לאחר מאבק קשה שנמשך מהצהריים, והסתיים בערב, פונה בית הכנסת בכפר דרום. כל אותם מתנגדים שהתבצרו בתוך בית הכנסת נגררו החוצה. גם נשים שהתבצרו בבית הכנסת, עם ילדים קטנים בידיהן, הוצאו מהמקום.
לפנות ערב החל להתפתח קרב קשה ביותר על גג בית הכנסת. שוטרי מג"ב שניסו לעלות לגג, הותקפו קשות בחפצים שונים, הושלכו לעברם שמנים, חומצות וגם שפכים. 44 מהם נפגעו מחומצה שהושלכה לעברם. 27 פונו לבית החולים סורוקה. שניים מהם במצב בינוני. מפגין אחד נפצע באורח קשה בראשו ואיבד הכרתו. הוא הורד לתוך בית הכנסת ושם הונשם. מסוק פינה אותו לבית החולים. סיבת הפציעה נבדקת. לבית החולים נלקח מפגין נוסף במצב קל.
מפכ"ל המשטרה, רב-ניצב משה קראדי שהתבקש להתייחס לאירוע, אמר כי המשטרה וצה"ל גילו איפוק במהלך כל היום. מדובר באירוע חמור מאוד, הלין. מרגע זה, כל האנשים שהורדו בכוח, יובאו למעצר.
מאוחר יותר, סמוך ל-19:30, הוזרמו כוחות גדולים כדי לפנות את הצעירים שהתבצרו. העלייה לגג נעשתה באמצעות סולמות, ולא במכולות, שהעלאתם לגג נמנעה קודם לכן על-ידי המתבצרים. לאחר מאבק נוסף שנמשך כ-40 דקות, הורדו כל הצעירים מהגג. 160 מהם נעצרו והובלו לחקירה. בבוקר יובאו לפחות חלק מהם לבית המשפט להארכת מעצרם.
בעקבות האירועים הנ"ל, פנו מפכ"ל המשטרה ושר הביטחון אל היועץ המשפטי לממשלה, מני מזוז, בבקשה שייפעל במהירות להעמיד לדין את אותם פורעים שפגעו בשוטרים ובחיילים. מזוז הורה על פתיחת חקירה נגד החשודים ועל מיצוי הדין עימם. בידי צה"ל והמשטרה סרטוני וידאו רבים, המתעדים את האירועים. אי לכך, סביר להניח כי ניתן יהא להעמיד לדין לפחות חלק מהחשודים, ולו בעבירה של הפרת צו אלוף ושהייה בשטח ללא היתר.
- על קרבות היום ומאמרים בנושא - המתנגדים נגררו מבית הכנסת בנווה דקלים - הסתיימה ההתבצרות: יצחקי נכנע ללא עימות שני חיילים שהותקפו, אייל ושרון אמר: היה מאוד קשה ומפחיד ובמיוחד שטיפסנו על הסולמות, עלינו, זרקו עלינו חפצים ושפכו חומצה. למרות הכל, אנחנו מבינים את כולם, אנחנו מבינים את הכאב שלהם. הם אחים שלנו.
אלוף פיקוד הדרום, דן הראל, אמר בתדריך לעיתונאים, כי השוטרים שעלו למעלה - לגג של בית הכנסת בכפר דרום, הותקפו בצורה אלימה מאוד באמצעות שפיכת חומצה, צבע ושמן. לצערי, זה סיום עגום של סאגה נפלאה. לצערי הרב, ראינו כאן קבוצה של נערים מתבגרים שמבזים את בית הכנסת. אנחנו נמצה עימם את כל חומרת הדין.
יו"ר סיעת המפד"ל, ח"כ שאול יהלום, אמר כי המתבצרים בכפר דרום מביישים את הציונות הדתית ואת הכיפה שעל ראשם. המפד"ל מסתייגת מהם מכל וכל ומדגישה כי מדובר בריכוז של עשבים שוטים בקצה המחנה שאינם מייצגים דבר ורק גורמים נזק".
ר"ר שינוי, ח"כ יוסף לפיד, אמר בתגובה לתקיפת השוטרים והחיילים בכפר דרום: "אשר יגרונו בא. ראשי המתנחלים ורבניהם המסיתים אחראים באופן אישי לפציעתם של 25 שוטרים וחיילים שגילו התאפקות מירבית, מול הבריונים שהתבצרו בבתי הכנסת, וחשבו שבשם אלוהים מותר להם הכל. מדינת חוק לא יכולה לסבול תופעות כאלה, עם כל הצער וכאב המפונים. הציבור חייב תודה לצה"ל ולמשטרה על התנהגות מופתית, וכל מי ששלטון החוק יקר לו חייב לגנות את התנהגות בריוני הגגות".
אלפי שוטרים השתתפו במאבק על כפר דרום אלפי שוטרים ושוטרות, וכן חיילים וחיילות, פרצו סמוך לשעה 16:00 אחר-הצהריים לבית הכנסת בכפר דרום לצורך פינוי מאות המתבצרים. זאת לאחר שנכשלו כל הניסיונות להשיג פינוי מרצון. במקביל הועלו לאויר, באמצעות מנופים, שתי מכולות עמוסות בשוטרים כדי להגיע לגג המבנה. על הגג מתבצרים מאות מאנשי הימין הקיצוני, הממתינים לשוטרים, כשהם חמושים בכדורי סיד וצבע. המכולות הורדו סמוך לשעה שש וחצי בערב חזרה לריצפה מבלי שהשוטרים עלו על הגג.
עם קבלת ההחלטה לפרוץ לבית הכנסת, לאחר שמאות המתבצרים סירבו להתפנות, הורו מפקד המחוז הדרומי, ניצב אורי בר-לב, ואלוף הפיקוד הדרומי דן הראל, להיכנס פנימה. השוטרים הצטיידו בקסדות ובאלות. המתבצרים המתינו להם כשהם ישובים על הריצפה, אוחזים בשולחנות הפוכים שהונחו על הרצפה. בעזרת הנשים המתינו עשרות נשים, חלקן עם תינוקת וילדים.
הכוח ניסה שוב לשכנע את האנשים להתפנות, אולם אלו סירבו, מעודדים על-ידי מספר רבנים המשתייכים ל"מרכז הרב". בסופו של דבר החלו הכוחות לפנות את המתבצרים והמתבצרות בזהירות תוך הפעלת כוח סביר. שוטר אחד נפגע באורח בינוני ברגלו מחבטה ופונה לבית החולים.
מדי פעם עצרו הכוחות כדי לנסות שוב לשכנע את האנשים לצאת. משנענו בשלילה, המשיכו בפעילות הפינוי.
הדרמה העיקרית בישוב זה התרחשה כאמור על הגג, שם המתינו לכוחות הפינוי צעירים רבים, בהם ילדים, כשהם חמושים בכדורי סיד העשויים לפגוע בראייה. השוטרים הצטיידו בציוד מיוחד לפיזור הפגנות, כולל אלות ומגינים, וכן קסדות עם מיגון לעיניים.
המפגינים מנעו העלאת מכולות לגג עשרות שוטרים הועלו לאויר בתוך שתי מכולות שהוסבו להעברת כוחות ואלו הועלו לגג באמצעות מנופים גדולים. הכוח שהה באויר כמעט שעה והמתין להורדה ולהנחתה על גג המבנה משני כוונים. במקביל, משאיות התזת מים של המשטרה מתיזות מים על הגג כדי לצופף את המפגינים הממתינים ולאפשר הנחתת המכולות. סמוך לשעה 18:15 ניתנה הנחיה להוריד את המכולות שוב בחזרה לריצפה, הן כדי לאפשר לשוטרים להתרענן, והן כדי לנסות להגיע להסדר על פינוי מרצון של המתבצרים שמרביתם כבר הודיעו שלא ירדו מהגג.
החשש הכבד ביותר הוא מקריסת הגג. לכן ניתנה הוראה לסיים את הפינוי בתוך המבנה במהירות האפשרית. התברר שגג המבנה עשוי פלקל ויש סכנת קריסה. המשטרה לקחה זאת בחשבון, ומראש.
כאמור, בסופו של דבר לא הועלו המכולות לגג. הפינוי נעשה באמצעות סולמות, לאחר מאבק קשה מול הצעירים הפורעים.
