"אי אפשר לקיים הסדר עם אלה שקוראים לסרבנות ועדיין להמשיך לקיים את אותם ההסדרים". כך אמר (יום ג', 28.6.05) הרמטכ"ל, רב-אלוף דן חלוץ, ושלח מסר תקיף לראשי ישיבות ההסדר.
חלוץ התייחס במהלך ביקורו בצפון הארץ, לישיבות ההסדר, ולאפשרות כי ראשי ישיבות ההסדר יקראו לחניכיהם לסרב להשתתף במהלך ההינתקות. "זה בלתי מתקבל על הדעת גם להנות מההסדרים, וגם לא לקיים אותם. זה לא יימשך אם זו תהיה תופעה שכיחה", אמר בנחרצות וציין, כי ישנה אפשרות כי מסלול ישיבות ההסדר והמכינות הקדם צבאיות יבוטל בעקבות מעשים שכאלה. חלוץ הדגיש, כי בצה"ל לא יהיו סבלניים כלפי כל גילוי של סרבנות.
שר הביטחון, שאול מופז, שסייר עם הרמטכ"ל, התייחס גם הוא לנושא ואמר: "כל סוג של סרבנות הוא חמור. הדואליות הזו עם ישיבות ההסדר לא יכולה להתאפשר". לדבריו, מערכת הביטחון תספק את כל הגיבוי הנדרש על-מנת לאפשר את ההינתקות. "צריך להשאיר את חיילי צה"ל מחוץ לכל ויכוח פוליטי", אמר.
הוגברה האבטחה על הרמטכ"ל בעקבות איומים בשעות הבוקר נודע, כי הוגברה האבטחה סביב ביתו של הרמטכ"ל, רב-אלוף דן חלוץ, בעקבות קבלת מכתב איום שנשלח ביום ב' ללשכתו בקריה.
במכתב שנשלח, ככל הנראה על-ידי מתנגדי תוכנית ההינתקות, נכתב: "אתה הולך בדרכו של ראש הממשלה. אם המשפחה חשובה לך, תימנע מכך".
שלטונות הצבא העבירו את המכתב למשטרת מרחב ירקון וזו פתחה בחקירה על-מנת לנסות ולאתר את שולחי המכתב. במקביל, הוגברה האבטחה סביב ביתו של הרמטכ"ל ונמסר כי המשטרה תערוך במקום סיורים רבים יותר. בצה"ל קיים מערך אבטחת אישים שתפקידו לאבטח את הרמטכ"ל באופן שוטף.
מתנגדי תוכנית ההינתקות קיימו בחודשים האחרונים הפגנות מול בתיהם של קציני צה"ל, וכן של הרב הצבאי הראשי ושל הרב של פיקוד מרכז.