לאחר עיכובים רבים ומחלוקות פוליטיות, אישרה הבוקר (יום א', 25.1.04) הממשלה את מינויו של הפטריארך המטרופוליט אירינאוס הראשון, לראש הכנסייה היוונית-אורתודוקסית בישראל.
המינוי אושר ברוב של 11 שרים תומכים מול 6 מתנגדים ו-2 נמנעים. בין המתנגדים היה גם שר הרווחה, זבולון אורלב (מפד"ל), שחזר על דברים שאמר בעבר, לפיהם "לא הוסרה העננה השחורה שעיכבה את מינוי אירינאוס לתפקיד. לכנסיה היוונית אורתודוקסית יש נכסים רבים מאוד. הם בעלי הקרקעות הגדולים ביותר אחרי קרן הקיימת לישראל. לכן, יש משמעות רבה לשאלה מי שולט בכנסיה".
שר המשפטים, יוסף (טומי) לפיד, שתמך במינוי, אמר כי "אנו כה רגישים לאנטישמיות, עד שעלינו להיות ערים גם לרגישות הנוצרים לכך שיהודים מתערבים להם במינוי ראשי הכנסיות".
מחלוקת גם בוועדת השרים המיוחדת בכך, קיבלה הממשלה את המלצת ועדת השרים למנות את אירינאוס לתפקיד. גם בוועדת השרים היתה מחלוקת, וההמלצה התקבלה ברוב של 3 מול 2: התומכים במינוי היו שר המשפטים, יוסף (טומי) לפיד; השר במשרד האוצר, מאיר שיטרית [שהתנגד למינוי בעבר; נ.ש.] ויו"ר הוועדה - שר החוץ, סילבן שלום. התנגדו למינוי: השר לענייני ירושלים, נתן שרנסקי ושר הרווחה, זבולון אורלב.
אישור המינוי עוכב במשך כמעט שנתיים, בעקבות חשד כי אירינאוס מקורב לערפאת וכי עמד מאחורי מכתב בעל נימה אנטישמית שנשלח לערפאת.
הפרקליטות תסגור כנראה את תיק החקירה נגד אירינאוס כזכור, בראשית החודש הודיעה היחידה הארצית לחקירות הונאה (יאח"ה) כי סיימה את חקירתה בעניינו של אירינאוס, אז גם הוסר צו איסור הפרסום על הפרשה. על-פי החשד, בחודש ספטמבר 2002, קיבל עו"ד גדעון סער - אז מזכיר הממשלה והיום ח"כ מטעם הליכוד, זר פרחים שצורפה לו מעטפה עם אלף דולרים, כניסיון שוחד, עם חתימה לכאורה של הפטריארך אירינאוס.
סער מיהר להתלונן במשטרה, שפתחה בחקירה. סמוך לתקופה זו, פורסם מכתב תמיכה שכתב כביכול הפטריארך אירינאוס ליו"ר הרשות הפלשתינית, יאסר ערפאת. בגין הפרסום, הוגשו תלונות במשטרה נגד הפטריארך, בגין תמיכתו של אירינאוס ביו"ר הרשות הפלשתינית, והוא מצידו הגיש תלונות בגין זיוף חתימתו, במסגרת מאבקי הכוח בתוך הפטריארכיה, כנראה על-ידי אחד מאלה שהתמודדו מולו על תפקיד הפטריארך של ירושלים.
בתום החקירה הוברר, כי כנראה חתימתו של הפטריארך אכן זויפה. המשטרה העבירה את התיק לעיון ולהחלטת הפרקליטות, מבלי שצירפה את המלצתה להגיש כתב אישום בפרשה.
לפני כשנה וחצי, סמוך למועד הבחירות שנערכו בכנסיה, פסל שר המשפטים דאז, מאיר שטרית, את מועמדותם של 5 מהמתמודדים - ובהם גם אירינאוס, משיקולי ביטחון. אירינאוס נתפס כמי שקשריו הקרובים עם הרשות הפלשתינית עלולים לסכן את השליטה בקרקעות הכנסיה, הנמצאות כאמור במקומות מרכזיים בבירה.
ואולם מייד אחר כך, ובעקבות עתירה לבג"צ ולחצים מדיניים מכיוונים שונים, חזרה בה המדינה מן הפסילה. אירינאוס התמודד ונבחר, אולם כניסתו הרשמית לתפקיד נמנעה בהיעדר אישורה של ממשלת ישראל, כפי שמתחייב בחוק. חשיפת המכתב האמור לערפאת, בעיתון 'מעריב' הביאה ללחץ שגרם לשרון להשעות את ההחלטה על המינוי, ואולם שרון הזדרז לפני הבחירות לאשר את המינוי, כנדרש.
לקלחת הפוליטית שעמדה מאחורי המינוי של אירינאוס, ראו קישורים.