הכבוד של צה"ל, הדרגות של מרדכי רגע ההכרעה בגורל דרגותיו של יצחק מרדכי הגיע. הוועדה הצבאית המיוחדת, שהקים לפני חמישה חודשים הפרקליט הצבאי הראשי, תת-אלוף אביחי מנדלבליט, החליטה שלא לשלול את דרגת האלוף של השר לשעבר, יצחק מרדכי.
מרדכי נמנע מלהגיע לאולם הדיונים כדי לקבל לידיו את ההחלטה. פרקליטו, עו"ד נבות תל-צור, ייצגו בעת מסירת ההחלטה. עו"ד תל-צור הביע סיפוק מההחלטה, וציין כי מלכתחילה לא היה מקום לקיים את ההליך כולו, ולראיה: החלטת הוועדה המציינת כי לא יהא זה לכבודו של צה"ל לשלול את דרגתו של מרדכי. ההחלטה ניתנה על-ידי ועדה בת שלושה חברים: נשיא בית המשפט המחוזי (בדימ.), ד"ר אליהו וינוגרד, המשמש בתפקידו זה (בדרגת אלוף) כאב בית הדין; אלוף אביעזר יערי; ואלוף יוסף תל-רז.
הוועדה קובעת בהחלטתה, כי לא יהא זה לכבודו של צה"ל ליטול את דרגתו של מרדכי, שכן מרדכי נענש מספיק בגין מעשיו. כמו כן קובעת הוועדה, כי למרדכי זכויות רבות: הוא שירת 33 שנים בצה"ל, מהן 12 שנים בדרגות קצונה בכירות. מרדכי שימש לוחם, השתתף במלחמות ישראל, ונוכח גבורתו קיבל את עיטור העוז - בזכות זאת שחירף נפשו במלחמת יום הכיפורים.
מרדכי השיג את הכבוד בשדות הקרב הוועדה קובעת בהחלטתה המחזיקה 13 עמודים: "זכותו של אדם לשאת דרגה צבאית שאותה השיג בעמל רב, היא זכות הקשורה לכבודו כאדם אשר פגיעה בה היא פגיעה בכבודו. האם ראוי ליטול מהאלוף את הכבוד הזה שהשיג, תוך חירוף נפש, בשדות הקרב? פגיעה בדרגתו תהיה נטילת המעט שנותר לו. נטילתה כיום אין לה שום משמעות אופרטיבית, והיא תהיה בפועל הטלת עונש נוסף על העונש שכבר הושת עליו".
הוועדה מדגישה, כי "הכבוד הזה" – דרגותיו של קצין צה"ל, "הוא גם כבודו של צה"ל". הוועדה קובעת כי מרדכי שירת ביושר ובאומץ לב את מדינת ישראל, ו"בכל מעשיו בצה"ל (למעט העבירה שעבר תוך תקופת שירותו) הביא האלוף אך כבוד ויקר למסורת צה"ל ותרם רבות לביטחון המדינה. המעשים שבגינם נשפט קרו לפניו 13 ו-9 שנים. מן הראוי שניקח בחשבון גם את הזמן הרב שחלף מאז".
"סוף דבר", קובעת הוועדה: "עייננו בכובד ראש בבקשתו של הפצ"ר, נתנו משקל ראוי לעבירות בהן הורשע האלוף, וגם לכל מה שקרה לאלוף באשמת מעשיו עד היום הזה, גם לזמן הרב שחלף מאז וזכויותיו הרבות של האלוף בגין המעשים שעשה בשירות צה"ל. אנו סבורים שלא יהיה זה צודק ונכון לפגוע בדרגותיו, משום שפגיעה בדרגתו אינה מידתית ואינה ראויה במכלול הנסיבות שפירטנו. על כן אנו מחליטים שלא לפגוע בדרגותיו של האלוף".
ההליכים הקודמים כזכור, הורשע מרדכי בשתי עבירות של מעשים מגונים: אחת נגד קצינה שהייתה תחת פיקודו, והאחרת כנגד נ' - פעילת ליכוד שביקשה לקבל את סיועו בקבלת עבודה. תלונתה של נ' הציתה את הפרשה, וגרמה בסופו של דבר להתפטרותו של מרדכי מהממשלה.
בנובמבר 2004 נידחה ערעורו האחרון של מרדכי על הרשעתו, וזאת על-אף מכתב ששלחה נ' לחבר השופטים, ממנו השתמע כאילו היא חוזרת בה מתלונתה. חבר השופטים קבע, כי אין הוא מוצא כל פגם בהתנהלות ההליך בעניינו.
מאוחר יותר, בפברואר 2005, תם ההליך המשפטי באופן סופי, לאחר שהרכב מיוחד של שופטי בית המשפט העליון, בראשותו של הנשיא אהרן ברק, דחה בקשתו של מרדכי לקיום דיון נוסף בעניין הרשעתו.
זמן מה לאחר תום הדיונים, החליט הפצ"ר על הקמת הוועדה הצבאית לבחינת סוגיית הורדתו של מרדכי בדרגה. מדובר בפעם השניה בה הוקם פאנל שכזה, לאחר שבשנת 2002, מיד לאחר הרשעתו בפרשת הטרדת הקצינה, החלה ועדה צבאית בדיונים בנושא, שהופסקו לאור מכתבה של המתלוננת נ' והתחדשות הליכי הערעור.
הוועדה הנוכחית קיימה עד היום דיון אחד בנושא, במהלכו נקבע כי השאלה העומדת בפני ההרכב היא סוגיית ההורדה בדרגה בלבד, ולא השאלה האם יש בעבירות בהן הורשע מרדכי משום קלון. מרדכי עצמו נמנע מלהופיע לדיון, ובמקום זאת בחר להפנות טיעוניו במכתב, בו טען כי הוא רואה בהליך הנוכחי המשך לרצח האופי שנעשה לו עם השנים.
בכירים בפרקליטות הצבאית הביעו חשש עוד קודם לפרסום ההחלטה, כי הוועדה תיבחר בסופו של דבר שלא להעניש את מרדכי, וזאת לאור ביקורת שהשמיעו חבריה, על חקיקת החוק המאפשר הורדת דרגותיו של קצין שכבר סיים את שירותו הצבאי.