לא קל לאלוף אלעזר שטרן, ראש אכ"א. מאחורי
התקפתו בכותל עומדות שנים של חשבון פתוח עם הציבור הדתי וציבור המתנחלים, שהעדיפו ביום הכיפורים האחרון לא לשכוח ולא לסלוח.
קריאות גנאי נגד שטרן הושמעו גם בעת שבא לישוב המפונה קודם יישום ההינתקות (יום ה', 14.7.05) נסע נהגו של האלוף במהירות כדי למלט את האלוף מהמקום. לטענת המתנחלים, פגע הנהג באחד המתנחלים ברגלו, עלה על אי-תנועה ונמלט. דובר צה"ל שהתייחס לאותו אירוע מסר כי האלוף עזב את היישוב ללא עימותים ובלי לדרוס אף אחד מהנערים.
בעבר התבטא שטרן נגד סירוב פקודה באשר לסוגיית פינוי היישובים: "אני מצפה מהרבנים שלא יגידו לנו לא למלא פקודה. יש כאלה שבעיניהם לפנות את נצרים זו פקודה שדגל שחור מתנוסס מעליה. אבל אני גם מכיר אנשים שבשבילם לשמור על נצרים זו פקודה כזאת. לשמחתי, שתי קבוצות האנשים האלה משרתות באותן יחידות", אמר.
בשבוע שעבר חשף אתר האינטרנט של עיתון הצופה כוונה במערכת הצבאית להפסיק את תיפקודה של הרבנות הצבאית הראשית כגוף עצמאי בצה"ל ולהכפיפה תחת חסותו של ראש אכ"א. מצה"ל טרם נמסרה תגובה לידיעה. מלשכת ראש אכ"א העדיפו לשמור על חשאיות ובחרו שלא להגיב לפירסום.
כיבוש כותרות העיתונים קודמו בתפקיד ראש אכ"א, האלוף גיל רגב, מנע משטרן, ששירת תחתיו כקצין חינוך ראשי, השתתפות בסימפוזיונים והרצאות, וניסה לצמצם למינימום את המגע בין פיו של קצין חינוך ראשי לעולם הרחב. בשלב מסוים אפילו נזעקו חברי כנסת מהמפד"ל, וטענו כי המדובר בסתימת פיות על-רקע פוליטי-דתי.
שטרן רואה עצמו כמחנך, ולרקורד הצבאי שלו נוסף גם "כיבוש" תכוף של כותרות העיתונים באמצעות התבטאויות שקוממו עליו מגזרים שונים בחברה הישראלית.
ראש אכ"א התלונן על "הקלות הבלתי נסבלת של הגשת תצהירים לצורך בקשת פטור מטעמי דת". לדבריו, 42.3% מהצעירות בשנתון הגיוס של 2005 נמנעות מלהתגייס, לעומת 32.6% בלבד ב-1991. 32.1% מהצעירות שלא התגייסו ב-2005 קיבלו פטור מטעמי דת - עלייה של 2.2% לעומת השנה הקודמת. הוא אף רמז כי "יש לתת על כך את הדעת".
אפשר לראות וידאו בשבת כשנכנס לתפקידו בבית הספר לקצינים ביטל שטרן את הוראת רב בית הספר לאסור צפייה בשבתות בסרטי וידאו בחדרים. "אני לא כאן בשביל לצמצם חילול שבת, אלא כדי לעשות חיילים שינצחו במלחמה. מי שירצה, יראה וידאו, ומי שירצה ילמד גמרא", אמר שטרן לרב ופרץ את האיסור.
שטרן גם יזם הליך גיור מזורז לחיילים גויים, שנתקל בביקורות מצד אישים בציבור הדתי. אשתקד פנה (14.11.04) ח"כ הרב מאיר פרוש (יהדות התורה והשבת) לשר הביטחון, שאול מופז, בתביעה "לקרוא לסדר" את שטרן, שלטענתו "מנסה לנגוס בסמכויות הרבנות הצבאית ובוחש בסוגיות דתיות, שאין לו בהן ידע ושאינן בהגדרת תפקידו". "אמנם ראש אכ"א מגדיר עצמו כשומר מצוות, אך אין הוא פוסק הלכות, ובניסיונות ההתערבות שלו גורם נזק חמור וחילול השם".
פרוש התייחס להכרזתו של שטרן, כי "יש ללכת לקראת חיילים, שאינם יהודים בנושאי גיור". פרוש אמר כי "הניסיון האומלל להיות פופולארי ולפעול להקלה בהליכי הגיור, מסכן את אחדות העם. אי אפשר להציע שערי כניסה שונים לעם היהודי, ב'מחירי מבצע' או ב'הנחה והוזלה' כמו בסופרמרקט. גם על חיילים בצה"ל, עם כל האהדה, חלים ההליכים ההלכתיים המסורים לנו מדור אל דור".
הרב פרוש לא חסך שיבטו מהכרזתו של שטרן כי "חיילים דתיים וחילוניים כאחד חייבים להבין, שוויתורים הדדיים הם כורח המציאות". "זוהי התבטאות אומללה, שתגרום לכאוס בצבא. לאיזה ויתורים מתכוון האלוף שטרן? לשמירת השבת? לכשרות במטבחים? לצום יום כיפור? האם ראש אכ"א בצה"ל מוכן גם לוויתורים בתחום המשמעת הצבאית?", היקשה וסיים בתקווה ששטרן "אינו מנסה לשיר 'מה יפית' לציבור החילוני, כדי להוכיח שהוא 'חובש כיפה נחמד'".