תחקיר הפיגוע בנמל אשדוד מעלה כי נקודת הכשל המרכזית היתה בבדיקות שנערכות במסוף קרני. ממצאי המשטרה מעלים, כי רשות שדות התעופה, אשר אמורה לספק אבטחה פיזית ולמנוע חדירת אמצעי לחימה, כשלה בבדיקת המכולות העוברות במסוף.
ביום 9.3.04 הגיעה המכולה ובה התחבאו שני המחבלים שחדרו דרך מעבר קרני, לעזה. ביום הפיגוע הצליחה המכולה להיכנס לנמל אשדוד גם כן דרך מעבר קרני. על כן, קובעת המשטרה, כי מדובר בכשל נקודתי של אי מילוי הנחיות. מסקנות אישיות הוסקו נגד האחראים, ודרישה לרענון הנוהלים במקום בפני כל העוסקים בבדיקת המכולות. הוספת בודקים במסוף קרני וכן תוספת של אמצעים טכנולוגיים (דוגמת משקף ואמצעים אחרים), הגברת הפיקוח והבקרה במקום הבידוק בקרני, הנחיות לביצוע בידוק של המכולות המגיעות מקרני בשערי נמל אשדוד, השלמת הנחיות המשטרה באשר לשדרוג הגדר בנמל אשדוד והצבת אמצעי התרעה אלקטרוניים.
בנוסף, המליץ הצוות על בחינת מספר נושאים הדורשים טיפול בטווח הארוך, בכל הקשור למניעת הברחת אמל"ח ולאבטחה הפיזית והחמושה בנמלים ובמעברי הגבול. לשם כך מינה ר' אג"מ צוות בראשות ר' מחלקת האבטחה במטא"ר אשר יפעל ליישום ההחלטות שיתקבלו מול הגופים המונחים.
במכולה שחדרה לנמל אשדוד התגלו 5 רימוני רסס ואמצעי לחימה. הרימונים הוסתרו בדופן כפולה במכולה. אחד מעובדי הנמל גילה טבעת בגב המכולה, כשמשך אותה התגלה תא הסתרים בדופן המכולה.
בפיגוע בנמל נהרגו 10 בני אדם ו-18 נפצעו. גדודי עז א-דין אל-קסאם של החמאס וגדודי אל-אקצא של הפת"ח, נטלו אחריות משותפת לפיגוע הכפול.