בית הנשיא עובר סדרת שיפוצים בעלות הקרובה ל-17 מיליון שקל. מבית הנשיא נמסר (ב', 15.11.04), כי השיפוץ נדרש נוכח השינויים שחלו במהלך השנים בהיקפי פעילות בית הנשיא, עקב מצבן המתדרדר של התשתיות, וצורכי הביטחון. לדבריהם, לא ניתן היה לדחות את הפעולה.
לדברי אנשי בית הנשיא, "המשכן נבנה במהלך שנות השישים ונחנך בשנת 1972... הבית שנחנך תאם את הטכנולוגיה של שנות הששים והיקפי הפעילות של אותם ימים. במשך כל אותה תקופה, מאז ועד היום, אם וכאשר בוצעו פעולות שידרוג, הן היו מזעריות אם בכלל ולא היה בהן כל מענה לתשתיות הבסיסיות (ביוב, מים, חשמל, מיזוג אוויר). לא בוצע שיפוץ או שידרוג המערכות הללו מאז יום הקמתו של הבית".
במהלך השנים האחרונות הוצף אולם האירועים עקב ניקוז מיושן בגג המשכן. כמו כן, הוצפו משרדים ומקלט במבנה. דליקה פרצה בארון חשמל ובמטבח.
בעקבות האירועים נערך סקר מקצועי לבחינת מצב התשתיות במשכן. מהסקר עלה, כי קיימים ליקויים חמורים במערכות התשתית והבטיחות בבית הנשיא. הממונה על הדיור הממשלתי, גבי שוחט, הורה לתקן את הליקויים ללא דיחוי.
ההשקעה הנדרשת מוערכת בכ-4.5 מליון ש"ח, והיא כוללת: תכנון, פיקוח עבודות, ושכירת מבנה חלופי לפקידות במהלך העבודות.
במסגרת השיפוץ יוחלפו מערכת מיזוג אוויר, מערכת החימום, לוחות החשמל וינתן מענה לניקוז.
שיפורי אבטחה לדברי בית הנשיא, במקביל, הוגדרו מחדש צרכי אבטחת המשכן על-ידי גורמי הביטחון, וזאת לאור המצב הביטחוני. השב"כ קבע, כי המצב "בלתי אפשרי" ודורש מתן מענה מידי.
במסגרת השיפוץ מתוכננות הפעולות הבאות: בניית חדר בקרה למערכות האבטחה, מחסן תחזוקה ומשרד בבור שממנו הוצא מיכל הסולר התת-קרקעי, מיגון מבנה בית הנשיא, שידרוג ובניית מבנה כניסה קבוע בשער היונה כחלופה לעמדת אוהלים. כמו כן יבוצעו שינויים בסדרי תנועה של כלי רכב הנכנסים למשכן. עבודות בעלות של 12.2 מיליון ש"ח בחלוקה על פני שלוש שנות תקציב. בנוסף, מתקיימים דיונים על רכש ציוד אבטחה טכנולוגי נוסף בסך של כ-3 מיליון ש"ח.
במשכן ציינו, כי מתוך כוונה לצמצם בהוצאה הציבורית הוחלט לאחד את שני הפרויקטים (שיפוץ התשתית ושיפור האבטחה) לפרויקט אחד, שיבוצע במשולב על-ידי גורם אחד. הנושא תוקצב על-ידי ועדת הכספים של הכנסת במסגרת הדיונים התקציביים לשנים 2004-2003.
בבית הנשיא ביקשו להדגיש, כי לא מתבצעים שיפוצים בדירת המגורים של הנשיא וגם לא במשרדי בית הנשיא.
