בתי החולים בארץ פועלים 24 שעות ביממה, שבעה ימים בשבוע. בבתי החולים הממשלתיים מועסקים כ-4,850 רופאים, בבתי החולים של שירותי בריאות כללית מועסקים כ-3,800 רופאים ובבתי החולים של הדסה - כ-850 רופאים.
דוח מבקר המדינה כולל ביקורת חריפה על העובדה שתקן הרופאים בבתי החולים וכן מערך הכוננויות והתורנויות בהם נקבעים על-פי הסכמים קיבוציים הנהוגים בבתי החולים, אינם משקפים את הצרכים העכשוויים ואינם מאפשרים למנהלי בתי החולים את הגמישות הנדרשת בהפעלת כוח האדם העומד לרשותם, בהתחשב בשינויים בהיקף הפעילות לכל מיטה, בטכנולוגיות הרפואיות ובהתמחויות החדשות. "למרות השינויים הטכנולוגיים והשינויים בפעילות בתי החולים", מציין המבקר, "לא עשה משרד הבריאות בדיקה של תקני הרופאים בבתי החולים ושל מערך התורנים והכוננים בחדרי המיון ובמחלקות האשפוז".
מהדוח עולה, כי על-פי הסכם קיבוצי משנת 1991, רופאי בתי החולים אינם מדווחים על נוכחותם בעבודה באמצעות שעון נוכחות. "אופן הדיווח של הרופאים על נוכחות", נאמר בדוח, "אינו מאפשר לעשות בקרה על נוכחותם בעבודה, יוצר פרצות המאפשרות חריגות מכללי הנוכחות החלים על רופאים ואינו מאפשר לקבל מידע אמין על שעות העבודה של הרופאים ועל תשומות כוח האדם הרפואי בבתי החולים". למרות החלטת ממשלה מספטמבר 2001 על בדיקה רציפה של נוכחות עובדי בתי החולים שאינם נדרשים להחתים כרטיס נוכחות, המצב בתחום זה עומד בעינו.
נושאים נוספים אליהם נדרש המבקר בעניין העסקת הרופאים בבתי החולים הם עבודה בימי ו' וכן עבודה נוספת. הרופאים עובדים גם בימי ו', בהם נעדרים מבתי החולים האחיות, עובדי המעבדות ועובדי המינהל והמשק. ואולם, מתברר, סדרי העבודה בימי ו', בהם הפעילות בבתי החולים מצומצמת, נקבעים על-ידי כל מחלקה בנפרד, ולטענת המבקר - בניגוד להוראות ולהסכמים. המבקר קורא למשרד הבריאות להסדיר נושא זה, וכן "לדאוג שהעיסוק של רופאים בעבודות מחוץ לבית החולים ייעשה בידיעת בית החולים ובתיאום עמו גם בבתי החולים של שירותי בריאות כללית". בהקשר זה מותח הדוח ביקורת גם על נציבות שירות המדינה, ש"לא קבעה מבחנים לאישור בקשות לקבלת היתר לעסוק בעבודה מחוץ לבית החולים ולא קבעה דרכים לפיקוח על מספר מקומות העבודה. ומוסיף כי "לא נקבעו הנחיות מספיקות שמטרתן למנוע ניגוד עניינים בעיסוקיהם של הרופאים ופגיעה בחולים".