מבקר המדינה, השופט (בדימ.) אליעזר גולדברג, הודיע (יום ב', 15.11.04) בדיון שהתקיים בוועדה לביקורת המדינה כי בכוונתו לבדוק את מינויו של יונתן בשיא לראש מינהלת ההינתקות.
לדבריו, "רק אתמול בצהריים הועבר בפקס לבקשתי, הסכם ההתקשרות. אבדוק את ההסדר מול בשיא למניעת ניגוד עניינים. אקרא אותו, אלמד אותו ואחליט אם יש מקום להעיר עליו והאם יש מקום לפנות לאחד הגופים הממשלתיים כדי לקבל הסברים".
הוועדה לביקורת המדינה דנה בנושא ניגוד אינטרסים במינוי יונתן בשיא לראש מינהלת ההינתקות, לבקשת ח"כ אורי אריאל מהאיחוד הלאומי.
ביום 3.11.04 הועבר לידי היועמ"ש, מני מזוז, ונציב שירות המדינה, עו"ד שמואל הולנדר, מכתב תלונה מאביעד ויסולי, יו"ר סניף חיפה והצפון של המטה למען ארץ ישראל בו הוא דורש לפטר את בשיא בשל ניגוד העניינים.
בשיא במספר תפקידים על שולחן הוועדה הונח תחקיר שבוצע על-ידי "המטה למען ארץ ישראל", בו פירוט שורה של ניגודי אינטרסים בהם מעורב ראש מינהלת ההינתקות. כך נטען, כי בשיא מחזיק במספר משרות בשכר בחברות פרטיות, להן קשרים עסקיים מהותיים עם גוש קטיף וצפון השומרון.
במקביל לתפקידו כראש מינהלת ההינתקות, מכהן בשיא גם כיו"ר חברת ביו-בי שדה אליהו בע"מ להדברה ביולוגית של מזיקים. חברה זו משווקת חומרי הדברה ובהתאם להצעת חוק ההינתקות אמורה לקבל פיצויים מהמינהלת.
- בשיא הוא גם יו"ר חברת "מהדרין בע"מ ו"פריאור בע"מ", ועל-פי התחקיר הוא מקבל מחברות אלו שכר חודשי של למעלה מ-15 אלף שקל. חברות אלו מנהלות קשרים עסקיים בשווי עשרות מיליוני שקלים בשנה עם משקי חבל עזה והדרי קטיף. חברת פריאור מחזיקה במשכנתאות על אדמות השייכות ליישובי גוש קטיף בסך 20 מיליון שקל, אשר אמורות להיות משולמות על-ידי מינהלת ההינתקות.
- כמו-כן מכהן בשיא גם כדירקטור בחברת פלסטרו מערכות השקייה, המספקת מערכות השקייה לחקלאי חבל קטיף, גם חברה זו אמורה לקבל פיצויים.
בשיא נעדר מהדיון עם פתיחת הדיון בוועדה תקפו חברי הכנסת את עובדת היעדרות בשיא מהדיון. במקומו הגיעה היועצת המשפטית של משרד ראש הממשלה. ח"כ אריאל יוזם הדיון אמר, "לא פעם קורה שהממשלה מזלזלת בוועדות הכנסת. התייחסות ראש הממשלה באופן דיקטטורי בנושאים מדיניים, חודרת גם לתוך דיוני הוועדות", אמר.
ח"כ גילה פינקלשטיין (המפד"ל) לעומת זאת, תהתה כיצד מונה בשיא למנכ"ל מבלי שהוא נושא תואר אקדמי. ח"כ יולי אדלשטיין (הליכוד), ציין כי הליך מינויו של בשיא יתקיים ללא ועדת איתור, ללא מכרז וללא שום הליך. "שמענו, כי היותו חובש כיפה ואיש הציונות הדתית הכשיר את המינוי שלו וזה טיעון מוזר", אמר.
ח"כ אופיר פינס מהעבודה אמר, "אני לא רוצה שמנכ"ל מינהלת הפינוי יהיה תפקיד חלטורה. תפקיד זה לא עושים ב-75% משרה אלא בשתי משרות. הדבר מחייב נוכחות אישית בשטח, אמפטיה, סימפטיה יחס אנושי קשר מתמיד, בנחישות אך רגישות ואנושיות. אני לא מכיר בשום מקום אדם שיכול לעשות 9 תפקידים בעת ובעונה אחת".
ח"כ רן כהן (מר"צ-יח"ד) התנגד לדעות חבריו, וטען כי מבקר המדינה והוועדה נפלו בניסיון פוליטי להכשיל את תוכנית ההינתקות. "מה שנעשה היום הוא שימוש פוליטי בוועדה שמטרתה לפסול את בשיא ולחבל בתוכנית ההינתקות. הדיון התקיים היום בעקבות תלונות שהגיש פעיל ימין וחברי הכנסת גויסו למענו".
חיסיון על ההסכם בין בשיא לממשלה עו"ד שלומית ברנע, היועצת המשפטית במשרד ראש הממשלה, הסבירה כי למשרד הממשלה היה ידוע על ניגוד העניינים בתפקידיו של בשיא. ואולם הדבר נבדק ונקבעו לו מגבלות. לדבריה, "עוד לפני שבשיא מונה לתפקיד מנכ"ל מינהלת ההינתקות, נמסר לנו פירוט מלא של כל פעילויותיו בשכר או לא וכל אחת נבדקה בקפידה. במקום בו מצאנו חשש להיווצרות ניגוד, קבענו מגבלות".
כך למשל, מציינת עו"ד ברנע, כי נקבעה מגבלה לפיה בשיא לא יוכל לעסוק בחברת הדרי קטיף, מתוקף היותו גם יו"ר חברת "מהדרין בע"מ ו"פריאור בע"מ". מי שיעסוק בנושא זה יהיה מנכ"ל משרד החקלאות. "מצאנו את האיזונים מבלי לעקר את תפקידו כראש מינהלת. מפאת צנעת הפרט לא אחשוף את כל ההתקשרות עימו אבל מסרנו עותק למבקר המדינה", כך לדבריה.