הממשלה החליטה (יום א', 14.3.04) לדחות את הצבעתה בנושא העברת חוות הדגים ממפרץ אילת בשלושה חודשים. שרי הממשלה החליטו להמתין עד להגשת דוח של צוות מומחים בינלאומי בנושא. בישיבה השתתף גם היועץ המשפטי לממשלה, מני מזוז.
בעקבות החלטת הממשלה, אמרה השרה לאיכות הסביבה, יהודית נאות:
"כלובי הדגים הצליחו לסחוט עוד כמה חודשי פעילות על חשבון המפרץ למרות שברור לכול כי אין ביכולתם של המחקרים הנוספים לערער את הקשר בין הכלובים והזיהום. בכוונתי להמשיך ולהוביל את המאבק עד להוצאתם המוחלטת של מקורות הזיהום העיקריים ממפרץ אילת".
הטענה העיקרית להעברת כלובי הדגים היא, שהם מזהמים את המפרץ באופן חמור ומסכנים את שונית האלמוגים. לעומתם, טוענים החברות "ערדג" ו"דג סוף" ומדענים מ"המכון לחקר ימים ואגמים", כי מדובר בזיהום מקומי בלבד וכלובי הדגים אינם מסכנים את השונית.
פעילות הכלובים לא זכתה מעולם לרישיון או לתוכנית מאושרת. העניין הוסדר על-ידי מתן היתר לשימוש חורג לתקופה של מספר שנים ולאחר מכן על-ידי מתן ארכה נוספת מעת לעת, עד לחודש נובמבר 2002.
בסוף שנת 1999, הקימו כמה משרדי ממשלה שונים ועדת מנכ"לים, וזו החליטה ביוני 2000, למנות צוות מומחים בינלאומי. צוות המומחים הוציא דוחות בשנת 2001. ועדת המומחים קבעה, כי הכלובים הם המקור העיקרי לפליטת חומרי דשן מזהמים שמסכנים אלמוגים, אך לא המליצה על הוצאתם מהים. בסוף שנת 2001 ועל-פי החלטת ממשלה, הוטל על שר הבריאות להידרש לנושא. בפברואר 2002 הגיש השר דוח לממשלה.
בנובמבר 2002 החליטה המועצה הארצית לתכנון ובנייה לאשר את תוכנית המתאר הארצית לחופי אילת (תמ"א 13), ללא שילובה של החקלאות הימית במפרץ אילת בתוכנית. בסוף דצמבר 2002, הובאה תמ"א 13 לאישור הממשלה. הממשלה החליטה, על-פי הוראות סעיף 53 לחוק התכנון והבניה, להחזיר את התוכנית למועצה הארצית, על-מנת לבחון את נושא החקלאות הימית במפרץ אילת. בישיבתה מיום 3 ביוני השנה, החליטה המועצה הארצית לתכנון ובנייה שלא לכלול את החקלאות הימית בתמ"א 13. הממשלה טרם החליטה בדבר תמ"א 13.
בפברואר השנה נמחקה עתירה של ים סוף וערדג להאריך את האישור להפעלת הכלובים למשך תקופה נוספת של שנה או לתקופה אחרת, עד למתן החלטה אחרת של המועצה הארצית לתכנון ובנייה ושל ממשלת ישראל במסגרת תמ"א 13. בית המשפט ציין אז, כי מחיקת העתירה מותירה את שתי החברות "ללא כל עיגון חוקי של פעילות הדייג במפרץ אילת, כאשר אין כיום כל מסגרת נורמטיבית, על-פיה ניתן לתת היתר להמשך השימוש, בעוד שהאפשרות למתן ארכה נוספת אינה מעוגנת בכל מסגרת נורמטיבית על-פי דין".
כמו-כן, בדקה ועדת צוות מנכ"לים בראשות מנכ"ל משרד הפנים, גדעון בר-לב, את היתכנות העברת כלובי הדגים ממפרץ אילת לנמל אשדוד. הוועדה קבעה, כי קיימת היתכנות להגדלת היקף גידול הדגים בנמל אשדוד כבר היום, בכפוף לעמידת גידול הדגים בדרישות משרד הבריאות. הסיכומים הוגשו לשר הפנים, אברהם פורז.
