ישראל פוגעת לעיתים בזכויות אדם, בתגובותיה לחלק מהפיגועים, ולכן האפיפיור לא תמיד מוצא מקום לגנות כל פיגוע נגד ישראל. כך טוען הכס הקדוש, בהודעת-גינוי חריפה ששיחרר הלילה נגד ישראל, וזאת לאחר תלונת משרד החוץ, ובראשו השר סילבן שלום, על כך שהאפיפיור גינה בנאומו את הפיגועים בלונדון, עירק, מצרים ובריטניה, אך לא את הפיגוע שבוצע בנתניה.
תחילת הפרשה החדשה, ביום ב' השבוע: שגריר הוותיקן זומן למשרד החוץ, והתבקש להעביר מחאה חריפה לוותיקן, על-כך שיום קודם לכן, בדרשתו השבועית ביום א', גינה האפיפיור את הפיגועים שבוצעו לאחרונה בכמה מדינות, אך לא את הפיגוע בנתניה, שבו נרצחו חמישה ישראלים.
בהודעת הוותיקן הלילה נאמר, כי האפיפיור, בנדיקטוס ה-16, אינו מקבל הוראות מאיש לגבי הטון ותוכן דבריו. הוסבר, כאמור, כי ההימנעות מגינוי הפיגועים הינה בשל התנהגותה של ישראל, אשר בתגובותיה לפיגועים פוגעת בזכויות אדם.
"ישראל אינה יכולה לתת שיעורים לוותיקן וללמד כיצד להתנהג", נאמר בהודעה. ככל הנראה, מתכוון האפיפיור לפעולות צה"ל בשטחים, ולמדיניות החיסולים המופעלת בעקבות הפיגועים. כידוע, הוותיקן הביע בעבר התנגדות תקיפה להקמת גדר הביטחון, שיוצרת הפרדה בשטחים ומקשה על חיי האוכלוסיה הפלשתינית.
הוותיקן דוחה גם את טענת משרד החוץ, כאילו נוקט הוותיקן מדיניות של אי-גינוי הטרור נגד ישראל, ולכן ממשיכים ארגוני הטרור הפלשתינים והאיסלמיים לפעול נגד ישראל.
בהצהרה הלילה ניתנה רשימה ארוכה של אזכורים מפורשים, מנאומים קודמים, בהם גינה האפיפיור הנוכחי, שהושבע באפריל 2005, וגם קודמו, פיגועים שנעשו נגד ישראלים. עם זאת, כאמור, ציין הכס הקדוש, כי לא ניתן היה לגנות כל פיגוע, וזאת בשל התגובות החריפות של ישראל - שפגעו לעיתים בזכויות אדם.
בוותיקן טוענים עוד כי האפיפיור, בנדיקטוס ה-16, מעניק לישראל יחס הוגן, ואף קיים
פגישות עם מנהיגים יהודים וכן עם בכירים מישראל.
אחת מהן התקיימה בראשית החודש עם שרת התקשורת, דליה איציק, שאף שיבחה לאחר מכן את האפיפיור הנוכחי, ואף ציינה את "החום והאהדה שרוחשים אזרחי המדינה לזכרו של האפיפיור המנוח שהיה ידיד ליהודים ותרם להפשרת היחסים בין בני הדתות".
באותו מעמד הזמינה איציק אתה אפיפיור, בשמו של ראש הממשלה, אריאל שרון, לביקור בישראל, ועל כך הוא השיב: "אני מוצף בהזמנות לביקורים מכל רחבי העולם, אבל ישראל נהנית אצלי מעדיפות".