הממשלה החליטה בישיבתה השבועית שלא להרוס את בתי הכנסת. בזאת אימצה את הצעת שר הביטחון, שאול מופז להותיר את המבנים על כנם. ובכך, למעשה, ניתן האות להתחלת יציאת כוחות צה"ל מהרצועה.
ואולם, החלטת הממשלה אינה חותמת עניין זה. לקראת חצות (יום א') הודיעה הרשות הפלשתינית על החלטתה להרוס את בתי הכנסת. דובר משרד הפנים הפלשתיני הודיע, כי הרשות הפלשתינית תהרוס את המבנים בהם היו בתי הכנסת ברצועה. הרשות הלינה, כי ממשלת ישראל מעמידה אותה במצב בלתי אפשרי. ההריסה, נמסר, תבוצע באופן מסודר, וזאת כדי להשלים את מלאכת הפינוי שבה החלה ישראל. בהחלטתה דוחה הרשות, למעשה, את פנייתו של מזכ"ל האו"ם, קופי אנאן, שפנה אל אבו מאזן בבקשה שהרשות תישמור על בתי הכנסת. שר החוץ, סילבן שלום, הוא שפנה אל אנאן במאמץ נוסף למנוע את ההריסה ואת חילול בתי הכנסת.
14 שרים הצביעו נגד הריסה ישיבת הממשלה התכנסה בבוקר (יום א', 11.9.05) לדון בשורה של החלטות להשלמת יציאת ישראל מרצועת עזה. במוקד הישיבה: גורלם של בתי הכנסת ברצועת עזה. בהצבעה שהתקיימה 14 שרים תמכו בהצעה להשאיר את המבנים על כנם. שניים התנגדו - השרים אופיר פז-פינס וחיים רמון. השרה דליה איציק נמנעה.
בתחילת הישיבה פנה ראש הממשלה, אריאל שרון, לשרי הממשלה ואמר כי יתנגד להריסה מאחר שלא נמצא פתרון לאפשרות העתקת בתי הכנסת בשלמותם. הוא נימק את שינוי המדיניות בכך ששר הביטחון המליץ על הותרתם על כנם, והקהילה הרבנית מעדיפה במפורש שצה"ל לא יהרוס אותם, גם במחיר הידיעה שההמון הפלשתיני יחלל אותם.
לעומתו, היועץ המשפטי לממשלה, מני מזוז, התנגד לשינוי בעמדת הממשלה ואמר: "זה תהליך מביך ויהיו לו מחירים. דבר לא התחדש מאז ישיבת הממשלה לפני שבועים. כל ניסיון לומר כי דברים השתנו איננו נכון". גם השרה דליה איציק תקפה את השר מופז על כך שלטענתה הוליך שולל את השרים בכך שבתחילה תמך בהריסה ורק לפני יומיים, לאחר החלטת בג"צ, החליט לשנות את דעתו.
השר מופז אמר לשרים: "מתערבים פה הרגש היהודי, ההלכה ותחושה בעלת משמעות עמוקה, שאל לי לתת הנחיה לצה"ל להרוס את בתי הכנסת, ואם מבקשי ביקורת וציניקנים יאמרו ששיניתי את דעתי, אני מקבל זאת באהבה". בהמשך דבריו הוא הדגיש: "אני חוזר ומציע לא להרוס את בתי הכנסת ולא להוסיף כאב על כאב".
במהלך הדיון ציין רה"מ, כי "הממשלה אישרה את תוכנית ההינתקות, ובמסגרת החלטה זו אישרה את פירוקם של בתי הכנסת. כנסת ישראל אישרה כזכור את תוכנית ההינתקות. עד לפני כחודש לא קיבלנו כל פניה בשאלת עתיד המבנים ששימשו כבתי הכנסת. אולי גם בנושא זה חשבו המתנגדים שאין לטפל, משום שהתוכנית לא תתבצע".
הוא המשיך ואמר: "פעלנו בנושא פירוק בתי הכנסת לאורך חודשים על-פי הנחיות הרב הראשי לישראל, נשיא מועצת הרבנות הראשית לישראל, הרב יונה מצגר והרב הצבאי הראשי. תכולת בתי הכנסת פונתה ללא יוצא מן הכלל, לרבות הוצאת תשמישי הקדושה, הריהוט, ויטראז'ים, לוחות הנצחה, ארונות הקודש וכל סממן אחר המעיד על כך ששימשו בית כנסת. החלטת הממשלה עמדה למבחן בג"צ, שקבע – פעמיים – שגורל המבנים ששימשו בתי הכנסת הוא עניין שמצוי בשיקול דעת הממשלה".
"שר הביטחון עידכן אותי שלא נמצא פיתרון הנדסי להעתקת המבנים ששימשו כבתי כנסת בשלמות. עומדת בפנינו השאלה הקשה – האם לפרקם או להותירם במקומם, שתי החלופות הן רעות ועלינו לבחור את הרעה פחות", אמר וציין, "יש לצפות שגם אחרי פניית רבנים מכל רחבי העולם, פניית נשיא המדינה, שהממשלה נעתרה להן, תהיינה התקפות על הממשלה. את הראשונה כבר שמעתי הבוקר מפי אחד הרבנים. אני מצפה שחברי הממשלה יפעלו יחד במקרה כזה".
בתחילת הישיבה אמר ראש הממשלה, כי הנושא השני בו תדון הממשלה יהיה "עניין הבתים ששימשו לבתי כנסת בחבל קטיף. ועתידם".
הנושא הראשון שנדון ואושר הוא ביטול הממשל הצבאי שהוטל על רצועת עזה לפני 38 שנים וכן הוצאת חיילי צה"ל מציר פילדלפי. הממשלה קבעה, כי בהתאם להחלטתה מיום 6.6.2004 בדבר תוכנית ההינתקות, יוציא צה"ל את כוחותיו משטחי רצועת עזה, לרבות מאזור קו הגבול שבין רצועת עזה למצרים (ציר "פילדלפי").
בהחלטת הממשלה נכתב: "עם יציאת כוחות צה"ל משטחים אלה, תועבר האחריות עליהם לידי הרשויות הפלשתיניות, ויסתיים הממשל הצבאי באזור חבל עזה. מערכת הביטחון, בתיאום עם משרד המשפטים, תנקוט בצעדים הדרושים לביטולו הפורמלי של הממשל הצבאי".
שר החקלאות ופיתוח הכפר, ישראל כ"ץ, אמר בישיבת הממשלה, כי "אולמרט מותח ביקורת באיזמיל מנתחים ואילו רמון בגרזן קצבים, אולם שניהם לא היו מדברים כך כלפי שופטי בית משפט עליון לדוגמא. הרבנים פועלים מתוך חשש ליצירת תקדים מסוכן של הרס בתי כנסת על-ידי יהודים, ואילו השנים מעדיפים את האינטרס הפלשתיני על פני האינטרס היהודי".
כבר אמש הסתמן כי
קיים רוב ניכר להשארת בתי הכנסת. כל סוף השבוע פעלו גורמים שונים והפעילו לחץ על השרים לתמוך בעמדתו של שר הביטחון, שאול מופז, להותיר את כתי הכנסת על תילם.
על-פי המסתמן עם פתיחת ישיבת הממשלה, השרים שהביעו התנגדותם להריסה הם: שאול מופז, סילבן שלום, לימור לבנת, ישראל כץ, דני נוה, צחי הנגבי, דליה איציק, גדעון עזרא, שלום שמחון ובנימין בן-אליעזר. השרים שמעון פרס, מאיר שטרית, מתן וילנאי ואופיר פינס, הביעו פומבית את עמדתם בעד הריסה.