שר החוץ, סילבן שלום, נפגש (08.11.05) לראשונה עם נציבת אונר"א, קארן אבו-זייד, לאחר שזו נכנסה לתפקידה ביוני 2005. השר שלום בירך את אבו-זייד על מינויה החדש ואמר: "אנו כבר חשים בשיפור האווירה".
בפגישתם העלה השר שלום את נושא העברת הסמכויות מאונר"א לרשות הפלשתינית, ואמר כי בעקבות תהליך ההינתקות, "ישראל מעוניינת בהעברה מדורגת של סמכויות אונר"א לרשות, ללא קשר למעמד של פליטות".
שר החוץ הסביר, כי "תושבי עזה יכולים לקבל את שירותי רווחה ושירותים מוניציפליים מהרשות בנושאי חינוך, בריאות ותעסוקה". לדבריו, "העברת הסמכויות עשויה לחזק את מעמד הרשות הפלשתינית בקרב תושבי הרצועה ולהחליש בכך את החמאס המנסה להוות תחליף לאונר"א".
"משרד החוץ התריע לפני שנה על התחזקות החמאס במוסדות אונר"א" למערכת Nfc נודע, כי כבר לפני כשנה התריעו בכירים במשרד החוץ על התחזקות השפעתו של ארגון החמאס במוסדות אונר"א. מנתונים שאסף משרד החוץ הישראלי, עולה כי איגוד המורים המלמדים בבתי הספר מטעם אונר"א - נשלט, רובו ככולו, על-ידי פעילי חמאס.
דוגמה למגמת ההתחזקות של נציגי החמאס במוסדות האו"ם: ביום 6.7.01 נערך טקס במחנה הפליטים ג'באליה, בחסות ראשי החמאס, ובראשם השייח' אחמד יאסין.
מנתוני משרד החוץ עולה, כי מי שייצג את מגזר המורים היה סוהייל הנידי, איש חמאס, אשר שיבח בנאומו את תלמידי התיכון וקרא להם "ללכת בדרכם של מחבלים מתאבדים", תוך שהוא מזכיר את שמות המתאבדים לגופם.
נתוני משרד החוץ מעלים כי בשלושה באפריל 2004, נערך טקס לזכרו של השייח' יאסין במחנה הפליטים בלאטה. הטקס התקיים במסגרת כותלי בית הספר "לבנים", השייך אונר"א, ובמהלכו שבו נציגי החמאס וקראו "להמשיך את המאבק נגד ישראל".
"אונר"א מהווה אינטרס פלשתיני חשוב" יהונתן דחוח הלוי, חוקר בכיר במכון הירושלמי לענייני ציבור ומדינה, בראשות ד"ר דורי גולד, מציין כי "הרשות הפלשתינית יצאה נגד הצהרותיו של שר החוץ, משום שהאינטרס הפלשתיני הוא להשאיר את בעיית הפליטים חייה וקיימת מתוך התפיסה שהנחיל ערפאת בדבר תוכנית השלבים לפתרון הבעיה הפלשתינית". לדבריו, שר החוץ העריך כי "לאחר הקמת המדינה הפלשתינית תתבע הרשות את מימוש זכות השיבה על-פי החלטה 194 של מועצת הביטחון, בהתבסס על הפרשנות הפלשתינית של החלטה זו".
דחוח-הלוי אומר, כי המחשה לתפיסה זו ניתן לראות גם בהימנעותה של הרשות הפלשתינית במציאת פתרון למצוקת הפליטים לאחר ההינתקות הישראלית מעזה. לטענתו, הרשות הפלשתינית, אשר קיבלה כ-100 מיליון דולרים מאיחוד האמירויות, במטרה להקים עיר חדשה על חורבות מורג, "למעשה מייעדת את הדירות שהוקמו לבניהם של השהידים".
ואכן, שר השיכון הפלשתיני, מוחמד אישתיה, ציין לאחרונה כי "העיר החדשה" תיבנה בשטח של מיליון מ"ר והיא תקלוט 25,000 תושבים. לדבריו, ישוכנו בעיר, ובמשתמע בעדיפות ראשונה, בני משפחות החללים, הפצועים והעצורים ומשפחות שבתיהן נהרסו במהלך האינתיפאדה.