משרד הבריאות הורה ל"שירותי בריאות כללית", לעצור, בשלב זה, את החזרתו של פרופ' ציון בן-רפאל לתפקידו כמנהל מחלקת נשים בבילינסון. ההוראה ניתנה על-מנת לסכל הסדר בין בילינסון לבן-רפאל, לפיו אמור הרופא הבכיר, עם החתימה על ההסדר, לשוב לנהל את המחלקה, אותה ניהל בעבר ובה ביצע מעשים בלתי תקינים. שירותי בריאות כללית מנהלת את בית החולים בילינסון.
נגד בן-רפאל התנהלו הליכים פליליים, בחשד שביצע עבירות חמורות כאשר שאב ביציות מנשים (למטרת תרומות), בכמות אסורה שסיכנה את חייהן של חלק מהן. הביציות נשאבו מעשרות רבות של נשים, באופן הנוגד את החוק, ותוך דיווחים כוזבים - הן למטופלות, והן למערכת הרפואית.
המשטרה ביצעה חקירה מקיפה, ואימתה חלק ניכר מהחשדות נגד בן-רפאל. למרות זאת, הוא לא הועמד לדין. הפרקליטות החליטה להסתפק בקובלנה משמעתית, המתנהלת בימים אלה במסגרת משרד הבריאות.
למרות זאת, דרש בן-רפאל לשוב לתפקידו הקודם, מנהל מחלקת נשים בבילינסון, וכממונה על אותה יחידה העוסקת בהפריות ובהתרמת ביציות. בן-רפאל אף איים בעבר, כי אם לא יאפשרו לו לשוב לתפקידו, הוא יחשוף מעשים בלתי כשרים שביצעו רופאים אחרים.
נודע, כי בשל (או בגלל) דרישתו ואיומיו, נוהל לאחרונה מו"מ עם בן-רפאל, בעיצומו הסכימה הנהלת בית החולים - באופן מפתיע ובניגוד לעמדתה ההחלטית הקודמת - להסכים לשובו לבית החולים, לאותו תפקיד. התפתחות זו עוררה תמיהות באשר למקור השינוי הפתאומי בהתנהגות שירותי בריאות כללית בכלל והנהלת בית החולים בפרט.
התנהגותו של בן-רפאל עוררה לאחרונה ביקורת נוקבת. בן-רפאל אמר להגנתו, כי ההאשמות נגדו הינן עלילה מצד רופאים החוששים מחזרתו. הוא ציין, כי הוא טוהר בחקירה המשטרתית ולכן אין מניעה שישוב לתפקידו הקודם, ממנו הודח אז.
בעקבות האירועים שהתרחשו, פנתה מערכת Nfc אל שר הבריאות, דני נוה, בשאלה מדוע הוא אינו משתמש בסמכותו לעצור את כניסת בן-רפאל לבית החולים, עד סיום הבירור בקובלנה המשמעתית נגדו, ובמיוחד נוכח המעשים בהם הודה. בתגובה נמסר לנו, כי אכן, משרד הבריאות מורה עתה על מניעת חזרתו של בן-רפאל לאותו תפקיד.
להלן התגובה הרשמית של משרד הבריאות, במלואה: "ההסכם המתגבש בין פרופ' ציון בן-רפאל לבין שירותי בריאות כללית, הינו בתחום של יחסי עבודה, ומשרד הבריאות אינו צד בו.
עם זאת, מייד עם היוודע למשרד הבריאות - באמצעות כלי התקשורת - דבר ההסכם המתגבש, העבירה היועצת המשפטית של משרד הבריאות, עו"ד מירה היבנר-הראל, מכתב למנכ"ל שירותי בריאות כללית [פרופ' זאב וורמברנד], וציינה בפניו את העובדה, כי במשרד מתנהל הליך קובלנה נגד פרופ' בן-רפאל, ואין מקום בשלב זה להגיע להסדר בין הצדדים.
"בתום הליך הקובלנה, יועברו המלצות הוועדה לשופט בדימוס ורדי זיילר, שיחליט בעניינו של פרופ' בן-רפאל, כמי שהואצלו אליו סמכויות שר הבריאות".
תגובת שירותי בריאות כללית: "לאחר החלטת הפרקליטות שלא להגיש כתב אישור ולסגור את התיק הפלילי בענינו של פרופ' בן-רפאל, פתחה שירותי בריאות כללית בהליכים פנימיים.
בעקבות זאת, פנה פרופ' בן רפאל לבית הדין לעבודה בתביעה להורות על השבתו המיידית לתפקידו כמנהל המרכז לרפואת נשים במרכז רפואי רבין על כל המשתמע מכך.
במסגרת הדיונים בבית הדין, המליצה כבוד השופטת שרה מאירי על פנייה משותפת לגישור וזאת לנוכח הנסיבות המורכבות המיוחדות של המקרה.
מאז, מתנהל הליך גישור בפני המגשר עו"ד חמי שלום, אך טרם הסתיים. אין קשר ישיר בין התהליך המשמעתי המתקיים בכללית לבין תהליך הקובלנה שאמור להתבצע במשרד הבריאות.
בכל מקרה, אנו מתייחסים בכובד ראש לפניית משרד הבריאות".