סמוך לשעות הצהריים (יום א', 3.4.05), הציג הוותיקן לעיני ציבור הנוצרים המאמינים את גופתו של האפיפיור יוחנן פאולוס השני. מוקדם יותר החלה בכיכר פטרוס הקדוש מיסת אבל, בהשתתפותם של עשרות אלפי מאמינים. גופת האפיפיור הולבשה גלימה אדומה המסמלת אבל.
סוף עידן בוותיקן אמש (שבת, 2.4.05) סמוך לשעה 23:00 הודיע הוותיקן רשמית על מותו של האפיפיור, יוחנן פאולוס השני. בכך החלו תשעת ימי האבל הרשמיים על מותו של האב הקדוש. ההלוויה, בהשתתפות מנהיגי עולם רבים, צפוייה להיערך בימים הקרובים.
ההודעה הרשמית מטעם הוותיקן נמסרה על-ידי ראש מועצת הקרדינלים, חואקין נבארו-ולס. נאמר בה: "האב הקדוש הלך לעולמו הערב בשעה 21:37 בדירתו הפרטית בוותיקן". כמו כן נמסר, כי "החלו ההליכים למינוי אפיפיור אחר, וזאת בהתאם לחוקת הוותיקן שהותקנה על-ידי יוחנן פאולוס השני ביום 22.2.96".
עם הישמע ההודעה, פרצו עשרות אלפי המאמינים, שהתקבצו בכיכר פטרוס, בבכי מר כאשר פעמוני הכנסייה החלו לצלצל לאות אבל.
טרם חלה ההדרדרות החמורה במצבו הספיק האפיפיור (ו', 1.4.05) למנות 17 הגמונים וארכי-הגמונים חדשים והדיח שישה אחרים. רבים מ-183 קרדינלי הכנסייה הקתולית ברחבי העולם כבר יצאו לוותיקן. קרדינלים אלה יקבעו את נהלי ההלוויה והטקסים שייערכו במהלך תשעת ימי האבל. בעוד שבועיים יתכנסו הקרדינלים כדי לבחור אפיפיור חדש שיהיה אחד מ-117 הקרדינלים שגילם אינו עולה על 80.
הקרדינלים ייפגשו מדי יום ויצביעו באמצעות פתקי הצבעה. כל עוד לא יושג רוב למועמד זה או אחר, יישרפו פתקי ההצבעה ויעלו עשן שחור כדי שהציבור הממתין בחוץ יידע שאין עדיין הכרעה. כשתושג ההכרעה וייבחר האפיפיור החדש יעלה בארובה עשן לבן.
ביקור שרון בארה"ב עלול להידחות נשיא ארה"ב, ג'ורג' בוש, ייצא ביום ג' להשתתף בהלווית האפיפיור. מוושינגטון נמסר כי השינוי בלוח-הזמנים של הנשיא עלול להביא לדחיית ביקורו בארה"ב של ראש הממשלה, אריאל שרון. שרון אמור היה להיפגש עם בוש בחוותו בטקסס ביום ה' הקרוב.
הנשיא בוש פירסם הודעת אבל מיוחדת. הדגל בבית הלבן הורד לחצי התורן. "יוחנן פאולוס השני הינו אלוף החירות ועדות להגינות האדם. תמיד נזכור את הכומר הצנוע וחסר הפחד, שנעשה אחד המנהיגים הגדולים בהיסטוריה. בן פולין שנעשה הבישוף של רומא וגיבור לדורות", אמר הנשיא האמריקני.
ראש הממשלה סופד לאפיפיור ראש הממשלה אריאל שרון, פתח את ישיבת הממשלה השבועית בדברי הספד לאפיפיור יוחנן פאולוס השני ואמר בין השאר: "האפיפיור יוחנן פאולוס השני היה איש של שלום, ידידו של העם היהודי ופעל לפיוס ההיסטורי בין העמים ולחידוש היחסים הדיפלומטיים בין ישראל לוותיקן, בסוף שנת 1993".
"העולם איבד אתמול את אחד המנהיגים החשובים בדורנו, שתרומתו הרבה לאיחוד בין העמים תלווה אותנו שנים רבות", הוסיף שרון.
שרון אף תיאר כיצד פגש באפיפיור באופן אישי: "נפלה בחלקי הזכות לפגוש את האפיפיור בשנת 1999, עת כיהנתי כשר חוץ ונסעתי להזמין את האפיפיור, בשם ממשלת ישראל, להשתתף בחגיגות המילניום. בפגישתי עימו חשתי את החיבה, היחס החם והאוהד שרוחש האפיפיור כלפי העם היהודי וכלפי מדינת ישראל".
שרון סיפר, כי האפיפור אמר לו כי הארץ קדושה לנוצרים, למוסלמים וליהודים אך היא מובטחת רק ליהודים.
תגובות נוספות בישראל נשיא מדינת ישראל, משה קצב, הביע את צערו העמוק על מותו של האפיפיור, ושלח את תנחומיו בשם העם בישראל למיליוני האבלים ברחבי העולם הנוצרי. "העם היהודי יזכור אותו כמי שקם באומץ ושם קץ לעוול היסטורי, כשהזים רשמית את הדעות הקדומות ואת ההאשמות נגד היהודים. אותן דעות והאשמות שבגללן סבלו בני עמנו ודתנו מאנטישמיות ארסית, מרדיפות ומשפיכות דמים".
המשנה לראש הממשלה, השר שמעון פרס: "האפיפיור, יוחנן פאולוס השני הוא מנהיג רוחני אמיתי שהנהגתו לא הוגבלה רק למאמיניו ולצאן מרעיתו. הוא הכניס לא רק רוח גדולה אלא רוח טובה. האפיפיור יצג באישיותו את הנעלה שבאדם יחד עם המשותף לכל האנושות. אין ספק שהקים קשרים בין האמונה הקתולית לזו היהודית, לחם באנטישמיות ואף ביקר בבית כנסת. נזכור אותו תמיד, כאחד ממנהיגי הרוח של המאה הקודמת והמאה הנוכחית".
בישיבת הממשלה אמר פרס: "יוחנן פאולוס השני היה מחוייב למורשת האנושית ומחוייב לאנשים החיים כיום. ירושלים תפסה מקום מרכזי בהשקפותיו ובביקורו בארץ אמר כי, האלוהים נתן לו חיים ובריאות כדי שיוכל לעלות לרגל לירושלים. הוא התפלל למען שלום ירושלים וסביבותיה והיום בירושלים אנו נישא בליבנו את זכרו המופלא".
שר הפנים, אופיר (פז) פינס, האחראי על העדות הלא יהודיות בישראל, שלח את תנחומיו הערב לאוכלוסיה הקתולית בישראל ובעולם בעקבות מותו של האפיפיור. לדבריו, האפיפיור ייזכר כידיד היהדות וידיד ישראל אשר בתקופתו חודשו הקשרים בין הוותיקן לישראל. הממשלה משתתפת באבלם של המוני המאמינים בארץ ובעולם, אמר פינס.
שר החוץ, סילבן שלום, הביע צער עמוק על מות האפיפיור. "בשם הממשלה והעם בישראל אנו שולחים את תנחומינו לכנסיה ולצאן מרעיתו של האפיפיור" אמר שלום וציין, כי "זו אבידה גדולה בראש וראשונה לכנסיה הקתולית על מאות מיליוני מאמיניה אך גם לאנושות כולה. יוחנן פאולוס השני הצעיד את הכנסייה הקתולית ליחסים טובים יותר עם ישראל והעם היהודי".
חבר הכנסת, אחמד טיבי אמר כי מות האפיפיור מהווה אבידה לאנושות כולה ובעיקר למיליוני מאמיניו. "האפיפיור הפיץ בעולם את ערכי הסובלנות, השלום והצדק", הדגיש.
