משרד הבינוי והשיכון מהווה את הזרוע הממונה מטעם הממשלה על ייזום וביצוע של מדיניות הממשלה בתחומי השיכון והבניה למגורים. בין השאר, הוא אחראי על המינהל לבניה כפרית, חברת "עמידר", ופרוייקט שיקום שכונות. בין פעילויותיו העיקריות של המשרד - מתן משכנתאות, השתתפות בתשלומי שכר דירה, מתן פתרונות דיור בשיכון הציבורי, איתור קרקע ותכנונה, פיתוח תשתיות, והוצאת מכרזים לשיווק הקרקע לבנייה. בתחומי אחריותו של המשרד, הנהנה מאחד התקציבים הגדולים של משרד ממשלתי כלשהו (10.7 מיליארד ש"ח בשנת 2002; 10.4 מיליארד - בשנת 2003), מצויים גם עניינים רגישים כמו הלוואות לאגודות שיתופיות לבניה ביהודה ושומרון ומימון עבודות בניה ופיתוח של מועצות אזוריות ומקומיות ביהודה ושומרון.
על התנהלותו של המשרד אומר היום מבקר המדינה, השופט אליעזר גולדברג, כי "משפט פלילי אינו חזות הכל... ישנן תופעות של פגיעה במינהל תקין שחומרתן אינה פחותה מעבירה פלילית. הגיעה השעה להתייחס ביתר רצינות לתופעות שליליות שאינן נוגעות לידי עבירה פלילית. לעיתים אני תוהה ואף נדהם, לראות את ההתייחסות לליקויים חמורים ביותר שאינם בגדר עבירה פלילית. אני לא בודק מעשים פלילים אלא תקינות מינהל. עם זאת, צריכה להיות גישה שונה של כולנו להפרת נורמות מקובלות במדינה מתוקנת".
היעדר שקיפות בחלוקת משאבי המשרד ותעלולי המינהל לבנייה כפרית סוגיית הבניה ביישובים היהודיים ביהודה ושומרון שנויה, כידוע, במחלוקת ציבורית חריפה. לפחות בנקודה אחת, סוגיית שקיפות חלוקת עוגת התקציב של משרד הבינוי והשיכון, מאשר דוח מבקר המדינה את טענות המתנגדים לפעילות המשרד. "תקציב המשרד", קובע המבקר, "אינו מאפשר לזהות את אופן הקצאתו של התקציב על בסיס אזורי, בכלל זה התקציב המופנה לחבלי יהודה, שומרון, עזה, הנגב והגליל... העברות תקציביות בהיקפים ניכרים למינהל לבנייה כפרית נעשו בלי שהמשרד הבהיר בדברי ההסבר לתקציב, וגם בדיעבד בהצעות התקציב לשנים הבאות, כי חלק ניכר מהתקציבים של המינהל לבנייה כפרית - נועד לאזור יהודה ושומרון". המבקר חושף, כי בשנים 2000-2002 הקצה המינהל לבניה כפרית 339 מיליון ש"ח למועצות ביהודה ושומרון, בעוד שבספר התקציב ניתן ביטוי לתקצוב המועצות הללו בסכום של כ-31 מיליון ש"ח בלבד, מדי שנה. לדעת המבקר, על הממשלה להציג, בתקציב משרד הבינוי והשיכון, גם מידע הנוגע ליעדים, תוכניות ועדיפויות בחתך אזורי, באופן שיאפשר לציבור, לכנסת ולקובעי המדיניות לעקוב הן אחר סדר העדיפויות של הממשלה והן אחר השגת יעדי התקציב.
במשרד הבינוי והשיכון, מציין המבקר, התגלו ליקויים במעקב אחרי ביצוע תוכניות וניצול תקציבים. "המשרד לא קבע מתכונת דיווח תקופתי שתאפשר בחינת קשר בין ביצוע התקציב לבין מידת ביצוען של תוכניות העבודה במונחים פיזיים", קובע הדוח. "המשרד... כולל מידע חלקי בלבד על מצבם וביצועם של פרוייקטים".
אמות מידה - יוק החוק מחייב קביעת אמות מידה אובייקטיביות ושוויוניות לתקצוב, ונוהל פנימי של משרד הבינוי והשיכון קובע כי הנהלת המשרד תעבד את תוכניות המחוזות והפונקציות השונות במשרד לתוכנית עבודה משרדית, שתובא לאישור המנכ"ל. הנוהל קובע עוד, כי המנכ"ל ייקבע הנחיות "הנחיות ודגשים לתכנון הפעילות של שנת העבודה, בהתאם ליעדי השר ויאשר את תכנית העבודה השנתית". ואולם, מהדוח עולה כי במספר מקרים לא זו בלבד שהמשרד לא פעל על-פי חוק, אלא שאף את ההנחיה הפנימית שלו-עצמו הוא לא קיים; לדוגמה, בעניין התוכנית התקציבית "עבודות פיתוח כללי - שונות", שתוקצבה בשנת 2002 בסכום של 17 מיליון ₪ והחל בשנת 2003 בסכום של 34 מיליון ₪ מצא המבקר כי "במשרד לא נמצא תיעוד לאמות מידה ולסדרי עדיפויות ששימשו את המחוזות בקביעת הצעותיהם לתוכנית העבודה". כמו כן, קובע הדוח, "בתיעוד של המשרד לא נמצא מה היו אמות המידה, לפיהן אישר מנכ"ל המשרד... הכללתן של עבודות בפרוגרמת המשרד, במסגרת התוכנית... עד מועד סיום הביקורת, ספטמבר 2003, לא היה מצוי בידי אגף הפרוגרמות במשרד תיעוד, וממילא נימוקים, לגבי שיקולי המשרד לתקצובן של 15 מבין 23 העבודות שאישר מנכ"ל המשרד (במסגרת התוכנית)".
שיקום שכונות בסגנון "שכונתי" ביקורת חריפה במיוחד מותח המבקר על ניהול פרוייקט "שיקום שכונות". הפרוייקט, עליו הוחלט באוקטובר 1977, נועד להביא לשיקומה של שכונה תוך חמש שנים ממועד צירופה לפרוייקט. על-פי נתוני משרד הבינוי והשיכון, עד סוף שנת 2002 השקעו בפרוייקט כ-6 מיליארד ₪ בערכים שוטפים, מתוך סכום זה באו שני שלישים מהממשלה ושליש - מהסוכנות היהודית.
מספר צוותים שמונו במשרד השיכון במטרה לשפר ולייעל את סדרי ההפעלה של הפרוייקט הגישו המלצות בעניין להנהלת המשרד. ואולם, כך מתברר, ההמלצות כלל לא נדונו וממילא לא יושמו. והליקויים? אלה, מסתבר, מצויים בשפע. "במספר גדול של שכונות הכלולות בפרוייקט מתמשכות פעולות השיקום כבר עשר שנים ויותר, ויש שאף מתחילת הפרויקט", מציין המבקר. "שכונות רבות שמצבן החברתי-כלכלי קשה עדיין אינן כלולות בפרוייקט. משנת 2001 לא הוצאו שכונות מהפרוייקט ולא צורפו אליו שכונות חדשות".
פרוייקט השיקום, עושה רושם, מתנהל כאילו מאליו. המבקר קובע כי אין למשרד אין תוכנית רב שנתית לביצוע הפרוייקט, המגדירה את מטרותיו, את התקציבים הדרושים לביצועו, את סדרי העדיפויות ואת לוחות הזמנים לביצוע התכניות המפורטות, בנוגע לפרוייקט כולו וגם בנוגע לכל יישוב או שכונה. הממשלה החליטה, כי הוספת שכונה לפרוייקט או הוצאתה של שכונה מהפרוייקט תיעשה על-פי קביעתה. ואולם, מן הדוח עולה כי החלטת הממשלה לא הפריעה למישהו/ם להחליט, בשנים 2000-2003 על ביצוע פעולות, במסגרת הפרוייקט, בשישה יישובים ובשתי שכונות שהממשלה כלל לא החליטה על הכללתם בפרוייקט...
וזה עוד לא הכל: בפרוייקט שיקום השכונות הבזבוז חוגג, בסגנון "שכונתי": מתברר, כי שיעור הוצאות ההנהלה וההוצאות הכלליות מהסכום הכולל של הוצאות ההפעלה בשנים 2001 ו-2002 היה גבוה, והסתכם בלא פחות מ-17.7% בשנת 2001 ו-17% ב-2002. יתר על כן, צוות מטעם משרד השיכון שבדק, בין היתר, את נושא העסקת כוח האדם בפרוייקט, המליץ ביוני 2003 על צמצומים של עד כ-50% בכוח האדם. מה עלה בגורל המלצות הצוות? ניחשתם נכון - הנהלת משרד השיכון כלל לא דנה בהן. ולנו לא נותר אלא לתהות - מי ישקם את ה"שכונה" של משרד הבינוי והשיכון?