עם סיום יישום תוכנית ההינתקות ופינוי יישובים ברצועת עזה ובצפון השומרון יוצאת לדרך תוכנית משרד הביטחון לאזרוח המעברים. בתקופה האחרונה פורסמו במכרז של משרד הביטחון לתפעול ארבעה מעברים: גלבוע (ג'למה), שער אפרים, ביטוניא וארז. במכרז זכו שתי חברות: שלג לבן ו-מיקוד.
בעקבות יציאת הכוחות, כמה מהמעברים יהפכו לשמש כנקודות גבול בינ"ל וחברות אזרחיות צפויות לתפוס את מקום צה"ל והחיילים. בשלב הראשון יופעל מעבר ארז על-ידי חברת "שלג לבן" ומעבר שער אפרים על-ידי חברת מיקוד.
אזרוח המעברים יתבצע עד סוף שנת 2006. עד סוף 2005 תושלם הקמת חלק הארי של גדר הביטחון כך שיווצר רצף מטירת צבי שבצפון ועד מצדות יהודה שבדרום. לדברי משרד הביטחון, במעברים ייושמו אמצעים טכנולוגיים מתקדמים שיאפשרו בדיקה ביטחונית אמינה במקביל למעבר מהיר של אנשים. תפעולם של המעברים על-ידי אזרחים, יצמצם את החיכוך הקיים כיום במחסומים וישפר את רמת השירות מבלי שרמת הבידוק תפגע.
טרמינל הולכי הרגל במעבר ארז החדש יכלול 4 שרוולים בהם יעברו כ-2,000 אנשים בשעה. תפוסה זו תגדל באפריל 2006 ל-4,000 איש בשעה, לכשיתווספו ארבעה שרוולים נוספים, כך שזמן ההמתנה יקטן.
במקביל, מוקם מסוף סחורות שיכלול משקפים שיאפשרו בדיקה כוללת של הסחורות ללא צורך לפרקן.
מעבר שער אפרים, שנחנך על-ידי צה"ל בסוף חודש יוני, מיועד לתת מענה לתנועה של כ-8,000 איש ביממה והטרמינל יתבסס על שלושה שרוולים. במקביל, מתבצעת הקמה של מסוף סחורות. בשלב הביניים ישודרג מסוף הסחורות הפועל בשיטת גב-אל-גב על-ידי אמצעים טכנולוגיים שונים. לכשיושלם, יאפשר מסוף המטענים מעבר של 500 משאיות ביום.
עד השלמת אזרוח המעברים, מאיישים אותם חיילי חיל-רגלים, שוטרות צבאיות המיועדות לבידוק נשים, קצין דובר ערבית ממנהלת התיאום והקישור וחיילי יחידת המעברים של המשטרה הצבאית.
האלוף נוה חתם על צו המאפשר העברת סחורות מהגדה לתחומי ישראל מפקד פיקוד המרכז, האלוף יאיר נוה, חתם (יום א', 28.8.05) על צו המסדיר מעבר טובין בכמות מסחרית מאזור יהודה ושומרון לישראל ומישראל ליהודה ושומרון.
העברת הטובין, שמקורם או יעדם אינו יישובים ישראלים או אזורי תעשיה ישראלים ביהודה ושומרון, תתבצע דרך שש נקודות בהן קיימים משטחי "גב-אל-גב", אשר נועדו לאפשר העברת סחורות באופן תקין ומבוקר.
בצו מצוין, כי טובין מסוג תוצרת חקלאית טרייה, שמקורם או יעדם ביישובים ישראלים או באזורי תעשיה ישראלים ביהודה ושומרון, יועברו דרך תשע נקודות ביקורת מוגדרות, אשר יועדו להעברת תוצרת חקלאית טרייה.
מטרת הצו למנוע מעבר אמצעי-לחימה וחומרים אסורים במסווה של תוצרת חקלאית וכמו כן למנוע מעבר של מוצרים חקלאיים אשר אינם עומדים בדרישות הפיקוח על בריאות הציבור ועלולים להוות סכנת חיים.
תשעת המעברים יאוישו על-ידי יחידת הפיצו"ח (פיקוח החי והצומח) במשרד החקלאות, על-מנת לנתב את התוצרת החקלאית ולבודקה בקפידה על-פי החוק.