בית המשפט העליון פסק היום (יום א', 14.4.02) כי צה"ל הוא האחראי לקבורת הגופות של ההרוגים בג'נין. כך קבע הרכב שלושה בראשות הנשיא אהרן ברק, ודחה בזאת שלוש עתירות שהוגשו.
בית המשפט פסק, כי צה"ל ישתף בקבורת הגופות, לפי הצורך, את הצלב האדום ואת הסהר האדום הפלשתיני. בכך ביקש להבטיח, כי הטיפול בגופות ייעשה כראוי בנסיבותה מיוחדות שנוצרו.
בכך קיבל בית המשפט את עמדת המשיבים, באמצעות פרקליטות המדינה - אותה ייצג עו"ד מלכיאל בלס. פסיקת השופטים התקבלה, לאחר דיון שקיימו בהשתתפות הצדדים לעתירות והתייעצות אליה יצאו.
על-פי הודעת הפרקליטות לבית המשפט, שקיבלה כאמור גושפנקא של בית המשפט, צה"ל הוא שיפנה את ההרוגים הפלשתינים בג'נין, ויאפשר לפלשתינים לקבור בעצמם את ההרוגים; אך אם הם לא יפעלו לקבורה מיידית של הגופות - צה"ל יפעל לקבורתן, וזאת תוך שמירה מדוקדקת על החוק, על כבוד המת ותיעוד הפרטים שיתבררו. כך הודיעה פרקליטות המדינה לבית המשפט העליון, בתגובה לשלוש עתירות שהגישו ביום ו' (12.4.02) חברי הכנסת מוחמד ברכה ואחמד טיבי, והארגונים עדאלה וקאנון.
תשובת הפרקליטות ניתנה, בהתאם להחלטת נשיא בית המשפט העליון אהרן ברק (מיום ו', 12.4.02) בשמם של כל המשיבים: ראש הממשלה, שר הביטחון, הרמטכ"ל, אלוף פיקוד מרכז, מפקד כוחות צה"ל בג'נין, ומפקד כוחות צה"ל באזור הגדה המערבית.
הנשיא ברק הוציא ביום ו' צו זמני שעיכב את קבורת הגופות על-ידי צה"ל, וזאת עד להכרעה בעתירות. ההכרעה ניתנה כאמור היום (14.4.02). כתב התשובה שהוגש עתה חושף - בפעם הראשונה באופן מוסמך ומשפטי - את מהלכי הלחימה במחנה ג'נין, את השיטות בהם נקטו הפלשתינים כדי לפגוע בחיילי צה"ל, ובמיוחד את אופן הטיפול של צה"ל בגופות במקום.
בכתב התשובה המחזיק 6 עמודים, טוענת הפרקליטות כי צה"ל - בהוראת הממשלה - נכנס לג'נין ביום 3.4.02, כדי לפגוע בגורמי הטרור במקום. ממקום זה יצאו 23 מתאבדים, שהם כרבע מכלל המחבלים שביצעו פיגועי התאבדות. מג'נין, טוענת הפרקליטות, יצאו אותם מחבלים שביצעו פעולות טרור שגרמו להרג ונפגעים רבים, בין היתר במקומות הבאים: מסעדת מצה בחיפה, מסעדת סבארו בירושלים, תחנת הרכבת בבנימינה, הפיגוע באוטובוס בצומת מוסמוס, וכן הפיגוע שבוצע בצומת בסמוך למחנה 80.
בתשובת הפרקליטות נטען, כי המקום שבו מדובר שימש את המחבלים-החמושים כמתחם צבאי. "לכוחות צה"ל שהגיעו למקום התברר, כי מחנה הפליטים אורגן כמתחם צבאי להגנה עליו. בהתאם לכך, פונה או התפנה חלק גדול מהאוכלוסיה הפלשתינית מן הבתים שבמחנה וחלק מן הבתים בו מולכדו לקראת הכניסה של כוחות צה"ל. פעולות אלו בוצעו במחנה הפליטים בתקופה שלאחר יציאת צה"ל ממנו לפני מספר שבועות ואף אז נכנסו הכוחות למחנה לשם פעילות נגד תשתית הטרור בו ויצאו כעבור מספר ימים".
ועוד: "כאשר כוחות צה"ל החלו בכניסה למחנה הפליטים, הם מצאו כי בחלק גדול מן הבתים שנכנסו אליהם לא היה איש. אוכלוסיה אזרחית נמצאה בעיקר במרכז המחנה. עם הגעתם פתחו כוחות צה"ל בקריאה כללית לתושבים לצאת את המחנה, על-מנת שלא יפגעו בעת הלחימה. למרות קריאה זו בימי הלחימה הראשונים במחנה, לא נענו התושבים לקריאה ולא יצאו מבתיהם. עד ליום 7.4.02 בלילה, כמעט אף אחד לא יצא מן המחנה, ואז החלה יציאה של כ-100 איש מן המחנה".
המשיבים טוענים בתשובתם, כי לשם תפיסת המחבלים הרבים, כל הנשק וחומרי הנפץ שבמחנה הפליטים, "החלו כוחות צה"ל לנהל פעולת לחימה מבית לבית. במהלך הלחימה נתקלו הכוחות בירי של צלפים פלשתינים. בנוסף, התברר, כי בתים ריקים היו ממולכדים, למשל באמצעות בלוני גז שהונחו בתוך הבתים, באופן שבו פלשתינים פתחו את הגז בקומה התחתונה, וכשהגיעו חיילי צה"ל למקום, פלשתינים הציתו אש ושורה של בתים נשרפה".
צה"ל שילם מחיר כבד: "במסגרת פעילות כוחות צה"ל במחנה הפליטים בג'נין שנעשתה מבית לבית ולא בדרך של הפצצות מן האוויר וזאת על-מנת למנוע ככל האפשר פגיעה באזרחים, נהרגו 23 מחיילי צה"ל שעסקו בפעילות מבצעים במחנה, ונפצעו עשרות חיילים".
לטענת צה"ל, עתה, עם השלמת ההשתלטות על המחנה, החלו סריקות במטרה לסלק ולנטרל מטענים שנותרו פזורים במחנה הפליטים, והחל צה"ל פועל לאיתור הגופות שנוצרו במחנה ולפינויין. סריקות אלו נערכות, בין היתר, על-גבי כלי רכב משוריינים, לאור החשש הכבד מקיומם של מטענים בשטח וכן של חומרי נפץ אחרים הפזורים במחנה. "בנוסף, קיים חשש כבד לירי כלפי הכוחות בשטח, ואף במהלך השעות האחרונות המשיכו להתרחש באזור המחנה מספר אירועי ירי".
בתשובתם מאשרים המשיבים, כי אומנם נכון - צה"ל מונע ויימנע גם בזמן הקרוב מהפלשתינים לפנות את מתיהם. לטענת הפלשתינים, הדבר נעשה כדי להסתיר את הטבח שנעשה בחמושים ובאוכלוסיה האזרחית; לטענת צה"ל, נעשה הדבר מסיבות מבצעיות, בשל הסיכון שעדיין קיים לפגיעה ממטענים במקום. "הליך הסריקה ואיתור הגופות מתבצע באמצעות צוותים הכוללים חיילים מהיחידה לסילוק פצצות, לאור החשש ממלכוד הגופות עצמן. כן כוללים הצוותים נציגים רפואיים הפועלים לזיהוי הגופות, וגורמים מקצועיים נוספים".
על-פי הנהלים שנקבעו על-ידי צה"ל, באישור הדרג המדיני, לאחר איתור גופה וביצוע מס' בדיקות על-ידי גורמים רפואיים כדי להגיע לזיהויה, מוצאת הגופה לפאתי המחנה. לאחר מכן יתנהלו מגעים בין רשויות הצבא לבין הגורמים הפלשתיניים הרלבנטיים, ובין השאר ארגון הסהר האדום הפלשתיני, ובמידת הצורך גם עם ארגון הצלב האדום, על-מנת לתאם הבאת הגופות על-ידם לקבורה מיידית. בשלב הראשון, נטען, בכוונת רשויות הצבא להעביר לידי הפלשתינים, בדרך שתיקבע, מספר גופות לקבורה. כל עוד יובאו הגופות לקבורה מיידית, תימשך העברת הגופות. ואולם, באם יימנעו הגורמים הפלשתיניים מהבאת הגופות לקבורה מידיית, ישקלו רשויות הצבא - לאור החשש כי אי קיום הסיכומים עלול לפגוע פגיעה של ממש בביטחון האזור ופגיעה בביטחון מדינת ישראל - לפעול להבאת הגופות לקבורה מיידית בעצמן, וזאת - בדרך מכובדת ונאותה, תוך שמירה על כבוד האדם והאמת, הכל, תוך שמירה על תיעודים שונים ונקיטת האמצעים שיידרשו על-מנת לשמור על האפשרות שהמשפחות תבאנה את הגופות לקבורה במקום אחר, בשלב מאוחר יותר.
נקודה נוספת ומהותית המודגשת בכתב התשובה, נוגעת לבידול הגופות. המשיבים מבהירים, כי לא תיערך כל אבחנה בין הגופות שיאותרו ויפונו מהמחנה, ובפרט לא תיערך אבחנה בין גופות מחבלים חמושים לבין גופות אזרחים [בכך מפריכים רשויות הצבא ידיעות כאילו ישנה תוכנית לקבור בבקעת הירדן גופות של מבוקשים שחוסלו, י.י.]. אם יאלצו רשויות הצבא לקבור את הגופות בעצמן, הדבר ייעשה בקברים נפרדים לכל גופה וגופה, תוך שמירה על אפשרות לזהות את מקום הקבורה בעתיד, וכן תוך שמירה על כבוד האדם והמת.
המשיבים מבקשים לדחות את העתירות. לטענתם, הם פועלים בהתאם להוראות הדין ובכלל זה להוראות הדין ההומניטרי החל עליהן, והכל - על-מנת להביא את המתים בהקדם לקבורה נאותה, מכובדת והומניטרית, ותוך שמירה על שלום הציבור, שלומם של חיילי צה"ל וכן שמירה על ביטחון האיזור והמדינה.
ועוד: "המשיבים אינם מתכחשים לכך שגם בעת לחימה מוטלות על הצדדים הלוחמים חובות בתחום ההומינטרי, בהתאם לעקרונות המשפט הבילאומי, ובכלל זאת בכל הקשור בטיפול בפצועים ובהרוגים. המשיבים חוזרים ומצהירים, על מחוייבותם לפעול על-פי הכללים האמורים, גם בימים קשים אלה, וזאת חרף העובדה שהצד הנגדי ללחימה אינו נוהג בדרך דומה. יחד עם זאת, המשיבים מבקשים להדגיש, שהאירועים אשר כתוצאה מהם הוגשו העתירות הם אירועי לחימה של ממש, אשר לגביהם נוהג בית המשפט בזהירות רבה בעת הפעלת ביקורתו השיפוטית".
כאמור לעיל, בית המשפט העליון קיבל את עמדת המשיבים, וקבע כי צה"ל הוא האחראי לקבורת הגופות.