הראשון לציון, והרב הראשי לישראל, הרב שלמה עמאר, אמר הערב (12.9.05) בריאיון למהדורה המרכזית של רדיו קול-חי, כי בתי הכנסת עומדים בקדושתם בניגוד לקביעות של הפלשתינים ופוליטיקאים, ומי שנוגע בהם מחלל את הקודש.
הרב עמאר כתב מכתב למלך מרוקו ונשיא תוניסיה שישתדלו לפעול אצל הפלשתינים למנוע פגיעה. הוא אמר כי ידע שזה הולך לקרות, אך עדיין איתן בדעתו שאסור היה לממשלת ישראל לפגוע בבתי הכנסת. בסוף השבוע יפגשו הרבנים הראשיים עם ההאפיפיור ויבקשו גם ממנו לפעול בנושא.
"פגיעה בנפש האומה" לדברי הרב עמאר הוא ישקול יחד עם הגורמים הנוגעים בדבר אפשרות קיצונית של הטלת חרם על מי שיעז לפגוע במסגד, פגיעה שמשמעותה ההלכתית, בין היתר, היא מניעתו מלהצטרף למניין. צעד זה עשוי להינקט, להערכתו, לאור החומרה שבפגיעה במקומות מקודשים לשאר הדתות, שעלולה להביא לשפיכות דמים נוראית. "זהו מעשה המנוגד בכל תוקף לכל ההלכות ונגד הדין... זוהי פגיעה בנפש האומה, והקדוש-ברוך-הוא לא יציל אדם כזה מן הדין".
הרב עמאר קרא לכל ילדי ובחורי ישראל שלא ישלחו ידם לפגוע במסגדים. "כל העמים ילכו איש בשם אלוהיו", אמר וקבע כי חל איסור גמור לפגוע במסגדים, וזה מהווה סכנת נפשות. "איש בל ירים ידו לפגוע בבתים בהם מתפללים אנשים בני כל הדתות", אמר והוסיף כי פגיעה בהם עלולה להסב נזק לאומה כולה ולקהילות ישראל בעולם כולו. הדבר עלול להמיט אסונות וחורבן בכל העולם ולפגיעה בבתי כנסת, שיש כמעט בכל עיר ברחבי תבל.
אין היתר לפגוע "מה מרוויחים מכך?", שאל, ואמר כי זהו מעשה נפסד שאין בו שום תועלת ושום תוחלת. "איזה היתר יש לנו לפגוע במקום שאדם החליט להתפלל שם, הרי זו לא עבודה-זרה?! אין אפילו צד אחד מאלף להתיר כזה דבר.זהו עוון פלילי ודבר חמור ביותר. אין רב רציני ותלמיד-חכם אמיתי שיתיר כזה דבר. אין לי ספק שכל רבני ישראל אוסרים בכל תוקף לשלוח יד במבנים אלו".
לדבריו, אמירתו התקיפה באה "לא מפני שאנו מאמינים שמישהו יעשה כזה דבר, אלא כדי להבהיר ביתר-שאת וביתר-עוז, שאם יש מישהו חמום מוח שאפילו חושב לעשות זאת, שלא יעז לעשות כזה דבר".
הרב מצגר: הפורעים לא חונכו מעולם גם הרב הראשי האשכנזי, יונה מצגר, גינה את חילול בתי הכנסת, ובתגובה שמסר נכתב: "חילולי הקודש ביישובי גוש-קטיף שברו מוסכמה עולמית, שהיתה מקובלת עד היום על כל אדם ללא הבדל דת, שבמקומות קדושים לא נוגעים, אלא מכבדים, כדי לא לפגוע איש באמונתו של האחר.
"שריפת וניתוץ בתי הכנסת מוכיחים שהפורעים לא חונכו מעולם לשמירת ערכי הקודש של דתות אחרות".
הרב הראשי פנה בקריאה לכל ראשי הדתות לעשות כל שביכולתם למנוע את המשך ההרס של המקומות הקדושים.
