בחירתו, ניסה אירינאוס להפריך את הטענות על קשריו והזדהותו עם הרשות הפלשתינית ויאסר ערפאת. ואולם, מכתב שנשלח לערפאת בחודש יולי שעבר, בחתימתו של אירינאוס, היכה גלים. במכתב, אומר אירינאוס לערפאת: "אתה מודע לרגשות של גועל וחוסר כבוד אשר חשים כל האבות בכנסיה כלפי צאצאיהם של צולבי אלוהינו ישו, הצולבים של אנשיכם, היהודים הציוניים כובשי הארץ הקדושה פלשתין". במכתב מציע עוד אירינאוס לערפאת, להקים גוף משותף לכנסיה ולרשות הפלשתינית, שיהיה אחראי על ניהול הנדל"ן של הכנסיה בעיר העתיקה בירושלים, אם ייבחר.
כאן המקום לציין, כי הכנסיה היוונית-אורתודוקסית של ירושלים מחזיקה בקרקעות רבות בכל רחבי הארץ ובעיקר בירושלים ובשל כך מושכת את התעניינותם של אנשי עסקים ויזמים רבים. בין השאר, מחזיקה הכנסיה בקרקעות שעליהן ניצבים הכנסת, משכן הנשיא, בית הכנסת הגדול 'היכל שלמה', קרקעות בשכונות רחביה וטלביה בבירה וכן בחלק ניכר מהעיר העתיקה בירושלים.
לפני כשנה וחצי, סמוך למועד הבחירות שנערכו בכנסיה, פסל שר המשפטים דאז, מאיר שטרית, את מועמדותם של 5 מהמתמודדים - ובהם גם אירינאוס, משיקולי ביטחון. אירינאוס נתפס כמי שקשריו הקרובים עם הרשות הפלשתינית עלולים לסכן את השליטה בקרקעות הכנסיה, הנמצאות כאמור במקומות מרכזיים בבירה.
ואולם מייד אחר כך, ובעקבות עתירה לבג"צ ולחצים מדיניים מכיוונים שונים, חזרה בה המדינה מן הפסילה. אירינאוס התמודד ונבחר, אולם כניסתו הרשמית לתפקיד נמנעה בהיעדר אישורה של ממשלת ישראל, כפי שמתחייב בחוק. חשיפת המכתב האמור לערפאת, בעיתון 'מעריב' הביאה ללחץ שגרם לשרון להשעות את ההחלטה על המינוי, ואולם שרון הזדרז לפני הבחירות לאשר את המינוי, כנדרש.