האפיפיור בנדיקטוס ה-16 קרא קריאה מזלזלת נגד "הטרור הפנאטי" אמש (20.8.05), במהלך ביקורו בגרמניה וקרא למוסמים להצטרף לנוצרים במלחמתם בהתפשטות הטרור. למנהיגים המוסלמים אמר כי הם צריכים לקחת אחריות בחינוך הדור הצעיר. "אני משוכנע שאני משמיע את המחשבות שלכם כשאני מעלה את אחת הדאגות שלנו מהתפשטות הטרור", אמר למוסלמים, בעיקר לטורקים, במהלך ביקורו. "הפעילים הטרוריסטים... בחלקים שונים בעולם, שזורעים מוות והרס, ומטבילים את רבים מאחינו ואחיותנו ביגון וייאוש".
דבריו של האפיפיור הנוגעים לדור הצעיר נאמרו על-רקע יום הנוער העולמי אשר התקיים עם בואו לגרמניה, ארץ מולדתו.
קריאותיו של האפיפיור לא כוונו להתקפות מסוימות ולא הצביע על גורם מסוים. הוא פנה למוסלמים עצמם ואמר כי הטרוריסטים מכוונים להרעיל את היחסים שבין שתי הדתות ולסכל כל ניסיון לחיים משותפים שלווים. האפיפיור אף לא קישר באופן ישיר בין האיסלם לבין הטרור.
בגרמניה קהילה גדולה של מוסלמים, כ-3.5 מיליון במספר.
כזכור, לפני כחודש ביקרה ישראל את דבריו של האפיפיור, אשר גינה את הפיגועים בבריטניה, מצרים, עירק וטורקיה אך נמנע מלגנות את פיגועי הטרור בישראל. משרד החוץ הגיש מחאה, והוותיקן השיב שאינו יכול לגנות את הפיגועים, משום שישראל מפרה זכויות אדם.
את הפגישה עם המנהיגים המוסלמים בגרמניה ערך האפיפיור יממה לאחר פגישתו עם מנהיגי הקהילה היהודית
בבית הכנסת בקולון. האפיפיור הגרמני, ששירת לזמן קצר בתנועת "צעירי היטלר" במהלך המלחמה, עצר להתפלל באנדרטת זיכרון לזכר ששת מיליוני היהודים שנהרגו בשואה. "נוצרים ויהודים חייבים לאחד כוחות כך שהאידיאולוגיה המטורפת הגזענית שהובילה לשואה לעולם לא תעלה מחדש", אמר.
בחודש יוני נפגש האפיפיור, לראשונה מאז נכנס לתפקידו, עם מנהיגי הקהילה היהודית במסגרת משלחת של ראשי הקונגרס היהודי העולמי בוותיקן. האפיפיור נפגש בנוסף עם אישים יהודים וישראלים, ביניהם: שגריר ישראל לשעבר בוותיקן יהודה הדס ומנכ"ל הרבנות הראשית עודד ויינר.
ממשיך את קודמו האסכולה אליה שייך האפיפיור החדש מאמינה כי הכנסיה הקתולית לא התרכזה מספיק בעצמה. האסכולה, שמכונה גם "האסכולה האירופית", שואפת להכניס סדר בכנסיה לפני שתפנה לעשות סדר בעולם הרחוק. האפיפיור, יוסף רצינגר, שימש כעוזרו של האפיפיור המנוח וגם נשא דברים בהלווייתו. כינויים כמו "הביריון" ו"הקרדינל הטנק", דבקו בו בעבר, בשל שמרנותו. בשנת 1987 אמר: "הדת היהודית תגיע למימוש, רק כשהיהודים יקבלו עליהם את ישו". בשנת 2000 אמר: "רק בעזרת הכנסיה הקתולית ניתן להגיע לישועה מלאה".