המלחינה והמשוררת נעמי שמר, התוודתה ואמרה, ימים ספורים לפני מותה, כי לחן השיר "ירושלים של זהב" שירה מ-1967 - מבוסס על שיר ערש מחבל הבאסקים שבספרד. כך דווח הבוקר בעיתון "הארץ". אמנם, ככל הנראה מדובר במוטיב מתוך שיר העם, אך לראשונה מה שסימל במשך שנים רבות את דמותה - נראה כי נפגם משהו.
שמר קראה לבחירתה במוטיב זה כ"תאונה מצערת, עד כדי כך מצערת שאולי בגלל זה חליתי". "כנראה שזה קצת הפריע לה", כך אמר גיל אלדמע ברשת ב' הבוקר (יום ה', 5.5.05). אלדמע יזם את חיבור השיר. את הדברים כתבה שמר לאלדמע במכתב בו סיפרה, כי שמעה את השיר באמצע שנות הששים מפי ידידתה, הזמרת המנוחה נחמה הנדל. "מוטיב קטן מהשיר הזה חדר לתוכה" מספר היום אלדמע. "כנראה שהשיר הזה זחל אלי מבלי דעת. גם לא ידעתי שיד נעלמה הכתיבה לי שינויים במקור..." כתבה שמר במכתבה לאדלמע.
הזמרת שולי נתן, אשר מבצעת את השיר הידוע, אמרה לתוכנית הבוקר ברשת ב', כי "השיר הבאסקי... הוא על חמור... אני חושבת שאין שיר בעולם שאין בו מוטיב שמזכיר שיר אחר... הכל זה עניין של השראה ושל אסוציאציות ולכן אני חושבת שאין שום מקום לעשות מזה עניין ואני חושבת שאף אחד לא יזכור את זה, יזכרו את ירושלים של זהב שאני נורא גאה בו".
שלושה שבועות לאחר פסטיבל הזמר פרצה מלחמת ששת הימים, והצנחנים שהגיעו לכותל שרו את השיר על הר הבית וליד הכותל המערבי. מאז הפך השיר למעין המנון לאומי והיה למפורסם ביותר מבין שיריה של שמר. לאחר המלחמה הוסיפה שמר לשיר בית נוסף שנפתח במילים: "חזרנו אל בורות המים..."
