שוטרי היחידה הארצית לחשיפת פשיעה חמורה ובינלאומית עצרו הבוקר (יום ה', 11.11.04) את מרגל האטום המשוחרר מרדכי ואנונו, במסגרת חקירה המתנהלת נגדו, בחשד למסירת ידיעות סודיות והפרת הוראה חוקית.
לפנות ערב שוחרר ואנונו על-ידי בית משפט השלום בפתח תקוה, למעצר-בית בתנאים מגבילים, באכסניה שליד כנסיית סנט ג'ורג' בירושלים, בה הוא מתגורר. בין יתר ההגבלות, נדרש ואנונו להפקיד ערבות בסך 10,000 ש"ח; נאסר עליו לשוחח עם עיתונאים, בכל נושא; נאסר עליו לשוחח עם כל אדם שהוא בנושאי החקירה וכן נאסר עליו להיפגש או לשוחח עם כל מי שנחקר לגביו.
מהמשטרה נמסר, כי ואנונו נעצר בבוקר לאחר שבוצע חיפוש בחדרו, באכסניה בה הוא מתגורר בירושלים. במהלכו "נתפסו חומרים", ככל הנראה מדובר במסמכים וקלטות. במשטרה הדגישו, כי פעולות החקירה והחיפוש מבוצעות בהנחיית היועץ המשפטי לממשלה ובתיאום עם פרקליטות המדינה.
נראה, כי מעצרו של ואנונו נועד יותר לצרכי הרתעתו, ולא לשם העמדתו לדין, אחרת היתה מבקשת המדינה להאריך את מעצרו ולא לשחררו למעצר-בית.
כזכור, ב-21 לאפריל השנה השתחרר ואנונו מכלא השיקמה באשקלון לאחר 17 שנים וחצי בהן היה כלוא, אולם הוא יצא לחופשי בערבון מוגבל: לואנונו נמסר, בין היתר, "צו צמצום, הגבלה והשגחה" עליו חתם אלוף פיקוד העורף, יאיר נוה, מתוקף סמכותו לפי תקנות ההגנה לשעת חירום 1945, המונה את ההגבלות השונות על חופש התנועה והעיסוק שלו, שהוטלו עליו למשך חצי שנה. זה הצו אותו חשוד ואנונו שהפר.
בין היתר, על ואנונו נאסר לשוחח עם נתינים זרים, למעט הוריו המאמצים, ובעקבות ראיונות שהעניק בצורה ישירה ועקיפה, הורה היועץ המשפטי לממשלה, מני מזוז, למשטרה לפתוח בחקירה בנושא.
השיא היה בראיון שהעניק ואנונו לפני כשבועיים לרשת הטלוויזיה של BBC. זה היה הראיון הראשון שנערך עם ואנונו בשידור חי, והוא אמר בו, בין היתר, כי לישראל 200 פצצות אטום, וכן פצצות מימן ונויטרון [
ראו קישור].
ח"כ דורון: "ואנונו הוא פצצת אטום מתקתקת" חבר ועדת החוץ והביטחון של הכנסת, ח"כ חמי דורון (שינוי), אמר בתגובה למעצרו של מרגל האטום, כי "ואנונו הוא פצצת אטום מתקתקת הפועל בלב ישראל. את הבוגד הזה היה צריך לעצור מזמן ולשים אחת ולתמיד קץ למשחקיו ולתעלוליו".
חבר הכנסת אהוד יתום (ליכוד) אמר, כי הוא מעריך שאין מנוס מלהכניס את ואנונו למעצר מינהלי, משום שהוא אינו נרתע מלהפר את המגבלות שהוטלו עליו. יתום הוסיף, כי בכוונתו לדאוג לכינוסה של ועדת החוץ והביטחון, כדי לקבוע עמדה נחרצת בעניין זה.