מנהיג הכנסיה הקופטית-אורתודוכסית, האב שנודה השלישי, הודיע (ד', 15.6.05) כי אסור לקיים מגע עם יהודים.
שנודה, המרותק בידי השלטון המצרי למנזר מרוחק בדרום המדינה, אמר כי "אסור לעלות לרגל לירושלים כל עוד היא מוחזקת בידי הכופרים (היהודים, ע.כ). אני תומך בדו-שיח עם מוסלמים, אך לא עם יהודים".
דבריו של שנודה נאמרו זמן קצר לאחר שמנהל האוכלוסין הישראלי דיווח כי בחודש אפריל האחרון הגיעו לביקור בישראל 735 תיירים ממצרים. מרבית הביקורים, שמטרתם צליינות, ארכו כ-10 ימים ונערכו במהלך חג הפסחא.
הכנסייה הקופטית-אורתודוכסית מייצגת את מרבית הנוצרים במצרים, אשר סובלים מקיפוח ממשלתי ומהתנכלויות של קיצונים מוסלמים. לטענתה, משתייכים לכנסיה 18% מאזרחי המדינה. ממשלת מצרים מכחישה נתונים אלו וטוענת כי מספרם אינו עולה על עשירית מתושבי המדינה.
ראשי ממשלות ישראל נוהגים לברך בכל מועד דתי את ראשי הכנסיה הקופטית. בעקבות הסכם השלום בין מצרים לישראל הסכימה ישראל להעניק לקופטים מעמד מיוחד על גג כנסיית הקבר בירושלים, דבר שהכעיס מאוד את ממשלת אתיופיה. בין הכנסיות הקופטית והאתיופית שורר מתח רב בשל מאבקי בעלות בכנסיה.
הקהילה הקופטית-אורתודוכסית בישראל מונה כיום כ-200 משפחות. בבעלותה מספר כנסיות, מנזר ובית הארחה, מרביתם בירושלים.