מבקר המדינה בדק את איכות שירותי הבריאות לתלמידי בתי הספר המוענקים על-פי חוק ביטוח בריאות ממלכתי. השירותים אמורים לכלול בין היתר חיסונים, בדיקות גופניות, בדיקות שמיעה וראיה, ייעוץ, הפניה ומעקב רפואיים והרצאות בתחום החינוך לבריאות.
הממצאים שהועלו בביקורת מלמדים ששירותי הבראות הניתנים לתלמידים, אינם ברמה או בהיקף הראוי. כמחצית כוח האדם הסיעודי במשרת אחות, הם אחים ואחיות מעשיים (בניגוד למוסמכים). בחלק מהמוסדות שיעורם אף גבוה משיעור המוסמכים.
בהקצאת משרות כוח האדם לא הובאה בחשבון מצבם החברתי-כלכלי של התלמידים וצורכיהם הייחודיים של אוכלוסיות שונות.
אין תיאום בין משרד הבריאות למשרד החינוך בתחום החינוך לבריאות. בבתי ספר רבים אין חדר אחות או ציוד הכרחי. בחלק ממוסדות החינוך בירושלים התלמידים אינם מקבלים שירותי בריאות כלל.
בשנת 2000 הקציב משרד הבריאות סכום של 70 מיליון ש"ח לנושא. בסוף אותה שנה, נותר לשירותי הבריאות הציבוריים חוב של 7.4 מיליון ש"ח לספק כוח האדם עמו עבדו.
עד סוף שנת 2001 צפויים שירותי הבריאות הציבוריים להיות בעלי גירעון של 12 מיליון ש"ח. יש לציין, שגירעון זה נוצר למרות ש-515 מוסדות חינוך לא זכו לקבל את מלוא השירותים להם הם זכאים. חלק ממוסדות החינוך (בעיקר במגזר החרדי) לא קיבלו כל שירות המגיע להם מתוקף החוק.
בין הבדיקות של המבקר עולה כי על המחוזות להקצות רופא אחד לכל 11,500 תלמידים. בפועל מקצה בממוצע כל מחוז רופא לכל 22,220 תלמידים. המפתחות להקצאה הם קבועים, ואינם מביאים בחשבון את הצרכים השונים של האוכלוסיות השונות.
בבדיקת כוח האדם של מחוז ירושלים נמצא, כי שירותי הבריאות הציבוריים היקצו למחוז כוח אדם בהנחה שלומדים בו 133,000 תלמידים בכיתות א-ט, אם כי בלשכת הבריאות במחוז היו נתונים על 152,900 תלמידים.
פעילות הרופאים והאחיות בבתי הספר מתרכזת בתחום החיסונים. פעילות בתחומים אחרים היא מצומצמת מאוד. תחום רפואת השיניים אינו כלול בסל השירותים לא זכאי התלמיד מכוח חוק, והדבר גורם לירידה התמדתית במספר הרשויות המספקות שירותים כאלו. בראשית 2001 סיפקו רק 43 מבין 260 הרשויות המקומיות שירותי בריאות שן.
המבקר קבע, כי על משרד הבריאות בשיתוף עם משרד החינוך והרשויות המקומיות לפעול לאיתור מוקדם של בעיות בריאות בקרב התלמידים, לעסוק בחינוך לבריאות, לוודא שבבתי הספר יינתנו שירותי עזרה ראשונה ראויים, ולסייע בהשגת רצף במתן השירותים של המסגרות השונות, כך שצורכי הבריאות יסופקו באופן הולם.