התנועה למען איכות השלטון בישראל פנתה (יום ג', 28.12.04) לראש הממשלה, אריאל שרון, ולמי שעומד להיות שותפו העיקרי בממשלה, שמעון פרס, בדרישה שלא למנות את חבר הכנסת יצחק (בוז'י) הרצוג ממפלגת העבודה לשר בממשלה, בשל מעורבותו בפרשת עמותות ברק. התפקיד המיועד להרצוג הוא שר הבינוי והשיכון.
במכתבה, מזכירה התנועה כי בחודש ינואר 2000 פרסם מבקר המדינה, אליעזר גולדברג, דוח חסר-תקדים בחומרתו ובו ממצאים קשים ביותר בנוגע להפרת חוק מימון מפלגות, כמעט על-ידי כל הסיעות שהתמודדו בבחירות לכנסת ה-15 ולראשות הממשלה. עם זאת, במרכז הביקורת עמדה סיעת 'ישראל אחת', בראשה עמד אז אהוד ברק, אשר הפרה את חוק מימון מפלגות באופן בוטה ביותר אשר כונה על-ידי המבקר "השיטה".
"שיטה" זו, אומרים בתנועה, "הביאה לדברי המבקר ל'רמיסת החוק ברגל גסה', באופן המאיים לפגוע ביסודות המשטר הדמוקרטי בישראל. המבקר קבע, כי בלב "השיטה" עמד ח"כ יצחק הרצוג. הביקורת כלפיו היתה מפורטת, וממנה עלה כי הרצוג היה האחראי המרכזי להתנהלות החמורה שתוארה בדוח.
הרצוג, כמו בלומנטל שפוטרה ע"י שרון, שמר על שתיקה "אכן", מציינת התנועה במכתב, "ממצאים חמורים אלו לא התגבשו לכדי הגשת כתב אישום כנגד הרצוג". עם זאת, בג"צ קבע בעבר כי אין לראות במשפט הפלילי חזות הכל, אשר רק דרכה יש לבחון מינוי מסויים, בעוד קיימות ראיות מינהליות כבדות-משקל בדבר פגמים קשים בעברו של המתמנה, כמו בענייננו. בנוסף, אומרים בתנועה, סגירת תיק החקירה נגד הרצוג באה לאחר שהוא שמר בחקירתו הפלילית על זכות השתיקה, "תופעה חמורה לכשעצמה כאשר היא נוגעת לפעילותם הציבורית של אנשי ציבור בכלל, ונבחרי ציבור בפרט".
בפנייה לשרון מזכירה בתנועה בציניות, כי רק לפני כמה חודשים הוא פיטר חברת כנסת ששמרה על זכותה לשתוק בחקירתה הפלילית (הכוונה לנעמי בלומנטל, נ.ש.), משום שטען שאין זו התנהגות ראויה לנבחר ציבור.
"לפיכך", טוענת התנועה, "אין ספק שאדם המעורב באופן חמור במעשים אשר תוארו על-ידי מבקר המדינה כ'דריסת החוק ברגל גסה', ואשר מעדיף את זכות השתיקה על-פני חובתו למסור דין וחשבון לציבור למען בירור האמת, ימונה לתפקיד בכיר ומרכזי כשר, קל וחומר כשמדובר בשר הממונה על מנגנון של אנשים". מינוי כזה, לטענתה, "יפגע בעליל באמון הציבור במשרתיו וברשות, אשר מהווה כידוע את אחד מנכסיה החשובים של הרשות השלטונית ושל המדינה".
תזכורת: פרשת 'עמותות ברק' נזכיר, כי חוק מימון מפלגות קובע, שסיעה או רשימת מועמדים לכנסת לא תקבל במישרין או בעקיפין כל תרומה מתאגיד (לרבות עמותה), בין בארץ ובין בחו"ל. בשנת בחירות, ניתן לקבל תרומה של עד 1,700 ש"ח מאדם פרטי בלבד (כיום עומד הסכום על 1,000 ש"ח). ואולם, כאשר שונתה שיטת הבחירות לכנסת ועברו לבחירה ישירה של ראש ממשלה, שכחה הכנסת להתייחס לעניין התרומות בחוק מימון המפלגות.
בחודש מרס 1998 כתב היועץ המשפטי לממשלה חוות דעת בעניינו של בנימין נתניהו והמיליונר יוסף גוטניק מחב"ד, לפיה המצב החוקי הנוכחי מעורר "קושי פרשני" והציע לתקן את החוק בנושא. רובינשטיין החליט שלא להעמיד לדין את נתניהו, בין היתר משום שלא היו ראיות מספיקות ובהתחשב בנסיבות העובדתיות והמשפטיות. חוות הדעת הגיעה לידיו של עו"ד גלעד שר, ואנשי ברק טענו כי לא הבינו אותה כראוי, וסברו שמגבלת התרומות אינה חלה על מועמד לראשות הממשלה ("טענת ההסתמכות").
כמה ימים לפני הבחירות לכנסת ולראש הממשלה של שנת 1999, פנה חבר הכנסת מיקי איתן ליועץ, בתלונה על עמותת "תקווה לישראל" של ברק, שהולידה את החקירה שזכתה לכינוי "עמותות ברק". מבקר המדינה קבע, כי עמותות רבות הוקמו על-ידי אנשי ברק ומקורביו, רובן פיקטיביות ששימשו צינור להזרמת כספים, כדי לסייע לו לזכות בבחירות. לאחר שהתברר גודל השחיתות, טענו בימין כי ברק קנה את השלטון בכסף.
בחודש ינואר 2000 דחה מבקר המדינה את 'טענת ההסתמכות' של אנשי ברק, וקבע כי "אין כל אפשרות להסתתר מאחורי החלטותיו של היועץ המשפטי לממשלה". הוא הוסיף, ש"אין כל מקום לאבחנה בין פעילות הסיעה לקידום ההצבעה לה בבחירות לכנסת, ובין פעולותיה לקידום מועמדה לראש הממשלה. ממילא, כל פעולה 'התורמת' לקידום המועמד לראש הממשלה, פועלת, על-פי המבנה המשפטי הקיים, לטובת הסיעה".
המבקר גולדברג ציין, כי "עמדת מבקר המדינה היתה ידועה לכל", נוכח דוח שכתבה קודמתו בתפקיד, השופטת (בדימ.) מרים בן-פורת, שהגיעה לאותה מסקנה בעניין נתניהו וגוטניק בבחירות 96', שהיו אף הן בחירות ישירות, ואף הזהירה: "אם בעתיד תחזור התופעה על עצמה, לא יהיה מנוס מתגובה הולמת ומכאיבה".
המשטרה פתחה בחקירה, ובחודש מאי 2000 המליצה להעמיד לדין שורה של פעילים במטה ברק, ובהם חבר הכנסת בוז'י הרצוג, עו"ד דורון כהן (גיסו של ברק), יועץ התקשורת טל זילברשטיין וחבר הכנסת וייצמן שירי.
היועמ"ש סוגר את התיק נגד הבכירים בפרקליטות מחוז תל אביב דווקא סברו שיש די ראיות כדי להעמיד לדין פלילי כמה מהמעורבים הבכירים בפרשת עמותות ברק, ובראשם ח"כ הרצוג, זילברשטיין ועו"ד כהן.
ואולם, באוקטובר 2003 החליט היועץ המשפטי לממשלה דאז, אליקים רובינשטיין, לסגור את תיקי החקירה בפרשת עמותות ברק, ככל שמדובר בחשודים המרכזיים - ברק, הרצוג, וייצמן שירי ועו"ד כהן. רובינשטיין החליט להגיש כתבי אישום רק נגד דגי הרקק: זילברשטיין, ופעיל השטח גד סולימאני, הנאשמים בעבירות על חוק מימון מפלגות.
באשר להרצוג, קבע רובינשטיין כי "ראיות ברורות דיין לכך שהיה מודע לכך שכספי התרומות שהוא מזרים לפחות לחלק מן העמותות, משמשים לתעמולת בחירות", וכן כי "דאג להזרמת מאות אלפי דולרים לעמותות אלה". עם זאת, ציין היועץ כי "לא נוכל להוכיח ברמה הנדרשת במשפט פלילי, כי עו"ד הרצוג, שלא עסק במימון הקמפיין בפועל, היה מודע לכך שהכסף מוצא בצורה 'מעורבת' ולא לטובת מועמדותו של ברק בלבד".
היועץ הוסיף, כי ההחלטה התקבלה אחרי "התלבטות לא מועטה", נוכח העובדה "שחלק גדול מהעמותות הוציא בפועל את הכספים למימון תעמולה בעד ברק בלבד, או למימון קמפיין שלילי בלבד, יהיה בה כדי להחליש מאוד את מערכת הראיות נגדו, שהינה בעייתית גם כך".
גם אהוד ברק טען בחקירותיו כי הסתמך על חוות הדעת של היועץ המשפטי לממשלה. עוד טען, כי היה ער אמנם לפעילות חוץ-מפלגתית רבה ביותר שנעשתה "בשטח", אך לא ידע על זיקה בין פעילות זו לבין מטהו, ובפרט לא ידע על הזרמת כספים לעמותות אשר עשו תעמולת בחירות, ישירה או עקיפה, לקידום בחירתו. בשבת האחרונה, חשף "מעריב" כי ברק ידע גם ידע על פעילות העמותות השונות, והציג מסמכים בהם ברק מזכיר את פעילות עמותת רובד במסמכים אסטרטגיים.