שר הפנים לשעבר, חבר הכנסת אלי ישי (ש"ס), שיקר לבג"צ בעתירה בה נחשף מענק מושחת שהעניק השר למועצה אזורית. כך טוענת (יום ד', 3.3.04) התנועה למען איכות השלטון בישראל, בתגובה חסרת-תקדים שהגישה לבג"צ בימים אלו.
התגובה הוגשה במסגרת עתירה שעניינה מענק בסכום של מיליון ש"ח, שהעניק לכאורה שר הפנים דאז, אלי ישי, מ"קופת שר הפנים" למועצה האזורית חבל מודיעין, בראשה עמד דוד טוביאנה, תוך שהוא מתרץ את המענק בהתנהלותה התקינה והיעילה לכאורה של המועצה האזורית, וזאת חרף העובדה שמזה זמן רב היה מצוי חומר רב בידי גורמי משרד הפנים, המעיד על התנהלותה הלקויה מן היסוד של המועצה.
"בכלל זה", טוענים בתנועה לאיכות השלטון, "הודיעו גורמי הביקורת במשרד הפנים על עצירת מענק בסכום דומה, עקב מה שניתן להגדיר כ'ריסוק' תכנית הבראה מצד המועצה, חריגה קשה מדרכי התנהלות תקינות, הגדלת מצבת העובדים במועצה בעשרות עובדים בניגוד לדין וניהול כספי הגובל בהפקרות, מצידו של טוביאנה. קופת שר הפנים הינה קופה אשר חילקה עד אותה שעה, ללא קריטריונים וללא נוהל כתוב, סכום של כ-153 מיליון ש"ח מידי שנה".
בחודש יולי 2002 הוגשה לבג"צ תגובה מקדמית לעתירה מטעם שר הפנים דאז, אלי ישי, אשר מתיימר לפרט את הוצאות הביטחון של מספר ישובים בתחום המועצה, אשר למענן העביר משרד הפנים למועצה האזורית מיליון ש"ח כמענק מיוחד מרזרבות השר וזאת לצרכי ביטחון בלתי צפויים.
בעקבות זאת, הגישה התנועה לאיכות השלטון לבג"צ שורת מסמכים המעלים בבירור לטענתה, כי אותן הוצאות כבר מומנו בפועל על-ידי משרד הביטחון.
לאחר הגשת המסמכים התקיים דיון בבג"צ לאור המידע החדש והשלכתו ולאור העובדה שמאז התגובה המקדמית של שר הפנים התחלף השר, איפשר בית המשפט למשרד הפנים ולשאר המשיבים לבחון את הראיות שצפה התנועה ואת הפרשה כולה.
כאמור, בעקבות זאת הגיש משרד הפנים הודעת עדכון לבג"צ, הסותרת לטענת התנועה באופן חריף את תגובתו המקדמית של השר ומהווה ניסיון כושל נוסף לתרץ את מחדלו החריג בחומרתו בכל הנוגע למענק בסך מיליון ש"ח, שהעניק מ"קופת שר הפנים" למועצה האזורית חבל מודיעין, בראשות דוד טוביאנה.
את הסתירה האמורה מפרטת התנועה בתגובה שהגישה להודעת העדכון של שר הפנים. לדבריה, היא הגישה לבג"צ מסמכים המעידים באופן ברור כי השר לשעבר ישי הצהיר מפורשות ובפומבי בביקורו במועצה, באופן שאינו משתמע לשני פנים, כי הוא מזכה את המועצה בגין התנהלות היעילה והטובה. כן טוענת התנועה, כי בתקופה בה העניק אלי ישי את המענק, עמדה על הפרק שאלת הקמתה של מועצה דתית בתחום המועצה האזורית מודיעין.
בתנועה אומרים, כי "כל ניסיון לשפץ גרסאות בפני בג"צ, הנסתרות כאמור בינן לבין עצמן [גירסת השר בתשובה המקדמית וגירסתו ב"הודעת העדכון"] - אינו אלא ניסיונות למלט מאחריות את גורמי משרד הפנים, אשר העניקו את המענק המושחת, ובפרט את השר ישי ועוזריו, אשר כאמור תצהיר שיקרי מטעמם הוגש לבג"צ במסגרת התגובה לעתירה".